BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1004 1012 8 166.63 0.28 2 1005 1011 6 166.72 0.28 3 1005 1012 7 166.72 0.27 4 1005 1013 8 166.72 0.26 5 1005 1084 79 166.69 0.26 6 1006 1009 3 883.40 5.42 7 1006 1010 4 634.65 0.38 8 1006 1011 5 255.00 43.75 9 1006 1080 74 166.08 0.20 10 1006 1083 77 166.69 0.26 11 1006 1084 78 166.72 0.27 12 1007 1079 72 166.84 0.31 13 1007 1080 73 166.84 0.31 14 1007 1083 76 166.90 0.30 15 1008 1047 39 166.97 0.31 16 1008 1048 40 166.94 0.30 17 1008 1050 42 166.88 0.30 18 1008 1076 68 166.84 0.32 19 1008 1080 72 166.91 0.29 20 1009 1045 36 167.45 0.30 21 1009 1047 38 166.98 0.30 22 1009 1050 41 166.89 0.30 23 1009 1065 56 166.88 0.30 24 1009 1077 68 166.89 0.29 25 1009 1080 71 166.94 0.30 26 1009 1081 72 166.94 0.30 27 1009 1084 75 168.02 0.56 28 1010 1045 35 167.55 0.35 29 1010 1047 37 167.45 0.30 30 1011 1015 4 853.96 1.85 31 1011 1016 5 845.77 4.90 32 1011 1044 33 170.75 0.09 33 1011 1045 34 170.43 0.08 34 1011 1052 41 169.65 0.27 35 1011 1084 73 174.27 0.24 36 1012 1015 3 872.07 0.41 37 1012 1016 4 855.63 2.69 38 1012 1084 72 174.28 0.24 39 1013 1016 3 880.59 4.62 40 1013 1084 71 174.28 0.24 41 1013 1085 72 174.62 0.41 42 1014 1017 3 865.13 2.05 43 1015 1044 29 179.09 0.01 44 1015 1054 39 179.09 0.00 45 1016 1019 3 851.86 4.58 46 1016 1054 38 192.62 0.63 47 1016 1061 45 266.68 0.53 48 1016 1063 47 179.09 0.00 49 1016 1084 68 195.33 0.03 50 1016 1086 70 192.08 0.54 51 1017 1054 37 238.47 1.62 52 1017 1061 44 284.56 0.66 53 1019 1061 42 287.80 0.57 54 1019 1062 43 287.39 0.75 55 1019 1063 44 284.65 0.62 56 1019 1086 67 225.85 1.59 57 1020 1085 65 226.03 1.65 58 1020 1086 66 225.85 1.59 59 1020 1087 67 225.85 1.60 60 1020 1088 68 225.85 1.60 61 1021 1062 41 288.90 0.94 62 1021 1063 42 288.90 0.94 63 1021 1086 65 225.92 1.58 64 1021 1088 67 225.85 1.59 65 1021 1090 69 225.85 1.59 66 1021 1249 228 73.37 4.67 67 1021 1252 231 34.55 3.87 68 1021 1253 232 24.66 0.33 69 1022 1063 41 288.90 0.94 70 1022 1081 59 226.32 1.62 71 1022 1086 64 226.24 1.64 72 1022 1088 66 225.91 1.59 73 1022 1089 67 225.86 1.60 74 1022 1090 68 225.86 1.60 75 1023 1034 11 289.55 1.05 76 1023 1062 39 289.39 1.03 77 1023 1063 40 289.06 0.88 78 1023 1064 41 288.91 0.95 79 1023 1065 42 288.91 0.94 80 1023 1090 67 225.87 1.60 81 1023 1092 69 225.84 1.60 82 1023 1245 222 81.52 6.18 83 1023 1249 226 74.14 5.08 84 1024 1065 41 288.93 0.94 85 1024 1067 43 288.84 0.93 86 1024 1081 57 227.18 1.56 87 1024 1089 65 226.19 1.61 88 1024 1090 66 225.94 1.58 89 1024 1091 67 225.86 1.60 90 1024 1092 