BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 7 3 864.56 3.46 2 4 8 4 864.56 3.46 3 4 134 130 105.51 0.38 4 4 135 131 110.40 1.92 5 4 138 134 105.53 0.36 6 4 139 135 101.69 0.24 7 4 140 136 100.72 0.24 8 4 174 170 100.73 0.24 9 5 8 3 864.56 3.46 10 5 9 4 858.05 6.71 11 5 174 169 100.75 0.24 12 5 196 191 111.81 0.65 13 5 198 193 100.73 0.24 14 6 9 3 875.44 1.98 15 6 10 4 857.43 3.04 16 7 10 3 871.45 3.98 17 7 11 4 857.43 3.04 18 7 138 131 115.42 0.58 19 7 140 133 113.23 1.01 20 8 11 3 875.36 2.02 21 8 12 4 846.35 2.51 22 8 76 68 113.22 1.01 23 8 140 132 113.24 1.01 24 8 142 134 113.24 1.01 25 8 175 167 113.27 0.99 26 8 198 190 114.20 1.02 27 8 200 192 113.52 0.86 28 8 226 218 114.18 1.02 29 9 12 3 870.24 3.29 30 9 13 4 796.72 12.33 31 9 14 5 792.86 14.21 32 9 198 189 114.29 1.06 33 9 226 217 114.18 1.02 34 10 14 4 766.30 0.93 35 11 74 63 115.48 0.55 36 11 107 96 115.55 0.55 37 12 18 6 115.51 0.56 38 12 20 8 115.48 0.55 39 12 56 44 115.48 0.55 40 12 57 45 115.49 0.55 41 12 74 62 115.52 0.56 42 12 75 63 115.53 0.56 43 12 76 64 115.86 0.39 44 12 107 95 116.25 0.21 45 12 108 96 116.26 0.21 46 13 16 3 836.61 1.11 47 13 17 4 306.02 94.69 48 13 18 5 115.52 0.56 49 13 226 213 115.53 0.57 50 15 54 39 489.76 0.23 51 15 56 41 457.31 2.08 52 15 252 237 28.12 0.18 53 16 226 210 161.21 0.06 54 17 221 204 161.37 0.03 55 17 225 208 161.43 0.01 56 17 226 209 161.21 0.06 57 17 251 234 28.15 0.17 58 17 252 235 28.14 0.17 59 18 56 38 489.50 0.31 60 18 200 182 161.51 0.01 61 18 226 208 161.54 0.01 62 18 227 209 160.78 0.27 63 18 228 210 160.78 0.27 64 18 251 233 28.16 0.17 65 18 252 234 28.14 0.17 66 19 55 36 489.88 0.27 67 19 56 37 489.84 0.25 68 19 57 38 489.74 0.24 69 19 228 209 161.21 0.06 70 19 230 211 160.75 0.26 71 19 247 228 42.16 0.07 72 19 248 229 37.29 0.31 73 19 251 232 28.15 0.18 74 19 252 233 28.14 0.17 75 20 56 36 489.88 0.27 76 20 57 37 489.71 0.24 77 20 58 38 489.72 0.24 78 20 59 39 489.66 0.23 79 20 76 56 487.53 0.72 80 20 200 180 163.17 0.18 81 20 228 208 161.57 0.01 82 20 229 209 160.89 0.22 83 20 230 210 160.77 0.27 84 21 46 25 490.15 0.24 85 21 49 28 490.25 0.29 86 21 50 29 490.06 0.24 87 21 55 34 490.04 0.24 88 21 57 36 489.90 0.26 89 21 58 37 489.82 0.29 90 21 59 38 489.85 0.26 91 21 230 209 161.35 0.01 92 21 234 213 149.80 0.69 93 21 235 214 149.72 0.72 94 22 25 3 977.40 0.63 95 22 59 37 489.86 0.26 96 22 230 208 161.56 0.01 97 22 231 209 160.76 0.27 98 22 235 213 149.83 0.68 99 23 34 11 492.73 0.53 100 23 40 17 490.57 0.33 101 23 41 18 490.60 0.35 102 23 43 20 490.44 0.35 103 23 