BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 12 8 162.42 0.60 2 5 11 6 162.78 0.70 3 5 12 7 162.69 0.62 4 5 13 8 162.71 0.60 5 5 84 79 162.59 0.66 6 6 9 3 871.95 1.53 7 6 10 4 706.13 32.97 8 6 11 5 385.70 110.75 9 6 80 74 162.24 0.76 10 6 83 77 162.73 0.62 11 6 84 78 162.76 0.63 12 7 80 73 162.79 0.62 13 8 47 39 162.93 0.64 14 8 48 40 162.90 0.65 15 8 50 42 162.78 0.62 16 8 76 68 162.74 0.63 17 8 80 72 162.91 0.66 18 9 45 36 163.47 0.40 19 9 47 38 163.15 0.54 20 9 50 41 162.81 0.63 21 9 65 56 162.85 0.62 22 9 77 68 162.88 0.67 23 9 80 71 162.91 0.65 24 9 81 72 162.91 0.65 25 10 45 35 164.00 0.28 26 10 47 37 163.47 0.40 27 11 15 4 835.53 2.81 28 11 44 33 164.21 0.29 29 11 45 34 164.13 0.33 30 11 52 41 164.09 0.33 31 11 81 70 164.25 0.42 32 11 84 73 166.28 0.85 33 12 15 3 864.58 0.35 34 12 16 4 864.58 0.35 35 12 84 72 167.70 0.15 36 13 16 3 899.94 2.92 37 13 84 71 167.80 0.20 38 14 17 3 853.96 5.66 39 15 44 29 177.97 1.69 40 15 54 39 207.88 16.52 41 16 19 3 836.91 7.58 42 16 44 28 243.66 1.37 43 16 54 38 214.24 13.34 44 16 61 45 271.61 0.20 45 16 63 47 207.88 16.52 46 16 84 68 213.05 5.58 47 16 86 70 193.99 1.52 48 17 54 37 271.41 0.29 49 17 61 44 286.78 1.51 50 18 61 43 300.68 0.06 51 19 61 42 300.86 0.03 52 19 62 43 299.73 0.52 53 19 63 44 292.36 0.92 54 19 86 67 229.28 0.30 55 20 85 65 229.77 0.38 56 20 86 66 229.28 0.30 57 20 87 67 229.28 0.30 58 20 88 68 229.28 0.30 59 21 62 41 301.08 0.01 60 21 63 42 301.07 0.01 61 21 86 65 229.64 0.21 62 21 88 67 229.28 0.30 63 21 90 69 229.28 0.30 64 21 249 228 84.09 0.49 65 21 252 231 64.94 1.67 66 22 63 41 301.07 0.01 67 22 81 59 230.34 0.18 68 22 86 64 230.28 0.18 69 22 88 66 229.54 0.26 70 22 89 67 229.29 0.30 71 22 90 68 229.29 0.30 72 23 34 11 301.22 0.01 73 23 38 15 301.70 0.05 74 23 62 39 301.23 0.01 75 23 63 40 301.12 0.02 76 23 64 41 301.07 0.01 77 23 65 42 301.08 0.01 78 23 90 67 229.31 0.29 79 23 92 69 229.28 0.30 80 23 245 222 94.61 1.23 81 23 246 223 94.23 1.27 82 23 249 226 87.55 1.18 83 24 65 41 301.08 0.01 84 24 67 43 301.06 0.01 85 24 81 57 230.53 0.21 86 24 89 65 230.27 0.20 87 24 90 66 229.56 0.27 88 24 91 67 229.31 0.29 89 24 202 178 230.16 0.17 90 25 30 5 787.81 4.54 91 25 31 6 698.24 36.38 92 25 34 9 301.95 0.07 93 25 64 39 301.23 0.00 94 25 65 40 301.15 0.01 95 25 66 41 301.08 0.01 96 25 67 42 301.08 0.01 97 25 92 67 229.37 0.30 98 26 30 4 861.94 1.45 99 26 67 41 301.10 0.01 100 26 68 42 300.88 0.04 101 26 91 65 230.31 0.21 102 27 30 3 859.59 2.63 103 27 31 4 857.50 1.60 104 27 66 39 301.19 0.01 105 28 31 3 867.31 3.15 106 28 49 21 301.18 0.00 107 28 51 23 301.18 0.00 108 28 66 38 301.22 0.01 109 29 33 4 863.64 2.17 110 30 33 3 860.15 3.92 111 30 34 4 846.44 2.94 112 30 92 62 230.15 0.26 113 30 93 63 229.78 0.39 114 30 94 64 229.53 0.35 115 30 238 208 102.14 0.10 116 30 242 212 101.92 0.15 117 31 34 3 866.18 0.91 118 31 35 4 856.93 2.23 119 31 51 20 301.66 0.04 120 31 52 21 301.71 0.04 121 31 53 22 301.75 0.03 122 31 64 33 301.75 0.03 123 31 65 34 301.69 0.05 124 31 66 35 301.60 0.06 125 32 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