68 225.86 1.60 91 1025 1030 5 358.17 2.67 92 1025 1031 6 289.54 1.05 93 1025 1064 39 289.48 1.04 94 1025 1065 40 289.09 0.89 95 1025 1066 41 288.91 0.95 96 1025 1067 42 288.90 0.95 97 1025 1091 66 225.94 1.58 98 1025 1092 67 225.88 1.60 99 1026 1066 40 289.04 0.89 100 1026 1067 41 288.92 0.94 101 1026 1068 42 288.81 0.96 102 1026 1091 65 226.43 1.65 103 1027 1030 3 865.32 2.94 104 1027 1031 4 846.75 0.28 105 1027 1066 39 289.44 1.03 106 1028 1031 3 863.02 4.94 107 1028 1049 21 289.41 1.01 108 1028 1051 23 289.48 1.04 109 1028 1066 38 289.44 1.03 110 1030 1033 3 866.48 1.98 111 1030 1034 4 844.71 1.69 112 1030 1238 208 82.50 6.04 113 1031 1034 3 874.80 6.14 114 1031 1035 4 846.89 0.59 115 1031 1051 20 289.81 1.02 116 1031 1052 21 289.90 1.04 117 1031 1053 22 289.95 1.06 118 1031 1064 33 289.88 1.05 119 1031 1066 35 289.44 1.02 120 1032 1035 3 852.94 0.22 121 1032 1036 4 849.58 4.14 122 1032 1053 21 289.99 1.07 123 1033 1036 3 853.55 2.16 124 1034 1037 3 871.33 0.58 125 1034 1038 4 862.03 5.23 126 1034 1064 30 290.00 1.07 127 1034 1242 208 82.25 6.04 128 1035 1038 3 873.12 0.32 129 1035 1041 6 299.25 0.78 130 1035 1053 18 290.06 1.07 131 1035 1055 20 294.96 1.34 132 1035 1064 29 290.00 1.06 133 1036 1041 5 477.63 67.59 134 1037 1242 205 82.34 6.00 135 1037 1243 206 82.28 5.98 136 1037 1246 209 81.59 6.16 137 1038 1041 3 897.85 0.93 138 1038 1055 17 338.96 0.41 139 1038 1056 18 339.04 0.38 140 1038 1057 19 339.05 0.38 141 1038 1062 24 338.97 0.41 142 1038 1064 26 337.79 0.10 143 1038 1246 208 81.59 6.16 144 1039 1055 16 339.20 0.46 145 1039 1056 17 339.05 0.37 146 1040 1055 15 339.41 0.48 147 1041 1053 12 339.89 0.48 148 1041 1054 13 339.68 0.45 149 1041 1055 14 339.43 0.49 150 1042 1053 11 339.91 0.48 151 1042 1054 12 339.77 0.46 152 1043 1052 9 339.99 0.48 153 1043 1053 10 339.93 0.48 154 1044 1052 8 340.03 0.46 155 1044 1053 9 339.97 0.48 156 1044 1054 10 339.97 0.48 157 1044 1063 19 339.58 0.50 158 1045 1051 6 340.09 0.45 159 1045 1052 7 340.05 0.46 160 1046 1050 4 567.46 108.50 161 1046 1051 5 340.08 0.45 162 1047 1050 3 839.84 3.32 163 1049 1066 17 339.57 0.50 164 1049 1068 19 339.32 0.45 165 1050 1066 16 339.55 0.50 166 1050 1067 17 339.51 0.51 167 1050 1073 23 307.12 1.10 168 1050 1076 26 235.02 1.90 169 1050 1077 27 227.63 1.65 170 1051 1065 14 339.56 0.50 171 1051 1066 15 339.52 0.51 172 1052 1064 12 339.56 0.49 173 1052 1065 13 339.38 0.47 174 1053 1063 10 339.57 0.49 175 1053 1064 11 339.54 0.49 176 1054 1061 7 339.70 0.53 177 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