BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 17 61 44 49.90 1.07 2 17 67 50 52.84 0.36 3 19 22 3 827.08 1.61 4 20 23 3 831.36 0.95 5 21 66 45 124.88 2.35 6 22 25 3 821.64 6.22 7 22 26 4 794.27 7.46 8 23 26 3 817.36 1.01 9 23 27 4 807.72 0.74 10 24 27 3 807.73 0.74 11 24 28 4 807.72 0.73 12 25 28 3 807.72 0.73 13 25 29 4 807.72 0.73 14 25 57 32 134.53 0.99 15 25 60 35 140.44 0.18 16 25 61 36 140.50 0.12 17 25 64 39 141.16 0.28 18 26 29 3 828.28 2.49 19 26 30 4 797.97 4.13 20 27 30 3 817.57 4.34 21 27 31 4 795.25 3.48 22 28 31 3 822.55 0.57 23 28 32 4 802.90 7.31 24 28 57 29 142.56 0.45 25 29 32 3 812.06 2.73 26 29 33 4 804.76 0.60 27 29 53 24 142.53 0.46 28 29 57 28 149.55 2.36 29 29 82 53 142.49 0.43 30 29 85 56 142.50 0.41 31 29 86 57 142.44 0.43 32 30 33 3 813.92 1.48 33 30 34 4 804.64 8.42 34 30 85 55 152.18 1.18 35 31 34 3 827.40 2.96 36 31 35 4 813.37 4.80 37 32 35 3 828.15 2.59 38 32 36 4 823.53 0.28 39 32 49 17 154.69 1.75 40 32 50 18 154.66 1.74 41 32 53 21 154.69 1.76 42 32 86 54 154.74 1.75 43 32 90 58 154.72 1.75 44 33 36 3 823.86 0.44 45 33 86 53 154.76 1.76 46 33 89 56 154.74 1.75 47 33 90 57 154.72 1.75 48 34 37 3 824.91 0.37 49 34 38 4 823.58 0.29 50 35 38 3 823.58 0.29 51 35 39 4 823.66 0.25 52 36 46 10 155.12 1.67 53 36 49 13 155.19 1.65 54 36 50 14 155.19 1.65 55 36 90 54 155.12 1.68 56 36 93 57 155.03 1.65 57 36 94 58 155.03 1.65 58 37 93 56 155.03 1.64 59 39 93 54 155.33 1.69 60 40 93 53 155.37 1.70 61 41 46 5 779.98 3.35 62 41 93 52 155.34 1.69 63 42 45 3 820.33 1.66 64 42 46 4 789.14 0.56 65 42 93 51 155.78 1.67 66 43 46 3 815.47 0.77 67 43 47 4 793.49 0.93 68 43 98 55 155.44 1.71 69 43 212 169 155.67 1.74 70 44 47 3 830.85 3.66 71 44 48 4 821.33 1.10 72 45 48 3 821.33 1.10 73 45 49 4 821.32 1.10 74 46 49 3 821.36 1.11 75 46 50 4 821.30 1.08 76 46 93 47 164.25 1.31 77 46 94 48 156.71 1.31 78 46 213 167 163.47 1.69 79 47 50 3 821.36 1.11 80 47 51 4 812.38 5.54 81 47 212 165 155.81 1.72 82 47 213 166 155.90 1.72 83 48 51 3 823.27 0.17 84 48 52 4 804.21 9.62 85 49 52 3 821.51 1.02 86 49 53 4 795.25 5.16 87 50 53 3 808.00 0.08 88 50 54 4 798.60 4.62 89 50 87 37 169.44 1.20 90 50 90 40 169.44 1.19 91 50 213 163 169.36 1.23 92 51 54 3 815.52 3.85 93 51 55 4 807.96 0.06 94 51 212 161 169.38 1.23 95 51 213 162 169.38 1.24 96 51 214 163 169.38 1.24 97 51 215 164 169.38 1.24 98 51 216 165 169.38 1.23 99 52 55 3 817.39 2.31 100 52 56 4 806.17 0.80 101 53 56 3 813.59 2.66 102 53 57 4 793.38 5.63 103 53 82 29 170.12 1.23 104 53 86 33 170.10 1.24 105 54 57 3 821.39 1.17 106 54 58 4 792.30 6.18 107 54 82 28 170.12 1.23 108 54 83 29 170.09 1.24 109 54 86 32 170.12 1.23 110 54 87 33 170.12 1.23 111 54 213 159 169.65 1.15 112 54 215 161 169.58 1.16 113 55 58 3 817.92 2.66 114 55 59 4 799.84 2.41 115 56 59 3 808.25 5.49 116 56 60 4 804.95 3.84 117 57 60 3 804.95 3.84 118 57 61 4 802.85 2.79 119 57 82 25 170.16 1.25 120 58 61 3 814.50 0.93 121 58 62 4 808.15 4.10 122 58 215 157 170.11 1.22 123 59 62 3 824.80 0.18 124 59 63 4 800.62 2.83 125 60 64 4 793.07 6.61 126 61 64 3 820.90 2.12 127 61 67 6 172.06 0.49 128 61 75 14 170.34 1.26 129 61 82 21 170.30 1.26 130 62 68 6 172.09 0.51 131 62 72 10 170.34 1.27 132 62 75 13 170.34 1.27 133 64 67 3 797.30 4.48 134 64 68 4 761.95 4.23 135 67 70 3 856.05 4.53 136 67 75 8 548.54 59.49 137 67 78 11 178.87 3.43 138 70 74 4 786.25 0.60 139 70 75 5 773.68 5.65 140 71 74 3 813.82 0.70 141 71 75 4 798.91 6.75 142 72 75 3 813.83 0.70 143 72 76 4 802.02 2.21 144 73 76 3 809.12 1.33 145 73 77 4 802.08 2.19 146 74 77 3 815.53 0.09 147 74 78 4 802.07 2.19 148 75 78 3 815.56 1.55 149 75 79 4 810.49 2.03 150 76 79 3 822.47 1.96 151 76 80 4 813.50 0.53 152 76 215 139 280.29 5.74 153 76 218 142 273.49 8.94 154 77 80 3 816.40 4.99 155 77 81 4 802.73 0.14 156 78 81 3 809.64 2.43 157 78 82 4 808.46 3.02 158 79 82 3 810.51 2.85 159 79 83 4 795.69 3.65 160 79 215 136 286.86 5.46 161 80 83 3 819.60 2.58 162 80 84 4 795.69 3.65 163 80 153 73 286.83 5.48 164 80 214 134 286.87 5.46 165 80 215 135 286.88 5.46 166 81 84 3 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