46 23 490.44 0.34 104 23 59 36 489.94 0.26 105 23 60 37 489.94 0.26 106 23 64 41 489.94 0.26 107 23 235 212 149.81 0.68 108 24 27 3 889.09 0.98 109 24 28 4 831.22 7.08 110 24 61 37 489.93 0.26 111 24 78 54 489.93 0.26 112 25 28 3 862.90 1.04 113 25 29 4 795.64 13.14 114 25 30 5 500.86 2.89 115 25 33 8 493.99 0.59 116 25 231 206 163.38 0.02 117 25 232 207 163.03 0.17 118 25 235 210 161.25 0.01 119 26 30 4 499.06 1.99 120 26 34 8 495.10 0.04 121 27 61 34 490.42 0.34 122 27 81 54 490.32 0.34 123 27 82 55 490.38 0.33 124 27 83 56 490.40 0.33 125 28 81 53 490.38 0.34 126 28 82 54 490.40 0.33 127 28 83 55 490.40 0.33 128 28 84 56 490.43 0.34 129 29 33 4 854.91 1.50 130 29 84 55 490.44 0.34 131 29 232 203 163.93 0.26 132 30 33 3 891.02 2.85 133 31 34 3 878.80 3.17 134 31 35 4 869.98 1.25 135 32 35 3 878.81 3.17 136 33 232 199 163.34 0.15 137 33 235 202 161.59 0.00 138 33 236 203 160.74 0.23 139 34 37 3 874.32 0.47 140 34 38 4 786.32 8.56 141 34 40 6 496.44 2.48 142 34 41 7 491.13 0.18 143 34 235 201 161.57 0.00 144 35 38 3 847.40 1.89 145 36 206 170 163.32 0.14 146 36 236 200 161.49 0.03 147 36 238 202 159.52 0.65 148 37 40 3 868.61 1.14 149 37 45 8 638.00 67.47 150 37 235 198 161.55 0.01 151 37 236 199 160.05 0.18 152 37 237 200 159.18 0.60 153 37 238 201 152.89 0.80 154 38 41 3 865.88 2.50 155 39 42 3 869.00 0.94 156 39 45 6 639.87 68.41 157 40 45 5 799.35 11.88 158 40 46 6 774.20 0.64 159 40 235 195 157.46 1.45 160 42 45 3 856.44 3.04 161 42 46 4 853.29 1.47 162 43 46 3 856.45 3.04 163 43 47 4 857.21 0.50 164 43 64 21 491.32 0.34 165 43 68 25 493.28 1.26 166 44 47 3 860.37 1.08 167 44 48 4 858.49 0.14 168 44 68 24 494.36 0.83 169 45 48 3 860.37 1.07 170 45 49 4 848.08 5.07 171 45 240 195 92.52 12.85 172 46 49 3 858.49 0.14 173 46 50 4 854.50 1.86 174 46 60 14 491.70 0.52 175 46 235 189 152.89 0.80 176 47 50 3 862.08 4.09 177 47 51 4 850.16 1.86 178 47 58 11 494.33 0.74 179 47 60 13 494.25 0.78 180 47 68 21 496.24 1.51 181 47 69 22 496.24 1.51 182 47 70 23 496.35 1.53 183 47 72 25 496.28 1.51 184 48 51 3 869.50 0.38 185 48 52 4 850.10 1.90 186 49 52 3 869.17 7.63 187 49 53 4 837.15 0.35 188 49 234 185 156.90 1.18 189 49 235 186 149.81 0.74 190 49 240 191 56.51 1.59 191 49 241 192 56.41 1.61 192 50 53 3 869.16 7.64 193 50 54 4 834.98 0.73 194 50 55 5 515.78 10.10 195 50 58 8 496.10 1.57 196 50 73 23 497.28 1.95 197 51 54 3 840.83 1.35 198 51 72 21 546.57 5.26 199 51 73 22 503.20 1.01 200 52 241 189 56.42 1.61 201 52 245 193 53.05 1.12 202 53 241 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