BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 203 199 172.35 1.24 2 4 204 200 172.02 1.41 3 4 205 201 167.22 0.03 4 4 227 223 108.53 0.94 5 5 36 31 606.38 29.24 6 5 37 32 606.37 29.23 7 5 38 33 606.37 29.24 8 5 205 200 168.97 0.12 9 6 36 30 606.40 29.24 10 6 37 31 606.37 29.24 11 6 38 32 606.37 29.23 12 6 221 215 108.62 0.96 13 6 227 221 108.61 0.96 14 6 228 222 108.59 0.96 15 6 229 223 108.60 0.96 16 6 244 238 34.74 0.04 17 6 247 241 23.14 0.30 18 7 37 30 606.39 29.23 19 7 38 31 606.37 29.23 20 7 40 33 606.37 29.23 21 7 90 83 186.49 0.93 22 7 124 117 179.44 0.13 23 7 161 154 179.34 0.18 24 7 205 198 179.19 0.18 25 7 207 200 168.09 0.35 26 7 227 220 110.41 0.11 27 7 228 221 108.61 0.96 28 7 229 222 108.60 0.96 29 8 37 29 606.44 29.23 30 8 38 30 606.41 29.23 31 8 39 31 606.38 29.23 32 8 40 32 606.38 29.23 33 8 229 221 108.61 0.96 34 8 231 223 108.59 0.96 35 8 240 232 49.40 0.07 36 8 243 235 35.66 0.35 37 8 244 236 33.88 0.47 38 9 40 31 606.38 29.23 39 9 229 220 110.44 0.10 40 9 230 221 108.61 0.96 41 9 231 222 108.59 0.96 42 9 240 231 49.48 0.07 43 10 40 30 606.41 29.23 44 10 41 31 606.38 29.23 45 10 42 32 606.37 29.23 46 10 231 221 108.61 0.96 47 10 235 225 75.53 0.12 48 10 240 230 49.47 0.08 49 11 42 31 606.38 29.23 50 11 64 53 284.94 0.48 51 11 92 81 186.65 0.96 52 11 95 84 186.21 0.89 53 11 230 219 111.68 0.42 54 11 231 220 109.62 0.49 55 11 232 221 108.59 0.96 56 11 235 224 79.39 0.36 57 12 15 3 868.99 3.65 58 12 21 9 607.57 29.26 59 12 24 12 607.06 29.05 60 12 25 13 607.12 29.06 61 12 41 29 606.44 29.23 62 12 42 30 606.40 29.23 63 12 43 31 606.39 29.23 64 12 44 32 606.38 29.23 65 12 51 39 522.49 32.33 66 12 64 52 285.07 0.50 67 12 235 223 102.98 1.72 68 12 236 224 79.09 0.21 69 13 44 31 606.39 29.23 70 13 64 51 285.00 0.52 71 13 95 82 186.69 0.96 72 13 97 84 186.59 0.91 73 13 170 157 186.47 0.93 74 13 232 219 111.67 0.42 75 15 21 6 751.04 32.79 76 15 44 29 606.41 29.23 77 15 236 221 108.23 1.00 78 16 20 4 808.74 6.42 79 16 21 5 751.04 32.79 80 16 47 31 606.38 29.23 81 17 20 3 865.70 3.56 82 17 21 4 808.75 6.42 83 17 47 30 606.38 29.23 84 18 22 4 811.70 4.95 85 18 47 29 606.39 29.22 86 18 50 32 577.37 30.65 87 19 22 3 840.89 2.43 88 19 23 4 824.44 1.42 89 20 23 3 846.86 1.32 90 20 24 4 835.74 4.24 91 21 24 3 856.20 6.00 92 21 25 4 833.46 3.07 93 21 47 26 606.38 29.21 94 21 50 29 543.97 26.93 95 22 25 3 862.31 2.94 96 22 26 4 846.43 3.42 97 22 50 28 543.97 26.93 98 23 26 3 854.91 0.82 99 23 27 4 846.43 3.42 100 24 27 3 855.00 0.87 101 24 28 4 847.85 4.29 102 24 235 211 106.07 0.36 103 24 236 212 77.31 0.98 104 25 28 3 844.32 0.16 105 25 29 4 839.40 0.07 106 25 50 25 530.45 33.59 107 25 51 26 519.99 34.05 108 25 54 29 357.53 34.97 109 25 55 30 287.73 0.42 110 26 29 3 854.89 0.83 111 26 30 4 828.83 0.73 112 27 30 3 835.15 1.96 113 27 31 4 823.66 1.54 114 27 241 214 54.76 1.10 115 28 31 3 845.25 5.84 116 28 41 13 606.57 29.25 117 28 55 27 287.72 0.42 118 28 59 31 286.20 0.24 119 28 240 212 53.34 1.81 120 29 54 25 288.00 0.24 121 29 55 26 287.60 0.35 122 29 56 27 287.43 0.37 123 31 241 210 49.14 0.08 124 32 245 213 39.16 1.17 125 33 39 6 607.00 29.27 126 33 59 26 285.80 0.29 127 33 241 208 48.31 0.21 128 33 244 211 36.75 0.14 129 33 245 212 35.68 0.34 130 34 37 3 856.11 0.31 131 34 245 211 34.77 0.12 132 34 248 214 31.68 0.35 133 37 244 207 34.74 0.04 134 38 90 52 186.48 0.93 135 38 205 167 179.33 0.18 136 39 59 20 285.31 0.40 137 39 60 21 285.11 0.50 138 39 240 201 49.45 0.09 139 39 244 205 34.73 0.04 140 40 60 20 285.11 0.50 141 40 62 22 285.10 0.50 142 40 90 50 186.48 0.94 143 40 124 84 184.23 1.00 144 41 55 14 286.70 0.54 145 41 59 18 285.86 0.26 146 41 60 19 285.66 0.30 147 41 61 20 285.14 0.49 148 41 62 21 285.12 0.49 149 42 62 20 285.12 0.49 150 42 64 22 284.93 0.49 151 43 48 5 561.70 51.98 152 43 51 8 423.85 10.12 153 43 62 19 285.38 0.44 154 43 64 21 285.13 0.48 155 44 47 3 842.53 5.27 156 44 48 4 809.23 5.63 157 44 64 20 285.15 0.49 158 45 48 3 851.83 3.76 159 45 78 33 214.90 0.21 160 47 50 3 854.03 2.65 161 47 51 4 819.80 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