BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 77 116 39 45.38 3.58 2 77 120 43 64.80 0.81 3 78 117 39 63.70 0.47 4 78 120 42 162.00 47.79 5 79 117 38 319.36 34.23 6 79 120 41 64.80 0.82 7 79 121 42 323.12 32.48 8 80 112 32 458.42 1.28 9 80 113 33 457.44 1.05 10 80 117 37 413.38 0.10 11 80 118 38 414.03 0.42 12 80 121 41 414.02 0.42 13 81 121 40 444.00 2.95 14 82 102 20 470.70 0.84 15 82 113 31 463.11 0.72 16 82 114 32 463.07 0.73 17 82 117 35 457.41 1.05 18 82 118 36 457.28 1.01 19 84 96 12 518.59 14.80 20 84 102 18 489.70 0.12 21 84 115 31 470.78 0.49 22 84 118 34 465.41 0.26 23 84 119 35 466.88 1.03 24 85 96 11 520.66 13.77 25 85 97 12 491.56 0.76 26 86 89 3 873.75 0.33 27 86 94 8 520.17 14.11 28 86 95 9 520.79 13.79 29 86 96 10 520.73 13.76 30 86 122 36 491.35 0.98 31 87 95 8 521.06 13.67 32 87 96 9 521.07 13.65 33 87 97 10 521.08 13.64 34 87 145 58 492.28 0.74 35 87 297 210 67.42 0.57 36 88 93 5 732.39 0.10 37 88 94 6 521.12 13.68 38 88 95 7 521.12 13.68 39 88 297 209 67.50 0.56 40 89 93 4 639.65 46.43 41 89 94 5 541.91 3.27 42 89 122 33 492.31 0.74 43 89 150 61 491.98 0.83 44 90 93 3 818.31 0.55 45 90 150 60 492.06 0.83 46 90 288 198 143.35 0.96 47 91 150 59 492.06 0.83 48 91 151 60 492.06 0.83 49 92 149 57 492.20 0.78 50 92 150 58 492.06 0.83 51 92 151 59 491.94 0.84 52 92 154 62 446.69 2.10 53 92 288 196 147.01 0.53 54 92 290 198 146.70 0.69 55 93 147 54 492.34 0.78 56 93 148 55 492.24 0.76 57 93 149 56 492.06 0.83 58 93 150 57 492.04 0.83 59 93 154 61 446.68 2.10 60 93 158 65 434.16 0.65 61 93 288 195 147.04 0.54 62 93 289 196 147.07 0.54 63 93 295 202 146.37 0.59 64 93 297 204 144.80 0.24 65 94 119 25 492.45 0.81 66 94 122 28 492.47 0.81 67 94 147 53 492.34 0.79 68 94 148 54 492.29 0.79 69 94 150 56 492.03 0.81 70 95 145 50 493.51 0.80 71 95 146 51 492.38 0.79 72 95 147 52 492.32 0.80 73 95 284 189 170.33 1.43 74 95 297 202 145.69 0.51 75 96 115 19 494.55 0.87 76 96 145 49 493.63 0.74 77 96 146 50 492.81 0.79 78 97 144 47 494.28 0.79 79 97 145 48 494.25 0.79 80 97 299 202 142.77 0.66 81 98 102 4 803.13 4.44 82 98 104 6 548.35 1.65 83 98 115 17 494.59 0.89 84 98 138 40 518.07 3.20 85 98 139 41 534.62 2.18 86 98 140 42 535.66 2.16 87 98 142 44 533.98 2.02 88 98 143 45 521.71 1.29 89 98 144 46 497.03 0.09 90 98 146 48 494.45 0.85 91 99 102 3 852.33 4.19 92 99 143 44 523.40 1.98 93 100 140 40 536.87 2.60 94 100 141 41 536.75 2.56 95 100 143 43 534.15 2.11 96 100 275 175 214.33 0.90 97 100 276 176 214.33 0.90 98 101 140 39 537.04 2.63 99 101 141 40 536.92 2.58 100 102 113 11 543.01 1.70 101 102 114 12 542.96 1.70 102 102 115 13 542.98 1.72 103 102 140 38 537.06 2.64 104 103 110 7 543.31 1.77 105 103 114 11 542.99 1.68 106 103 115 12 543.00 1.72 107 103 140 37 537.07 2.64 108 104 114 10 543.03 1.70 109 104 115 11 543.00 1.73 110 104 116 12 543.03 1.70 111 104 134 30 537.53 2.65 112 104 137 33 537.15 2.60 113 104 138 34 537.17 2.60 114 104 146 42 537.14 2.59 115 105 114 9 543.12 1.74 116 105 116 11 543.04 1.70 117 105 131 26 537.63 2.66 118 106 110 4 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