BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1005 1011 6 166.16 0.18 2 1005 1012 7 165.94 0.24 3 1005 1013 8 165.94 0.24 4 1005 1084 79 165.85 0.29 5 1006 1009 3 884.50 4.87 6 1006 1010 4 639.36 1.98 7 1006 1011 5 254.72 43.98 8 1006 1080 74 164.17 0.59 9 1006 1083 77 166.06 0.18 10 1006 1084 78 166.09 0.20 11 1007 1079 72 166.27 0.23 12 1007 1080 73 166.27 0.23 13 1007 1083 76 166.32 0.26 14 1008 1047 39 166.33 0.24 15 1008 1048 40 166.32 0.24 16 1008 1050 42 166.22 0.20 17 1008 1076 68 166.16 0.18 18 1008 1080 72 166.27 0.23 19 1009 1045 36 166.91 0.18 20 1009 1047 38 166.35 0.24 21 1009 1050 41 166.22 0.20 22 1009 1065 56 166.22 0.20 23 1009 1077 68 166.27 0.23 24 1009 1080 71 166.31 0.24 25 1009 1081 72 166.31 0.24 26 1009 1084 75 166.87 0.20 27 1010 1045 35 167.06 0.26 28 1010 1047 37 166.48 0.26 29 1011 1015 4 853.96 1.85 30 1011 1016 5 842.50 3.87 31 1011 1044 33 171.06 0.07 32 1011 1045 34 169.84 0.21 33 1011 1052 41 169.67 0.29 34 1011 1084 73 172.10 0.00 35 1012 1015 3 872.07 0.41 36 1012 1016 4 855.63 2.69 37 1012 1084 72 173.03 0.38 38 1013 1016 3 882.25 3.79 39 1013 1084 71 173.90 0.05 40 1013 1085 72 174.46 0.32 41 1014 1017 3 865.12 2.05 42 1015 1044 29 178.60 0.27 43 1015 1054 39 178.88 0.14 44 1016 1019 3 851.86 4.58 45 1016 1054 38 210.60 8.37 46 1016 1061 45 265.49 0.35 47 1016 1063 47 177.73 0.24 48 1016 1084 68 200.77 0.43 49 1016 1086 70 191.78 0.68 50 1017 1054 37 238.04 1.84 51 1017 1061 44 273.65 1.01 52 1019 1061 42 287.44 1.47 53 1019 1062 43 285.94 1.48 54 1019 1063 44 281.91 3.02 55 1019 1086 67 219.90 1.08 56 1020 1085 65 220.79 0.82 57 1020 1086 66 219.90 1.08 58 1020 1087 67 219.90 1.08 59 1020 1088 68 219.89 1.07 60 1021 1062 41 287.81 1.55 61 1021 1063 42 287.83 1.55 62 1021 1086 65 220.34 1.05 63 1021 1088 67 219.89 1.08 64 1021 1249 228 73.51 4.70 65 1021 1252 231 39.72 1.28 66 1021 1253 232 36.36 0.17 67 1022 1063 41 287.83 1.55 68 1022 1081 59 221.05 0.80 69 1022 1086 64 220.97 0.83 70 1022 1088 66 220.07 1.14 71 1022 1089 67 220.00 1.13 72 1022 1090 68 219.86 1.10 73 1023 1062 39 288.00 1.54 74 1023 1063 40 287.94 1.54 75 1023 1064 41 287.85 1.56 76 1023 1065 42 287.85 1.56 77 1023 1090 67 220.00 1.13 78 1023 1092 69 219.62 1.22 79 1023 1245 222 81.31 6.02 80 1023 1249 226 73.54 4.71 81 1024 1065 41 287.85 1.56 82 1024 1067 43 287.80 1.56 83 1024 1081 57 221.97 0.54 84 1024 1089 65 220.96 0.83 85 1024 1090 66 220.09 1.15 86 1024 1091 67 219.97 1.16 87 1024 1092 68 219.97 1.16 88 1025 1030 5 690.94 39.43 89 1025 1031 6 302.15 8.60 90 1025 1064 39 288.23 1.64 91 1025 1065 40 287.97 1.54 92 1025 1066 41 287.84 1.56 93 1025 1067 42 287.85 1.57 94 1025 1091 66 220.07 1.16 95 1025 1092 67 220.01 1.14 96 1026 1066 40 287.92 1.54 97 1026 1067 41 287.86 1.57 98 1026 1068 42 287.76 1.55 99 1026 1091 65 221.05 0.80 100 1027 1030 3 865.32 2.94 101 1027 1031 4 847.20 0.05 102 1027 1066 39 288.21 1.65 103 1028 1031 3 871.02 0.94 104 1028 1049 21 287.99 1.53 105 1028 1051 23 288.19 1.64 106 1028 1066 38 288.22 1.65 107 1030 1033 3 866.48 1.98 108 1030 1034 4 848.66 0.29 109 1030 1238 208 83.10 6.57 110 1031 1034 3 857.83 1.96 111 1031 1035 4 848.72 0.32 112 1031 1051 20 288.44 1.61 113 1031 1052 21 288.47 1.61 114 1031 1053 22 288.51 1.62 115 1031 1064 33 288.44 1.66 116 1031 1066 35 288.26 1.62 117 1032 1035 3 861.41 5.54 118 1032 1036 4 853.61 2.13 119 1032 1053 21 288.52 1.63 120 1033 1036 3 862.84 4.83 121 1033 1037 4 862.83 4.83 122 1034 1037 3 871.96 0.27 123 1034 1038 4 870.99 0.76 124 1034 1064 30 288.63 1.75 125 1034 1242 208 82.75 6.58 126 1035 1038 3 873.12 0.32 127 1035 1041 6 311.70 4.38 128 1035 1053 18 290.07 2.37 129 1035 1055 20 305.73 5.45 130 1035 1064 29 288.63 1.75 131 1036 1041 5 474.84 74.76 132 1037 1242 205 82.86 6.56 133 1037 1243 206 82.78 6.58 134 1037 1246 209 81.34 6.02 135 1038 1041 3 893.56 3.08 136 1038 1055 17 324.58 7.59 137 1038 1056 18 324.59 7.59 138 1038 1057 19 324.60 7.59 139 1038 1062 24 324.56 7.59 140 1038 1064 26 321.40 6.05 141 1038 1246 208 81.34 6.02 142 1039 1055 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