BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 2 204 202 179.00 0.97 2 2 205 203 176.31 2.29 3 2 206 204 172.50 0.45 4 2 225 223 126.51 0.51 5 2 226 224 126.51 0.51 6 2 228 226 126.40 0.51 7 3 34 31 815.97 2.10 8 3 35 32 815.97 2.10 9 3 36 33 815.98 2.10 10 3 206 203 176.35 2.30 11 4 35 31 815.98 2.10 12 4 36 32 816.00 2.12 13 4 222 218 126.57 0.48 14 4 228 224 126.58 0.48 15 4 229 225 126.48 0.51 16 4 249 245 21.90 0.01 17 5 36 31 816.00 2.12 18 5 38 33 816.00 2.12 19 5 89 84 204.74 1.04 20 5 162 157 194.75 1.42 21 5 206 201 190.25 0.49 22 5 208 203 176.25 2.32 23 5 228 223 126.64 0.49 24 5 229 224 126.58 0.48 25 5 230 225 126.58 0.48 26 6 36 30 816.03 2.11 27 6 37 31 816.01 2.11 28 6 38 32 816.00 2.12 29 6 218 212 126.62 0.49 30 6 230 224 126.61 0.50 31 6 232 226 126.48 0.51 32 6 242 236 59.41 0.69 33 6 245 239 46.59 0.02 34 6 246 240 38.43 1.74 35 6 249 243 21.91 0.01 36 7 38 31 816.00 2.12 37 7 40 33 816.00 2.11 38 7 123 116 204.44 1.07 39 7 208 201 194.78 1.41 40 7 230 223 126.64 0.49 41 7 231 224 126.52 0.52 42 7 232 225 126.48 0.51 43 8 38 30 816.04 2.11 44 8 39 31 816.00 2.11 45 8 40 32 816.00 2.11 46 8 232 224 126.53 0.52 47 8 236 228 85.16 0.74 48 8 242 234 59.49 0.72 49 9 40 31 816.01 2.12 50 9 63 54 297.17 2.15 51 9 91 82 204.83 1.04 52 9 94 85 204.62 0.98 53 9 231 222 127.61 0.65 54 9 232 223 126.64 0.49 55 9 233 224 126.50 0.51 56 9 236 227 92.12 0.27 57 10 13 3 884.14 0.77 58 10 14 4 875.89 3.36 59 10 19 9 817.37 1.91 60 10 22 12 817.31 1.88 61 10 23 13 817.30 1.88 62 10 39 29 816.07 2.12 63 10 40 30 816.03 2.11 64 10 41 31 816.00 2.11 65 10 45 35 813.38 1.20 66 10 63 53 298.11 2.60 67 10 236 226 123.27 0.54 68 10 237 227 89.20 1.73 69 11 63 52 298.10 2.60 70 11 94 83 204.85 1.05 71 11 96 85 204.77 1.04 72 11 171 160 204.66 0.99 73 11 233 222 127.62 0.64 74 13 45 32 816.05 2.12 75 13 237 224 126.39 0.52 76 14 18 4 853.71 0.30 77 14 22 8 822.33 1.79 78 14 45 31 816.05 2.13 79 14 237 223 126.29 0.54 80 15 18 3 862.55 3.19 81 15 19 4 852.83 0.79 82 15 45 30 816.05 2.13 83 16 19 3 862.29 3.50 84 16 20 4 854.60 0.35 85 16 44 28 816.07 2.13 86 16 45 29 815.99 2.16 87 16 48 32 793.33 0.74 88 17 20 3 867.82 2.60 89 17 21 4 864.18 4.42 90 18 21 3 882.81 0.16 91 18 22 4 854.61 0.37 92 19 22 3 873.11 2.08 93 19 23 4 854.61 0.38 94 19 45 26 815.82 2.25 95 19 48 29 757.31 2.71 96 20 23 3 877.73 4.22 97 20 24 4 853.25 1.05 98 20 48 28 755.50 1.86 99 20 51 31 731.25 6.65 100 20 52 32 720.02 1.40 101 21 24 3 879.98 0.76 102 21 25 4 854.53 0.09 103 22 25 3 874.62 2.54 104 22 26 4 854.55 0.09 105 22 39 17 816.27 2.16 106 22 236 214 126.10 0.60 107 22 237 215 117.34 3.95 108 22 239 217 82.23 0.03 109 22 242 220 77.80 1.74 110 23 26 3 854.55 0.09 111 23 27 4 854.55 0.09 112 23 39 16 816.27 2.16 113 23 41 18 816.25 2.16 114 23 45 22 814.52 2.91 115 23 48 25 753.85 2.60 116 23 49 26 731.21 6.68 117 23 52 29 686.20 4.20 118 23 53 30 671.99 2.91 119 24 27 3 854.56 0.09 120 24 28 4 854.55 0.09 121 24 52 28 687.91 4.01 122 25 28 3 859.24 2.48 123 25 29 4 852.16 1.07 124 25 239 214 81.85 0.16 125 26 29 3 856.63 1.33 126 26 30 4 852.05 1.09 127 26 39 13 816.30 2.17 128 26 53 27 672.00 2.90 129 26 58 32 299.05 2.48 130 26 239 213 77.76 1.76 131 26 243 217 60.66 1.31 132 26 246 220 59.30 0.70 133 27 52 25 686.25 4.17 134 27 55 28 666.90 0.38 135 27 56 29 436.61 71.10 136 29 239 210 77.82 1.73 137 29 243 214 59.52 0.74 138 30 33 3 1073.00 1.23 139 30 57 27 299.04 2.48 140 30 58 28 299.02 2.48 141 30 243 213 59.50 0.73 142 30 246 216 52.22 0.44 143 31 243 212 59.50 0.73 144 33 246 213 49.87 0.24 145 33 247 214 39.04 0.17 146 33 250 217 21.91 0.01 147 34 250 216 21.91 0.01 148 35 249 214 22.41 0.24 149 35 250 215 21.87 0.01 150 36 88 52 205.41 1.01 151 36 89 53 205.22 1.09 152 36 206 170 195.47 1.05 153 37 58 21 298.44 2.54 154 37 59 22 298.44 2.54 155 37 246 209 35.06 0.07 156 38 58 20 298.86 2.49 157 38 59 21 298.44 2.54 158 38 60 22 298.44 2.54 159 38 89 51 205.40 1.01 160 38 242 204 59.43 0.70 161 39 58 19 298.99 2.50 162 39 59 20 298.92 2.50 163 39 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