BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 19 22 3 811.21 9.78 2 21 66 45 108.67 0.71 3 22 25 3 836.18 0.43 4 22 26 4 807.29 4.83 5 23 26 3 813.58 1.69 6 23 27 4 807.03 4.96 7 24 27 3 826.83 2.21 8 24 28 4 807.03 4.96 9 25 28 3 818.39 0.74 10 25 29 4 814.37 1.27 11 25 57 32 122.08 3.91 12 25 60 35 126.68 2.50 13 25 61 36 126.62 2.54 14 25 64 39 127.44 2.81 15 26 29 3 814.37 1.27 16 26 30 4 778.21 4.26 17 27 31 4 788.44 2.06 18 28 31 3 799.29 3.37 19 28 32 4 790.94 1.19 20 29 33 4 807.27 0.71 21 29 53 24 142.54 0.01 22 29 57 28 149.39 1.06 23 29 82 53 127.78 2.77 24 29 85 56 139.38 0.17 25 29 86 57 127.77 2.77 26 30 33 3 814.18 1.20 27 30 34 4 807.28 0.71 28 30 85 55 151.61 0.12 29 31 34 3 821.26 4.73 30 31 35 4 807.28 0.71 31 32 35 3 810.45 0.88 32 32 36 4 802.23 1.93 33 32 49 17 154.21 0.28 34 32 50 18 154.21 0.28 35 32 53 21 154.21 0.28 36 32 90 58 154.15 0.26 37 33 36 3 821.76 4.78 38 33 37 4 803.46 1.31 39 33 85 52 155.66 0.09 40 33 89 56 154.79 0.53 41 33 90 57 154.13 0.25 42 34 37 3 823.95 0.99 43 34 38 4 802.77 1.66 44 35 38 3 832.63 0.97 45 35 39 4 818.71 3.62 46 36 39 3 832.51 2.39 47 36 46 10 158.42 0.38 48 36 49 13 158.42 0.38 49 36 50 14 158.43 0.38 50 36 90 54 158.60 0.48 51 36 93 57 158.48 0.45 52 36 94 58 158.48 0.44 53 37 90 53 158.67 0.51 54 37 93 56 158.48 0.44 55 39 93 54 158.88 0.48 56 40 93 53 158.88 0.48 57 41 46 5 795.00 0.48 58 41 93 52 158.88 0.48 59 41 97 56 158.72 0.49 60 42 45 3 813.49 1.08 61 42 46 4 801.38 2.46 62 42 93 51 159.01 0.48 63 43 46 3 830.39 4.91 64 43 47 4 805.04 4.10 65 43 98 55 158.94 0.47 66 43 212 169 158.91 0.49 67 44 47 3 835.93 2.14 68 44 48 4 810.20 1.53 69 45 48 3 831.20 0.23 70 45 49 4 810.68 1.77 71 46 49 3 814.41 1.15 72 46 50 4 806.71 0.22 73 46 93 47 160.76 1.11 74 46 213 167 161.75 0.61 75 47 50 3 806.70 0.23 76 47 51 4 795.97 0.75 77 47 212 165 158.97 0.48 78 47 213 166 159.00 0.48 79 48 52 4 801.47 2.70 80 49 52 3 809.10 1.11 81 49 53 4 801.89 2.49 82 50 53 3 808.69 0.90 83 50 54 4 805.29 0.80 84 50 87 37 162.72 0.78 85 50 213 163 162.62 0.80 86 51 54 3 833.87 2.04 87 51 55 4 809.52 1.31 88 51 212 161 162.69 0.78 89 51 213 162 162.69 0.78 90 51 214 163 162.69 0.78 91 51 215 164 162.69 0.78 92 51 216 165 162.69 0.78 93 52 55 3 833.87 2.03 94 52 56 4 818.35 5.73 95 53 56 3 826.45 1.68 96 53 57 4 818.30 5.75 97 53 82 29 164.20 1.11 98 53 86 33 164.16 1.11 99 54 57 3 806.93 0.41 100 54 58 4 802.07 1.61 101 54 82 28 164.15 1.10 102 54 83 29 164.08 1.11 103 54 86 32 164.14 1.09 104 54 213 159 162.91 0.83 105 54 215 161 162.72 0.77 106 55 58 3 801.18 2.05 107 55 59 4 801.16 2.05 108 56 60 4 797.84 4.62 109 57 60 3 801.91 2.58 110 57 61 4 800.42 3.35 111 57 82 25 164.24 1.11 112 58 61 3 832.78 0.04 113 58 62 4 803.08 2.06 114 59 62 3 824.32 4.27 115 59 63 4 803.05 2.04 116 60 63 3 803.38 1.90 117 60 64 4 803.04 2.04 118 61 64 3 813.51 2.83 119 61 67 6 687.67 15.34 120 61 78 17 164.58 1.19 121 61 82 21 164.62 1.20 122 62 75 13 164.59 1.20 123 64 67 3 841.70 0.55 124 65 68 3 835.12 1.79 125 67 78 11 169.51 2.18 126 70 74 4 796.10 0.28 127 70 75 5 795.48 3.36 128 71 74 3 825.22 0.48 129 71 75 4 812.60 6.79 130 72 75 3 812.61 6.78 131 72 76 4 811.41 7.38 132 73 76 3 813.32 6.42 133 73 77 4 799.47 1.44 134 74 77 3 799.48 1.45 135 74 78 4 806.74 5.08 136 75 78 3 820.71 4.89 137 75 79 4 813.91 1.49 138 76 79 3 813.91 1.50 139 76 80 4 800.40 8.25 140 76 215 139 279.20 0.49 141 76 218 142 274.08 2.39 142 77 80 3 825.46 4.28 143 77 81 4 805.98 5.46 144 78 81 3 800.00 1.77 145 78 82 4 794.70 0.20 146 79 82 3 802.36 2.65 147 79 83 4 791.06 1.97 148 79 215 136 305.03 0.72 149 80 83 3 810.01 3.25 150 80 84 4 791.78 2.33 151 80 153 73 305.04 0.72 152 80 214 134 305.08 0.70 153 80 215 135 305.08 0.73 154 81 84 3 801.38 3.18 155 81 85 4 775.73 5.67 156 82 86 4 750.48 11.47 157 83 87 4 798.64 3.97 158 83 151 68 309.12 1.96 159 83 152 69 309.07 1.94 160 83 153 70 309.12 1.96 161 83 213 130 309.11 1.96 162 83 214 131 309.08 1.95 163 83 215 132 309.08 1.96 164 84 87 3 829.73 8.45 165 84 88 4 805.05 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