BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 248 245 20.84 0.84 2 3 249 246 14.94 0.15 3 4 248 244 23.80 1.58 4 5 116 111 42.77 0.44 5 5 240 235 43.27 0.61 6 5 244 239 39.50 1.88 7 5 247 242 32.70 0.58 8 5 248 243 28.86 0.94 9 6 117 111 42.81 0.43 10 6 118 112 40.62 0.52 11 6 247 241 37.16 0.04 12 6 248 242 30.64 0.38 13 8 12 4 851.16 2.08 14 8 13 5 851.15 2.09 15 8 117 109 337.20 3.91 16 8 118 110 42.83 0.43 17 9 12 3 859.94 0.33 18 9 13 4 851.16 2.08 19 10 13 3 863.38 3.41 20 10 14 4 851.18 2.10 21 11 14 3 860.61 4.12 22 11 15 4 853.87 0.75 23 11 90 79 560.47 18.45 24 12 15 3 869.15 0.53 25 12 16 4 854.50 1.06 26 12 90 78 560.49 18.45 27 12 91 79 560.44 18.44 28 12 92 80 560.47 18.45 29 12 95 83 560.22 18.32 30 12 117 105 524.66 0.53 31 13 16 3 866.27 1.09 32 13 17 4 859.36 1.36 33 13 117 104 528.26 1.54 34 14 17 3 865.27 1.59 35 14 18 4 858.70 1.70 36 15 18 3 876.80 3.88 37 15 19 4 853.39 4.11 38 15 88 73 569.46 19.96 39 15 90 75 569.77 20.11 40 15 91 76 569.56 20.01 41 16 19 3 877.10 7.50 42 16 20 4 853.39 4.11 43 16 91 75 569.79 20.09 44 16 99 83 565.66 17.96 45 16 115 99 535.70 1.18 46 16 117 101 531.45 0.92 47 17 20 3 884.36 3.87 48 17 21 4 860.27 0.68 49 18 21 3 877.51 1.64 50 18 22 4 860.29 0.69 51 18 88 70 575.59 18.13 52 19 22 3 860.31 0.68 53 19 23 4 860.28 0.69 54 19 88 69 575.60 18.13 55 19 91 72 575.53 18.13 56 19 96 77 575.21 17.97 57 19 99 80 576.13 17.53 58 20 23 3 874.45 6.37 59 20 24 4 860.45 0.62 60 20 99 79 576.13 17.53 61 20 102 82 577.50 16.43 62 20 103 83 577.49 16.43 63 20 106 86 580.01 12.86 64 21 24 3 863.28 2.04 65 21 25 4 864.09 0.65 66 22 25 3 876.96 0.18 67 22 26 4 863.52 0.93 68 22 84 62 584.07 14.45 69 22 88 66 583.77 14.54 70 23 26 3 864.10 0.64 71 23 27 4 861.47 0.09 72 23 81 58 584.19 14.50 73 23 84 61 584.08 14.45 74 23 96 73 583.39 14.39 75 23 99 76 583.26 14.33 76 23 100 77 583.16 14.29 77 23 103 80 583.40 14.14 78 24 27 3 865.36 0.01 79 24 28 4 854.47 3.63 80 24 103 79 583.45 14.14 81 24 106 82 582.64 13.01 82 24 107 83 580.56 11.96 83 25 28 3 868.72 3.74 84 25 29 4 854.47 3.62 85 26 29 3 871.18 2.25 86 26 30 4 850.88 1.83 87 26 32 6 812.82 1.97 88 26 80 54 590.08 11.62 89 26 81 55 589.62 11.84 90 26 84 58 585.14 14.00 91 27 30 3 873.60 5.42 92 27 31 4 843.73 0.81 93 27 32 5 806.40 3.60 94 27 33 6 746.65 10.54 95 27 36 9 683.34 3.33 96 27 100 73 584.65 13.76 97 27 103 76 584.54 13.65 98 27 104 77 584.50 13.62 99 27 107 80 581.74 12.25 100 28 31 3 863.90 6.16 101 30 80 50 591.70 10.88 102 31 184 153 297.50 0.14 103 32 35 3 866.71 1.27 104 