BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 17 182 150 352.05 0.06 2 17 185 153 352.05 0.06 3 17 186 154 352.10 0.08 4 17 187 155 352.08 0.07 5 17 188 156 352.08 0.07 6 17 216 184 229.49 0.54 7 18 45 20 438.41 0.18 8 18 46 21 438.29 0.21 9 18 48 23 438.37 0.17 10 18 186 153 352.33 0.11 11 18 187 154 352.19 0.12 12 18 188 155 352.19 0.12 13 19 46 20 438.41 0.17 14 19 47 21 438.37 0.17 15 19 48 22 438.38 0.17 16 19 188 154 352.21 0.11 17 19 190 156 352.21 0.11 18 19 213 179 267.02 0.30 19 19 216 182 242.18 1.17 20 20 48 21 438.38 0.17 21 20 57 30 356.51 0.04 22 20 61 34 354.25 0.54 23 20 73 42 352.79 0.23 24 20 188 153 352.35 0.12 25 20 189 154 352.25 0.12 26 20 190 155 352.25 0.12 27 21 32 11 438.76 0.15 28 21 36 15 438.72 0.17 29 21 47 19 438.48 0.17 30 21 48 20 438.43 0.17 31 21 49 21 438.40 0.17 32 21 50 22 438.38 0.17 33 21 174 138 352.36 0.12 34 21 190 154 352.32 0.11 35 21 209 173 283.70 0.20 36 21 213 177 269.08 0.33 37 22 32 10 439.41 0.18 38 22 50 21 438.38 0.17 39 22 52 23 438.37 0.17 40 22 54 25 363.80 2.35 41 22 57 28 356.75 0.01 42 22 189 152 352.75 0.18 43 22 190 153 352.37 0.12 44 22 191 154 352.32 0.12 45 23 28 5 822.00 0.28 46 23 29 6 594.74 77.84 47 23 32 9 757.92 2.52 48 23 50 20 438.43 0.17 49 23 51 21 438.41 0.17 50 23 52 22 438.38 0.18 51 23 192 154 352.32 0.12 52 24 51 20 438.43 0.17 53 24 52 21 438.41 0.17 54 24 53 22 438.38 0.18 55 25 28 3 854.85 1.20 56 25 29 4 843.15 0.09 57 25 51 19 438.49 0.17 58 26 29 3 851.40 4.21 59 26 30 4 834.47 4.25 60 26 51 18 438.48 0.17 61 27 30 3 853.41 3.20 62 27 31 4 838.36 4.31 63 27 202 160 284.81 0.14 64 28 31 3 866.35 0.79 65 28 32 4 838.37 4.31 66 28 192 149 352.50 0.15 67 28 195 152 350.06 0.38 68 28 202 159 284.80 0.13 69 28 206 163 284.13 0.14 70 29 32 3 853.75 3.39 71 29 33 4 847.47 0.24 72 29 49 13 438.52 0.18 73 29 50 14 438.51 0.18 74 29 51 15 438.44 0.18 75 30 33 3 864.23 1.85 76 30 34 4 851.38 2.99 77 31 34 3 862.59 1.04 78 31 35 4 859.41 7.01 79 31 202 156 284.81 0.14 80 31 203 157 284.74 0.17 81 31 206 160 284.16 0.15 82 32 35 3 870.57 1.47 83 32 36 4 839.85 2.72 84 32 49 10 438.54 0.17 85 32 190 143 352.75 0.21 86 32 191 144 352.52 0.16 87 32 192 145 352.39 0.13 88 32 206 159 283.99 0.18 89 32 209 162 283.87 0.17 90 33 36 3 874.71 2.56 91 33 49 9 438.56 0.18 92 35 210 160 283.69 0.18 93 35 214 164 272.28 1.16 94 36 47 4 439.22 0.03 95 36 210 159 283.67 0.18 96 36 213 162 270.02 0.03 97 36 214 163 269.91 0.06 98 36 217 166 264.81 0.74 99 37 214 162 269.83 0.02 100 37 277 225 40.33 1.06 101 47 213 158 267.33 0.36 102 47 217 162 239.49 0.72 103 50 57 7 357.27 0.30 104 54 58 4 1009.73 0.07 105 54 75 17 353.70 0.10 106 54 89 31 353.17 0.07 107 54 92 34 353.18 0.07 108 54 93 35 353.18 0.07 109 54 189 127 353.71 0.10 110 55 59 4 967.11 9.12 111 55 92 33 353.20 0.05 112 56 59 3 1062.27 0.05 113 56 60 4 913.35 1.57 114 57 60 3 876.10 2.15 115 57 61 4 862.01 1.78 116 57 189 124 354.06 0.12 117 58 61 3 862.25 1.65 118 58 96 34 354.53 0.12 119 58 138 72 354.72 0.06 120 58 140 74 354.69 0.06 121 58 189 123 354.30 0.12 122 59 62 3 885.91 2.35 123 60 63 3 885.92 2.35 124 61 73 8 354.84 0.01 125 61 138 69 354.89 0.02 126 61 189 120 354.75 0.02 127 62 65 3 899.90 3.19 128 62 138 68 354.90 0.04 129 71 139 64 702.78 1.02 130 71 186 111 532.15 1.47 131 72 139 63 702.79 1.02 132 72 185 109 532.26 1.48 133 72 186 110 532.21 1.47 134 72 187 111 532.19 1.48 135 73 139 62 702.82 1.02 136 73 140 63 702.80 1.02 137 73 141 64 702.79 1.02 138 73 142 65 702.75 1.02 139 73 185 108 532.30 1.49 140 73 187 110 532.19 1.48 141 73 189 112 532.16 1.47 142 74 142 64 702.76 1.03 143 74 144 66 702.63 0.99 144 74 182 104 532.70 1.47 145 74 185 107 532.53 1.49 146 74 187 109 532.29 1.49 147 74 188 110 532.20 1.47 148 74 189 111 532.18 1.48 149 75 89 14 703.73 0.99 150 75 93 18 703.04 1.01 151 75 97 22 703.06 1.00 152 75 140 61 702.89 1.03 153 75 142 63 702.81 1.02 154 75 143 64 702.77 1.03 155 75 144 65 702.74 1.02 156 75 189 110 532.19 1.48 157 76 89 13 703.78 0.97 158 76 144 64 702.75 1.02 159 76 146 66 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