BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 226 223 113.36 0.70 2 3 228 225 115.42 0.34 3 3 229 226 113.33 0.68 4 4 204 200 181.93 0.34 5 4 205 201 177.72 0.07 6 4 206 202 177.61 0.03 7 4 207 203 164.84 2.45 8 4 229 225 117.11 0.04 9 5 36 31 668.38 2.64 10 5 37 32 668.37 2.64 11 5 38 33 668.37 2.63 12 5 207 202 174.02 1.84 13 6 36 30 668.43 2.65 14 6 37 31 668.38 2.64 15 6 38 32 668.38 2.63 16 6 223 217 117.48 0.03 17 6 229 223 117.45 0.03 18 6 249 243 24.09 0.81 19 7 37 30 668.41 2.65 20 7 38 31 668.39 2.63 21 7 40 33 668.38 2.63 22 7 90 83 192.74 1.70 23 7 163 156 184.29 0.21 24 7 207 200 182.97 0.29 25 7 209 202 169.75 0.30 26 7 229 222 117.55 0.03 27 7 230 223 117.48 0.03 28 7 231 224 117.38 0.01 29 8 37 29 668.45 2.65 30 8 38 30 668.42 2.64 31 8 39 31 668.38 2.63 32 8 40 32 668.38 2.63 33 8 231 223 117.48 0.03 34 8 242 234 52.82 1.92 35 8 246 238 44.18 0.21 36 9 40 31 668.38 2.62 37 9 124 115 191.22 2.04 38 9 209 200 184.16 0.15 39 9 231 222 117.52 0.02 40 9 232 223 117.38 0.01 41 9 233 224 117.37 0.01 42 9 242 233 54.33 1.21 43 10 40 30 668.43 2.64 44 10 41 31 668.39 2.62 45 10 42 32 668.39 2.62 46 10 233 223 117.45 0.01 47 10 237 227 87.19 0.69 48 10 242 232 54.39 1.18 49 11 42 31 668.39 2.62 50 11 65 54 460.85 0.88 51 11 95 84 192.08 1.84 52 11 232 221 118.72 0.19 53 11 233 222 117.76 0.10 54 11 234 223 117.36 0.01 55 11 237 226 97.19 0.74 56 12 15 3 886.58 3.71 57 12 21 9 669.53 2.56 58 12 24 12 669.32 2.62 59 12 25 13 669.33 2.61 60 12 28 16 669.31 2.62 61 12 41 29 668.48 2.64 62 12 42 30 668.44 2.64 63 12 43 31 668.40 2.64 64 12 51 39 579.35 2.45 65 12 65 53 461.17 0.85 66 12 237 225 113.11 0.59 67 12 238 226 88.52 0.94 68 13 44 31 668.41 2.63 69 13 65 52 460.79 0.84 70 13 95 82 194.19 0.82 71 13 97 84 194.25 0.85 72 13 234 221 118.56 0.10 73 14 44 30 668.44 2.64 74 15 44 29 668.45 2.63 75 15 238 223 117.31 0.02 76 16 21 5 760.25 31.50 77 16 47 31 668.26 2.67 78 17 20 3 869.35 2.19 79 17 21 4 843.80 4.41 80 17 47 30 668.27 2.68 81 18 21 3 869.35 2.19 82 18 22 4 849.68 1.48 83 18 50 32 620.50 2.35 84 19 22 3 870.83 1.45 85 19 23 4 860.01 3.68 86 20 23 3 865.21 1.08 87 20 24 4 860.00 3.68 88 21 24 3 870.65 1.64 89 21 25 4 855.90 5.73 90 21 47 26 667.88 2.58 91 21 50 29 591.35 8.08 92 21 238 217 111.73 0.13 93 22 25 3 855.91 5.73 94 22 26 4 855.95 5.71 95 22 54 32 463.20 0.78 96 23 26 3 870.64 1.66 97 23 27 4 850.99 3.23 98 24 27 3 854.00 4.73 99 24 28 4 847.86 1.67 100 24 237 213 112.16 0.06 101 24 238 214 107.45 1.85 102 24 239 215 90.32 0.07 103 25 28 3 854.00 4.74 104 25 29 4 847.85 1.66 105 25 51 26 514.16 24.53 106 25 54 29 463.10 0.75 107 25 55 30 462.99 0.77 108 26 29 3 851.27 2.13 109 26 30 4 847.21 1.34 110 27 30 3 856.55 0.78 111 27 31 4 848.72 3.41 112 27 240 213 76.11 1.38 113 27 243 216 59.01 2.37 114 28 31 3 866.63 1.01 115 28 41 13 668.50 2.63 116 28 55 27 462.86 0.71 117 28 57 29 462.37 0.70 118 28 60 32 462.14 0.76 119 28 242 214 60.79 0.62 120 28 243 215 54.33 1.21 121 29 54 25 462.99 0.72 122 29 55 26 462.84 0.71 123 29 56 27 462.71 0.73 124 29 57 28 462.37 0.70 125 31 57 26 462.37 0.70 126 31 243 212 52.98 1.82 127 31 247 216 51.12 0.99 128 32 247 215 49.25 0.14 129 33 37 4 878.14 2.66 130 33 39 6 749.07 42.41 131 33 57 24 462.31 0.69 132 33 59 26 462.07 0.72 133 33 60 27 462.09 0.72 134 33 246 213 49.04 0.17 135 35 59 24 462.06 0.71 136 35 246 211 49.02 0.17 137 35 247 212 44.98 0.94 138 35 249 214 38.60 1.57 139 37 59 22 461.70 0.69 140 37 246 209 44.23 0.06 141 37 249 212 33.27 1.09 142 38 59 21 461.74 0.70 143 38 61 23 461.63 0.71 144 38 90 52 192.77 1.71 145 39 59 20 461.75 0.69 146 39 60 21 461.64 0.71 147 39 61 22 461.63 0.71 148 39 246 207 45.20 0.72 149 40 61 21 461.66 0.72 150 40 63 23 461.56 0.70 151 40 90 50 192.78 1.72 152 40 124 84 190.37 1.92 153 41 51 10 462.86 0.75 154 41 55 14 462.40 0.70 155 41 60 19 461.88 0.66 156 41 61 20 461.77 0.70 157 41 62 21 461.63 0.71 158 41 63 22 461.63 0.71 159 42 63 21 461.63 0.71 160 42 65 23 460.72 0.81 161 42 92 50 194.27 0.93 162 43 47 4 845.10 0.68 163 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