BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1004 1012 8 162.75 0.33 2 1005 1011 6 164.91 0.00 3 1005 1012 7 164.91 0.00 4 1005 1013 8 164.91 0.00 5 1005 1084 79 164.31 0.30 6 1006 1009 3 868.17 0.10 7 1006 1010 4 714.97 41.63 8 1006 1011 5 165.03 0.06 9 1006 1080 74 163.11 0.29 10 1006 1083 77 164.91 0.00 11 1006 1084 78 165.01 0.04 12 1007 1080 73 165.01 0.04 13 1008 1047 39 165.02 0.04 14 1008 1048 40 165.01 0.04 15 1008 1050 42 165.01 0.04 16 1008 1076 68 165.00 0.04 17 1008 1080 72 165.03 0.05 18 1009 1045 36 166.08 0.12 19 1009 1047 38 165.30 0.18 20 1009 1050 41 165.02 0.04 21 1009 1065 56 165.02 0.04 22 1009 1076 67 165.03 0.05 23 1009 1077 68 165.02 0.04 24 1009 1080 71 165.19 0.00 25 1009 1081 72 165.06 0.06 26 1009 1084 75 167.66 0.71 27 1010 1045 35 166.10 0.12 28 1010 1047 37 166.08 0.12 29 1011 1015 4 837.60 1.45 30 1011 1044 33 166.84 0.14 31 1011 1045 34 166.41 0.07 32 1011 1052 41 166.23 0.15 33 1011 1081 70 167.04 0.44 34 1011 1084 73 169.22 0.35 35 1012 1015 3 857.93 3.87 36 1012 1016 4 848.83 4.16 37 1012 1084 72 169.34 0.40 38 1013 1016 3 864.34 2.35 39 1013 1017 4 844.19 1.83 40 1013 1083 70 174.50 0.74 41 1013 1084 71 169.35 0.40 42 1014 1017 3 859.19 4.92 43 1015 1044 29 207.57 10.61 44 1015 1054 39 219.00 16.31 45 1016 1019 3 842.38 0.81 46 1016 1054 38 245.72 2.96 47 1016 1061 45 271.82 0.16 48 1016 1063 47 209.47 11.54 49 1016 1084 68 204.31 3.14 50 1016 1085 69 221.46 1.40 51 1016 1086 70 193.08 0.42 52 1017 1054 37 266.02 0.36 53 1017 1061 44 276.42 0.07 54 1019 1061 42 288.57 1.93 55 1019 1062 43 285.95 1.71 56 1019 1063 44 280.78 0.86 57 1019 1086 67 224.33 0.68 58 1020 1086 66 224.25 0.65 59 1020 1087 67 224.25 0.65 60 1020 1088 68 224.25 0.65 61 1021 1062 41 288.97 1.98 62 1021 1063 42 288.95 1.97 63 1021 1086 65 224.46 0.67 64 1021 1088 67 224.25 0.65 65 1021 1090 69 224.27 0.64 66 1021 1249 228 71.09 6.50 67 1021 1252 231 43.65 0.51 68 1021 1253 232 43.10 0.37 69 1022 1063 41 288.95 1.97 70 1022 1081 59 225.19 0.58 71 1022 1086 64 224.99 0.55 72 1022 1088 66 224.41 0.65 73 1022 1089 67 224.28 0.64 74 1022 1090 68 224.27 0.64 75 1023 1034 11 289.15 1.95 76 1023 1038 15 289.60 1.96 77 1023 1062 39 289.11 1.99 78 1023 1063 40 289.05 1.96 79 1023 1064 41 288.99 1.97 80 1023 1065 42 289.01 1.95 81 1023 1090 67 224.28 0.64 82 1023 1092 69 224.24 0.63 83 1023 1245 222 90.91 5.58 84 1023 1246 223 90.87 5.58 85 1023 1249 226 72.06 6.99 86 1024 1065 41 289.03 1.96 87 1024 1067 43 288.88 1.94 88 1024 1081 57 225.69 0.57 89 1024 1089 65 224.94 0.57 90 1024 