BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1004 1012 8 162.77 0.12 2 1005 1011 6 163.58 0.21 3 1005 1012 7 163.30 0.29 4 1005 1013 8 163.37 0.30 5 1005 1084 79 163.15 0.24 6 1006 1009 3 870.07 0.48 7 1006 1010 4 805.39 5.67 8 1006 1011 5 382.84 109.71 9 1006 1080 74 163.06 0.27 10 1006 1083 77 163.27 0.25 11 1006 1084 78 163.64 0.18 12 1007 1080 73 163.72 0.15 13 1008 1047 39 163.98 0.18 14 1008 1050 42 163.72 0.14 15 1008 1076 68 163.71 0.15 16 1008 1080 72 163.73 0.15 17 1009 1045 36 164.54 0.35 18 1009 1047 38 164.07 0.14 19 1009 1050 41 163.72 0.15 20 1009 1065 56 163.72 0.15 21 1009 1077 68 163.72 0.15 22 1009 1080 71 163.75 0.15 23 1009 1081 72 164.25 0.41 24 1009 1084 75 166.68 0.41 25 1010 1045 35 164.62 0.38 26 1010 1047 37 164.61 0.37 27 1011 1015 4 826.48 4.08 28 1011 1044 33 166.47 0.48 29 1011 1045 34 164.84 0.32 30 1011 1052 41 164.84 0.32 31 1011 1081 70 164.97 0.26 32 1011 1084 73 168.31 0.06 33 1012 1015 3 846.84 3.60 34 1012 1016 4 843.35 5.33 35 1012 1084 72 169.11 0.43 36 1013 1016 3 859.44 2.92 37 1013 1017 4 838.98 0.32 38 1013 1083 70 171.38 0.61 39 1013 1084 71 169.11 0.42 40 1014 1017 3 863.91 0.69 41 1015 1044 29 175.34 0.21 42 1015 1054 39 205.40 9.04 43 1016 1019 3 847.59 3.23 44 1016 1061 45 271.62 0.52 45 1016 1063 47 206.53 9.60 46 1016 1084 68 200.56 1.26 47 1016 1086 70 193.37 2.34 48 1017 1054 37 262.22 1.29 49 1017 1061 44 282.72 1.65 50 1019 1061 42 293.13 0.35 51 1019 1062 43 290.98 0.19 52 1019 1063 44 289.87 0.15 53 1019 1086 67 222.84 1.53 54 1020 1085 65 223.19 1.46 55 1020 1086 66 222.84 1.53 56 1020 1087 67 222.84 1.53 57 1020 1088 68 222.84 1.53 58 1021 1062 41 293.26 0.34 59 1021 1063 42 293.26 0.33 60 1021 1086 65 223.06 1.51 61 1021 1088 67 222.84 1.53 62 1021 1090 69 222.84 1.53 63 1021 1249 228 82.70 0.59 64 1021 1252 231 55.84 7.12 65 1021 1253 232 40.16 0.01 66 1022 1063 41 293.26 0.34 67 1022 1081 59 223.46 1.48 68 1022 1086 64 223.25 1.45 69 1022 1088 66 222.94 1.53 70 1022 1089 67 222.85 1.53 71 1022 1090 68 222.85 1.52 72 1023 1034 11 293.97 0.47 73 1023 1038 15 294.04 0.48 74 1023 1062 39 293.55 0.32 75 1023 1063 40 293.31 0.33 76 1023 1064 41 293.27 0.32 77 1023 1065 42 293.27 0.32 78 1023 1090 67 222.88 1.53 79 1023 1092 69 222.79 1.50 80 1023 1245 222 97.86 0.43 81 1023 1246 223 97.83 0.43 82 1023 1249 226 89.92 0.25 83 1024 1065 41 293.29 0.33 84 1024 1067 43 293.23 0.33 85 1024 1081 57 224.24 1.51 86 1024 1089 65 223.24 1.44 87 1024 1090 66 223.01 1.50 88 1024 1091 67 222.88 1.53 89 1025 1030 5 613.13 8.76 90 1025 1031 6 294.00 0.48 91 1025 1034 9 294.07 0.47 92 1025 1064 39 293.45 0.33 93 1025 1065 40 293.35 0.35 94 1025 1066 41 293.27 0.32 95 1025 1067 42 293.26 0.32 96 1025 1092 67 222.92 1.54 97 1026 1067 41 293.30 0.34 98 1026 1068 42 293.19 0.34 99 1026 1091 65 223.41 1.48 100 1027 1030 3 859.28 3.54 101 1027 1031 4 841.47 0.80 102 1027 1066 39 293.38 0.35 103 1028 1031 3 858.35 3.65 104 1028 1049 21 293.55 0.47 105 1028 1051 23 293.37 0.36 106 1028 1066 38 293.39 0.35 107 1030 1033 3 846.14 2.65 108 1030 1034 4 853.38 6.08 109 1030 1238 208 100.03 0.24 110 1031 1034 3 865.98 0.21 111 1031 1035 4 857.26 4.54 112 1031 1051 20 294.10 0.47 113 1031 1052 21 294.15 0.48 114 1031 1053 22 294.18 0.47 115 1031 1064 33 294.11 0.43 116 1031 1065 34 294.11 0.43 117 1031 1066 35 294.00 0.43 118 1032 1035 3 865.98 0.21 119 1032 1036 4 865.06 0.66 120 1032 1053 21 294.20 0.46 121 1033 1036 3 865.07 0.66 122 1033 1037 4 866.92 0.28 123 1034 1037 3 869.56 0.24 124 1034 1038 4 866.92 0.28 125 1034 1064 30 294.19 0.46 126 1034 1092 58 222.93 1.51 127 1034 1242 208 99.94 0.22 128 1034 1246 212 97.85 0.44 129 1035 1038 3 866.90 0.28 130 1035 1041 6 304.12 4.17 131 1035 1053 18 294.23 0.47 132 1035 1064 29 294.19 0.46 133 1037 1242 205 99.95 0.22 134 1037 1243 206 99.92 0.23 135 1037 1246 209 97.92 0.43 136 1038 1041 3 903.41 2.78 137 1038 1055 17 345.93 0.66 138 1038 1056 18 346.81 0.87 139 1038 1057 19 346.66 0.95 140 1038 1062 24 346.05 0.71 141 1038 1064 26 343.47 1.81 142 1038 1246 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