BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 58 55 397.23 0.10 2 4 19 15 504.24 0.10 3 4 20 16 504.16 0.09 4 4 21 17 504.05 0.06 5 4 53 49 397.41 0.10 6 4 56 52 397.28 0.11 7 4 57 53 397.26 0.11 8 4 58 54 397.25 0.11 9 4 59 55 397.25 0.10 10 5 18 13 504.63 0.01 11 5 19 14 504.25 0.10 12 5 20 15 504.22 0.09 13 5 59 54 397.25 0.10 14 5 243 238 56.11 1.53 15 5 247 242 30.57 0.25 16 6 17 11 504.65 0.01 17 6 18 12 504.63 0.01 18 6 19 13 504.38 0.04 19 6 50 44 397.63 0.10 20 6 57 51 397.38 0.11 21 6 59 53 397.30 0.12 22 6 60 54 397.25 0.10 23 6 61 55 397.25 0.10 24 6 76 70 296.62 1.84 25 7 17 10 504.86 0.06 26 7 18 11 504.64 0.01 27 7 20 13 504.62 0.01 28 7 26 19 504.21 0.02 29 7 61 54 397.25 0.10 30 7 239 232 61.34 0.61 31 7 242 235 59.30 0.39 32 7 243 236 58.98 0.47 33 7 247 240 37.63 0.32 34 8 16 8 505.00 0.08 35 8 17 9 504.86 0.06 36 8 60 52 397.37 0.12 37 8 61 53 397.29 0.10 38 8 62 54 397.25 0.11 39 8 63 55 397.25 0.11 40 8 73 65 304.78 3.85 41 8 239 231 61.73 0.61 42 8 242 234 59.54 0.48 43 9 15 6 505.06 0.08 44 9 16 7 505.03 0.09 45 9 63 54 397.26 0.10 46 9 108 99 62.09 0.62 47 9 238 229 61.79 0.62 48 9 239 230 61.76 0.60 49 10 15 5 505.06 0.08 50 10 33 23 503.26 0.01 51 10 62 52 397.35 0.10 52 10 63 53 397.29 0.10 53 10 64 54 397.25 0.11 54 10 65 55 397.25 0.11 55 10 66 56 397.21 0.10 56 10 69 59 326.90 5.69 57 10 73 63 310.40 1.69 58 11 14 3 848.41 0.14 59 11 15 4 572.57 33.71 60 11 33 22 503.61 0.14 61 11 65 54 397.26 0.10 62 11 66 55 397.25 0.11 63 12 65 53 397.30 0.11 64 12 66 54 397.25 0.12 65 12 131 119 64.11 0.87 66 13 32 19 504.02 0.03 67 13 33 20 503.83 0.07 68 13 131 118 64.09 0.85 69 14 30 16 504.19 0.03 70 14 31 17 504.07 0.01 71 14 32 18 503.81 0.07 72 14 33 19 503.62 0.13 73 15 30 15 504.11 0.00 74 15 31 16 504.01 0.03 75 15 33 18 502.59 0.29 76 16 28 12 504.19 0.03 77 16 29 13 504.12 0.01 78 16 30 14 503.82 0.07 79 16 239 223 61.70 0.60 80 17 28 11 504.15 0.01 81 17 29 12 504.10 0.01 82 17 31 14 503.91 0.04 83 17 42 25 397.76 0.12 84 17 46 29 397.80 0.12 85 18 26 8 504.21 0.02 86 18 27 9 504.15 0.00 87 18 28 10 503.96 0.01 88 18 239 221 61.39 0.60 89 19 26 7 504.63 0.26 90 19 27 8 504.12 0.01 91 19 29 10 504.09 0.01 92 19 53 34 397.49 0.12 93 19 57 38 397.38 0.11 94 20 23 3 877.06 1.09 95 20 24 4 855.69 6.99 96 20 25 5 711.13 8.86 97 20 26 6 504.61 0.27 98 20 243 223 58.15 0.92 99 22 25 3 893.53 0.96 100 23 26 3 930.34 2.40 101 23 243 220 57.48 1.26 102 26 239 213 61.44 0.65 103 26 240 214 61.06 0.51 104 26 243 217 59.04 0.50 105 27 53 26 397.62 0.10 106 28 235 207 61.65 0.61 107 28 236 208 61.53 0.61 108 28 239 211 61.59 0.64 109 29 49 20 397.70 0.10 110 29 50 21 397.70 0.10 111 31 42 11 398.28 0.15 112 31 45 14 398.22 0.14 113 31 46 15 398.20 0.14 114 31 49 18 398.19 0.14 115 33 37 4 849.55 4.12 116 33 69 36 341.02 0.35 117 37 41 4 831.45 0.53 118 37 42 5 831.72 0.39 119 37 45 8 829.79 0.28 120 37 69 32 356.69 8.73 121 37 72 35 311.55 1.83 122 38 41 3 853.12 3.42 123 38 42 4 853.68 3.12 124 38 72 34 311.19 2.01 125 39 42 3 856.25 1.84 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