BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 230 227 29.77 1.65 2 3 232 229 31.69 0.69 3 4 30 26 671.56 1.02 4 5 8 3 839.89 2.19 5 5 27 22 691.76 3.21 6 5 30 25 693.50 2.62 7 5 31 26 693.51 2.62 8 5 32 27 671.57 1.00 9 5 88 83 564.76 1.70 10 5 226 221 34.04 0.84 11 5 229 224 34.04 0.84 12 6 31 25 702.14 1.02 13 8 32 24 704.47 0.04 14 8 33 25 704.37 0.01 15 8 87 79 625.77 0.14 16 8 88 80 625.76 0.13 17 8 136 128 422.28 0.14 18 9 33 24 704.47 0.04 19 9 35 26 704.37 0.01 20 9 83 74 626.10 0.08 21 9 85 76 625.90 0.10 22 9 86 77 625.83 0.12 23 9 87 78 625.82 0.14 24 9 88 79 625.78 0.14 25 10 27 17 705.93 0.46 26 10 32 22 705.68 0.40 27 10 33 23 704.82 0.03 28 10 34 24 704.55 0.07 29 10 35 25 704.45 0.03 30 10 88 78 625.78 0.14 31 11 35 24 704.63 0.03 32 11 37 26 704.95 0.04 33 11 76 65 626.57 0.09 34 11 79 68 626.52 0.03 35 11 86 75 626.01 0.12 36 11 88 77 625.85 0.12 37 11 89 78 625.78 0.14 38 11 90 79 625.78 0.14 39 11 123 112 444.24 2.51 40 11 127 116 424.43 0.02 41 12 15 3 861.49 3.42 42 12 20 8 707.99 0.40 43 12 23 11 707.93 0.42 44 12 24 12 707.68 0.36 45 12 27 15 707.88 0.43 46 12 35 23 705.70 0.40 47 12 37 25 705.73 0.37 48 12 90 78 625.80 0.12 49 12 92 80 625.74 0.14 50 13 37 24 706.86 0.79 51 13 64 51 703.87 0.14 52 13 66 53 676.28 4.86 53 13 89 76 625.97 0.12 54 13 90 77 625.85 0.12 55 13 91 78 625.79 0.12 56 13 92 79 625.74 0.14 57 13 93 80 624.67 0.48 58 13 123 110 444.32 2.52 59 14 20 6 708.08 0.38 60 14 37 23 707.75 0.35 61 14 92 78 625.79 0.12 62 14 93 79 625.43 0.15 63 15 20 5 708.08 0.38 64 15 21 6 708.02 0.40 65 15 24 9 708.01 0.40 66 15 36 21 707.91 0.35 67 15 37 22 707.96 0.37 68 15 47 32 707.99 0.39 69 16 21 5 811.20 0.83 70 16 36 20 708.00 0.39 71 16 37 21 708.01 0.39 72 16 38 22 707.96 0.37 73 16 43 27 707.99 0.39 74 16 44 28 707.98 0.38 75 16 47 31 707.99 0.39 76 17 20 3 858.47 0.72 77 17 21 4 819.80 3.02 78 17 192 175 146.33 5.58 79 17 193 176 146.30 5.59 80 17 194 177 146.64 5.42 81 18 21 3 846.12 3.70 82 18 22 4 837.62 0.55 83 18 192 174 146.30 5.59 84 19 22 3 839.10 1.28 85 19 23 4 837.60 0.54 86 19 92 73 625.83 0.12 87 19 190 171 150.59 7.02 88 19 192 173 146.68 5.41 89 19 218 199 105.81 0.89 90 19 221 202 105.77 0.88 91 20 23 3 841.79 1.56 92 20 24 4 837.60 0.54 93 20 92 72 625.76 0.12 94 21 24 3 838.20 0.60 95 21 25 4 837.08 0.28 96 21 43 22 709.93 0.05 97 21 47 26 709.93 0.06 98 21 50 29 710.21 0.09 99 21 51 30 710.22 0.09 100 22 25 3 850.35 1.31 101 22 26 4 842.69 2.53 102 22 218 196 105.80 0.90 103 22 219 197 105.80 0.89 104 22 222 200 104.92 0.88 105 23 26 3 850.36 1.30 106 23 27 4 841.24 3.25 107 23 90 67 625.85 0.13 108 23 92 69 625.75 0.12 109 23 142 119 421.12 0.19 110 23 222 199 104.83 0.83 111 23 225 202 104.65 0.91 112 24 27 3 842.86 2.44 113 24 28 4 841.23 3.25 114 24 34 10 710.03 0.02 115 24 36 12 709.79 0.12 116 24 51 27 716.45 2.77 117 25 28 3 837.44 0.51 118 25 29 4 832.60 1.12 119 25 51 26 710.38 0.17 120 25 54 29 728.96 2.09 121 25 55 30 733.13 4.04 122 26 29 3 837.44 0.51 123 26 30 4 832.61 1.13 124 26 219 193 105.78 0.89 125 26 222 196 104.84 0.83 126 26 223 197 104.84 0.83 127 26 226 200 103.55 1.05 128 27 30 3 843.63 3.40 129 27 31 4 832.61 1.13 130 27 32 5 806.87 0.26 131 27 34 7 715.33 2.04 132 27 88 61 625.85 0.13 133 27 90 63 625.83 0.12 134 27 226 199 102.34 0.46 135 27 229 202 96.64 0.20 136 28 31 3 832.57 1.15 137 28 32 4 818.89 0.68 138 28 34 6 723.24 4.54 139 28 51 23 735.95 3.12 140 28 55 27 756.41 5.61 141 28 57 29 736.23 3.16 142 29 55 26 784.43 3.10 143 30 226 196 103.51 1.03 144 31 57 26 806.01 0.15 145 32 57 25 806.04 0.14 146 33 58 25 806.03 0.14 147 33 60 27 806.03 0.14 148 33 83 50 626.10 0.09 149 34 51 17 806.39 0.25 150 34 57 23 806.38 0.25 151 34 58 24 806.36 0.25 152 34 59 25 806.02 0.14 153 34 60 26 806.02 0.14 154 35 60 25 806.14 0.20 155 35 62 27 806.02 0.14 156 35 79 44 626.50 0.03 157 35 83 48 626.22 0.10 158 35 86 51 626.03 0.12 159 36 44 8 806.53 0.33 160 36 47 11 806.50 0.29 161 36 48 12 806.47 0.29 162 36 51 15 806.56 0.24 163 36 59 23 806.38 0.25 164 36 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