32 36 4 855.16 3.34 105 32 80 48 592.48 10.52 106 33 36 3 871.13 0.94 107 33 37 4 861.62 0.12 108 33 104 71 584.96 13.46 109 33 107 74 585.01 13.37 110 33 108 75 582.23 11.98 111 33 165 132 298.38 0.23 112 34 37 3 861.72 0.17 113 34 38 4 861.73 0.17 114 34 165 131 298.38 0.23 115 34 166 132 298.23 0.28 116 34 183 149 297.89 0.20 117 34 184 150 297.54 0.14 118 35 38 3 874.57 1.94 119 35 39 4 861.73 0.17 120 35 74 39 602.51 10.59 121 35 76 41 602.35 10.63 122 35 77 42 602.30 10.62 123 35 80 45 602.31 10.62 124 35 172 137 299.05 0.26 125 36 39 3 874.57 1.95 126 36 40 4 861.74 0.17 127 36 77 41 602.34 10.63 128 36 80 44 602.33 10.62 129 36 81 45 602.31 10.62 130 36 104 68 585.62 13.13 131 37 40 3 872.76 3.70 132 37 41 4 861.73 0.17 133 37 101 64 588.09 12.17 134 37 104 67 585.65 13.14 135 37 105 68 585.65 13.14 136 37 162 125 298.50 0.28 137 37 165 128 298.39 0.23 138 37 235 198 201.61 1.05 139 37 239 202 197.93 0.72 140 38 41 3 868.87 3.40 141 38 42 4 851.41 3.14 142 38 70 32 603.36 10.43 143 38 71 33 603.31 10.45 144 38 72 34 603.31 10.45 145 38 73 35 603.16 10.39 146 38 74 36 603.02 10.44 147 38 172 134 299.16 0.28 148 39 42 3 867.39 4.13 149 39 43 4 846.26 3.63 150 39 60 21 603.49 10.36 151 39 74 35 602.97 10.41 152 39 77 38 602.85 10.39 153 39 78 39 602.89 10.42 154 39 81 42 602.38 10.64 155 39 97 58 591.51 11.33 156 40 43 3 863.09 0.82 157 40 44 4 849.41 5.22 158 40 97 57 591.52 11.33 159 40 98 58 591.50 11.33 160 40 101 61 588.15 12.18 161 41 44 3 858.40 2.34 162 41 45 4 849.38 5.23 163 41 131 90 472.39 1.15 164 41 132 91 472.39 1.15 165 41 145 104 320.91 1.44 166 41 149 108 320.37 1.17 167 41 242 201 189.99 1.16 168 42 46 4 860.81 0.48 169 42 60 18 603.51 10.37 170 42 70 28 603.43 10.42 171 42 71 29 603.39 10.42 172 42 74 32 603.19 10.42 173 42 131 89 472.39 1.15 174 43 46 3 907.58 2.15 175 43 55 12 604.38 10.17 176 43 56 13 604.04 10.25 177 43 60 17 603.50 10.36 178 43 98 55 592.06 11.30 179 44 47 3 906.08 2.17 180 44 55 11 604.16 10.19 181 44 56 12 604.03 10.24 182 44 98 54 592.06 11.30 183 44 242 198 190.02 1.15 184 44 243 199 189.97 1.15 185 44 245 201 188.95 1.44 186 45 131 86 472.30 1.12 187 45 149 104 320.17 1.18 188 45 242 197 190.02 1.15 189 46 54 8 606.11 10.18 190 46 55 9 606.07 10.16 191 46 65 19 603.80 10.29 192 46 126 80 545.01 0.14 193 46 130 84 485.94 5.88 194 46 131 85 474.56 0.23 195 47 52 5 678.14 11.46 196 47 53 6 613.28 7.49 197 47 54 7 607.00 10.62 198 47 55 8 606.07 10.16 199 47 148 101 321.10 1.20 200 47 149 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