1090 66 224.46 0.67 91 1024 1091 67 224.36 0.68 92 1024 1202 178 224.69 0.58 93 1025 1030 5 710.22 52.04 94 1025 1031 6 440.89 73.95 95 1025 1034 9 289.85 1.86 96 1025 1064 39 289.18 1.98 97 1025 1065 40 289.11 1.95 98 1025 1066 41 289.01 1.97 99 1025 1067 42 289.01 1.96 100 1025 1092 67 224.41 0.68 101 1026 1067 41 289.02 1.97 102 1026 1068 42 288.88 1.94 103 1026 1091 65 225.14 0.55 104 1027 1030 3 865.77 1.96 105 1027 1031 4 852.09 4.87 106 1027 1066 39 289.13 1.97 107 1028 1031 3 855.90 2.98 108 1028 1049 21 289.14 1.95 109 1028 1051 23 289.11 1.94 110 1028 1066 38 289.16 1.97 111 1029 1033 4 860.17 3.31 112 1030 1033 3 857.32 4.74 113 1030 1034 4 849.46 3.50 114 1030 1092 62 224.91 0.61 115 1030 1093 63 224.80 0.57 116 1030 1094 64 224.48 0.68 117 1030 1238 208 91.50 5.69 118 1030 1242 212 91.42 5.71 119 1031 1034 3 866.54 0.13 120 1031 1035 4 846.35 1.96 121 1031 1051 20 289.54 1.97 122 1031 1052 21 289.72 1.95 123 1031 1053 22 289.81 1.91 124 1031 1064 33 289.69 1.96 125 1031 1066 35 289.41 1.99 126 1032 1035 3 857.60 4.63 127 1032 1036 4 845.25 2.50 128 1032 1053 21 289.86 1.91 129 1033 1036 3 858.08 3.74 130 1033 1037 4 853.50 1.46 131 1034 1037 3 867.87 4.50 132 1034 1038 4 854.14 1.78 133 1034 1064 30 289.81 1.91 134 1034 1092 58 224.44 0.67 135 1034 1242 208 91.40 5.70 136 1034 1246 212 90.94 5.61 137 1035 1038 3 854.14 1.79 138 1035 1041 6 303.96 5.38 139 1035 1053 18 289.89 1.92 140 1035 1055 20 300.48 7.12 141 1035 1064 29 289.86 1.93 142 1036 1041 5 452.88 72.11 143 1037 1242 205 91.47 5.69 144 1037 1243 206 91.41 5.70 145 1037 1246 209 91.04 5.59 146 1038 1041 3 895.30 1.30 147 1038 1055 17 354.02 1.45 148 1038 1056 18 354.06 1.39 149 1038 1057 19 354.03 1.38 150 1038 1062 24 353.04 1.40 151 1038 1064 26 348.12 0.20 152 1038 1246 208 90.96 5.61 153 1039 1055 16 354.11 1.41 154 1039 1056 17 354.06 1.39 155 1040 1054 14 354.31 1.42 156 1040 1055 15 354.14 1.41 157 1040 1056 16 354.14 1.41 158 1041 1053 12 354.35 1.42 159 1041 1054 13 354.29 1.41 160 1041 1055 14 354.20 1.44 161 1042 1053 11 354.37 1.41 162 1042 1054 12 354.32 1.43 163 1043 1051 8 354.61 1.47 164 1043 1052 9 354.51 1.45 165 1043 1053 10 354.44 1.44 166 1044 1052 8 354.54 1.45 167 1044 1053 9 354.49 1.43 168 1044 1054 10 354.47 1.44 169 1044 1063 19 354.18 1.40 170 1045 1051 6 354.62 1.47 171 1045 1052 7 354.58 1.47 172 1046 1050 4 354.68 1.48 173 1046 1051 5 354.62 1.47 174 1047 1050 3 828.88 2.60 175 1049 1066 17 354.13 1.38 176 1049 1067 18 354.11 1.38 177 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