BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 226 223 29.59 0.07 2 3 230 227 30.52 1.28 3 3 232 229 32.34 0.27 4 4 30 26 671.89 0.85 5 5 8 3 840.64 1.81 6 5 27 22 688.23 1.45 7 5 30 25 695.21 2.71 8 5 31 26 692.47 3.59 9 5 32 27 671.67 0.92 10 5 88 83 565.45 1.34 11 5 226 221 34.89 0.70 12 5 229 224 34.88 0.70 13 6 31 25 701.00 1.99 14 8 32 24 701.84 2.04 15 8 33 25 701.83 2.04 16 8 87 79 626.52 0.24 17 8 88 80 626.50 0.24 18 8 136 128 422.73 0.05 19 9 33 24 701.83 2.04 20 9 35 26 706.76 0.43 21 9 83 74 626.78 0.27 22 9 85 76 626.68 0.26 23 9 86 77 626.57 0.24 24 9 87 78 626.54 0.24 25 9 88 79 626.52 0.24 26 10 27 17 702.58 1.92 27 10 32 22 702.43 1.97 28 10 33 23 702.20 1.90 29 10 34 24 702.00 1.97 30 10 35 25 709.45 1.77 31 10 88 78 626.52 0.24 32 11 35 24 709.47 1.77 33 11 37 26 710.63 2.27 34 11 64 53 701.53 2.16 35 11 76 65 627.12 0.25 36 11 79 68 627.10 0.27 37 11 86 75 626.75 0.26 38 11 88 77 626.60 0.25 39 11 89 78 626.52 0.24 40 11 90 79 626.52 0.24 41 11 123 112 444.82 2.95 42 11 127 116 425.19 0.39 43 12 15 3 862.24 3.79 44 12 20 8 712.65 2.58 45 12 23 11 712.38 2.54 46 12 24 12 712.24 2.49 47 12 27 15 712.21 2.46 48 12 35 23 710.45 2.03 49 12 37 25 710.80 2.21 50 12 90 78 626.53 0.24 51 12 92 80 626.48 0.24 52 13 37 24 710.87 2.24 53 13 64 51 700.94 1.92 54 13 89 76 626.71 0.25 55 13 90 77 626.59 0.25 56 13 91 78 626.52 0.24 57 13 92 79 626.49 0.24 58 13 93 80 624.23 0.49 59 13 123 110 444.82 2.94 60 14 20 6 712.71 2.56 61 14 37 23 711.33 2.04 62 14 92 78 626.54 0.26 63 14 93 79 624.40 0.30 64 15 20 5 712.72 2.56 65 15 21 6 714.38 3.41 66 15 24 9 712.63 2.58 67 15 36 21 711.34 2.02 68 15 37 22 711.41 2.07 69 15 47 32 711.39 2.00 70 16 21 5 805.75 7.55 71 16 36 20 711.71 2.12 72 16 37 21 711.73 2.12 73 16 38 22 711.66 2.18 74 16 43 27 711.63 2.12 75 16 44 28 711.41 2.01 76 16 47 31 711.38 1.99 77 17 20 3 857.58 0.28 78 17 21 4 814.17 3.51 79 17 194 177 119.87 1.11 80 18 21 3 842.53 1.19 81 18 22 4 832.37 3.19 82 18 192 174 119.55 0.96 83 19 22 3 839.81 1.69 84 19 23 4 828.20 2.01 85 19 92 73 626.58 0.25 86 19 190 171 125.14 1.21 87 19 192 173 119.66 0.99 88 19 218 199 106.20 0.54 89 19 221 202 106.10 0.57 90 20 23 3 841.27 1.82 91 20 24 4 828.20 2.02 92 20 92 72 626.50 0.25 93 21 24 3 835.18 2.86 94 21 25 4 828.19 2.02 95 21 47 26 711.94 2.07 96 21 50 29 712.13 1.97 97 21 51 30 712.12 1.97 98 22 25 3 851.10 1.69 99 22 26 4 825.77 2.20 100 22 218 196 106.14 0.56 101 22 219 197 106.12 0.57 102 22 222 200 105.40 0.38 103 23 26 3 851.11 1.68 104 23 27 4 839.73 4.01 105 23 90 67 626.60 0.24 106 23 92 69 626.53 0.27 107 23 142 119 421.86 0.18 108 23 222 199 105.24 0.44 109 23 225 202 104.48 0.06 110 24 27 3 841.98 2.89 111 24 28 4 839.79 3.98 112 24 34 10 711.98 2.09 113 24 36 12 711.92 2.10 114 24 51 27 715.53 0.27 115 25 28 3 843.85 1.95 116 25 29 4 839.80 3.97 117 25 51 26 714.31 0.85 118 25 54 29 723.54 3.83 119 25 55 30 723.46 3.88 120 26 29 3 834.14 1.14 121 26 30 4 827.49 2.19 122 26 219 193 106.12 0.57 123 26 222 196 105.42 0.38 124 26 223 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