BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 17 26 9 33.87 1.43 2 17 29 12 33.88 1.43 3 17 61 44 35.44 1.10 4 19 22 3 831.50 1.35 5 20 23 3 830.61 0.58 6 21 66 45 126.51 3.17 7 22 25 3 828.20 2.94 8 22 26 4 805.88 0.91 9 23 26 3 821.81 0.26 10 23 27 4 809.07 1.42 11 24 27 3 816.60 2.35 12 24 28 4 806.96 0.35 13 25 28 3 825.88 1.17 14 25 29 4 814.22 3.98 15 25 57 32 136.60 0.30 16 25 60 35 144.29 2.56 17 25 61 36 144.16 2.63 18 25 64 39 145.71 2.38 19 25 67 42 145.58 2.44 20 26 29 3 824.16 0.30 21 26 30 4 815.50 4.63 22 27 30 3 818.97 2.91 23 27 31 4 814.15 5.30 24 28 31 3 822.99 0.90 25 28 32 4 821.14 1.81 26 28 57 29 145.98 2.37 27 29 32 3 823.09 0.85 28 29 33 4 821.15 1.81 29 29 53 24 146.02 2.39 30 29 57 28 146.12 2.33 31 29 82 53 146.02 2.39 32 29 85 56 146.03 2.40 33 29 86 57 145.94 2.39 34 30 33 3 823.27 0.94 35 30 34 4 804.61 0.25 36 30 85 55 155.13 0.48 37 31 34 3 817.97 6.92 38 31 35 4 789.10 8.01 39 32 35 3 814.47 5.19 40 32 36 4 812.88 3.18 41 32 49 17 158.86 0.91 42 32 50 18 158.84 0.90 43 32 53 21 158.85 0.90 44 32 86 54 158.87 0.90 45 32 90 58 158.87 0.90 46 33 36 3 825.40 0.28 47 33 86 53 158.87 0.90 48 33 89 56 158.87 0.90 49 33 90 57 158.86 0.90 50 34 37 3 853.35 0.12 51 35 38 3 825.77 0.46 52 35 39 4 839.44 2.26 53 36 39 3 859.28 1.74 54 36 46 10 159.17 0.82 55 36 49 13 159.50 0.94 56 36 50 14 159.22 0.80 57 36 90 54 159.19 0.81 58 36 93 57 159.07 0.85 59 36 94 58 159.07 0.85 60 37 93 56 159.05 0.84 61 39 49 10 179.08 4.54 62 39 93 54 160.90 0.89 63 40 93 53 160.93 0.88 64 41 46 5 779.23 2.98 65 41 93 52 160.90 0.89 66 42 45 3 822.33 0.09 67 42 46 4 788.39 0.94 68 43 46 3 820.59 0.72 69 43 47 4 790.16 1.25 70 43 98 55 160.97 0.88 71 43 212 169 160.90 0.86 72 44 47 3 825.30 0.24 73 44 48 4 820.51 0.70 74 45 48 3 820.58 0.73 75 45 49 4 820.52 0.70 76 46 49 3 823.00 0.49 77 46 50 4 820.53 0.71 78 46 93 47 170.03 4.94 79 46 213 167 161.62 0.74 80 47 50 3 821.54 0.28 81 47 51 4 817.38 2.29 82 47 212 165 161.14 0.95 83 47 213 166 161.32 0.89 84 48 51 3 822.50 0.21 85 48 52 4 817.39 2.29 86 49 52 3 820.77 0.66 87 49 53 4 808.75 2.04 88 50 53 3 809.75 1.54 89 50 54 4 798.75 7.04 90 50 86 36 172.81 4.44 91 50 87 37 172.69 4.40 92 50 90 40 172.59 4.34 93 50 213 163 172.51 4.36 94 51 54 3 809.72 1.56 95 51 55 4 811.97 0.43 96 51 212 161 172.53 4.35 97 51 213 162 172.54 4.36 98 51 214 163 172.55 4.36 99 51 215 164 172.55 4.36 100 51 216 165 172.56 4.37 101 52 55 3 811.97 0.43 102 52 56 4 798.47 6.32 103 53 56 3 819.33 0.21 104 53 57 4 805.59 2.75 105 53 82 29 173.44 4.30 106 53 86 33 173.44 4.30 107 54 57 3 820.34 0.29 108 54 58 4 806.93 2.10 109 54 82 28 173.44 4.30 110 54 83 29 173.39 4.33 111 54 86 32 173.44 4.30 112 54 87 33 173.44 4.30 113 54 213 159 173.22 4.33 114 54 215 161 172.86 4.50 115 55 58 3 824.71 0.73 116 55 59 4 803.19 3.98 117 56 59 3 808.64 3.09 118 56 60 4 804.21 3.47 119 57 60 3 804.21 3.47 120 57 61 4 804.21 3.46 121 57 82 25 173.46 4.30 122 58 61 3 803.10 4.02 123 58 62 4 803.10 4.02 124 58 215 157 173.41 4.33 125 59 63 4 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