BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 227 223 113.48 0.04 2 4 229 225 112.30 0.45 3 4 230 226 111.92 0.61 4 5 205 200 173.27 0.68 5 5 206 201 172.81 0.91 6 5 207 202 172.76 0.90 7 5 208 203 165.36 1.35 8 5 230 225 113.73 0.10 9 6 37 31 488.63 90.53 10 6 38 32 488.63 90.53 11 6 39 33 488.63 90.53 12 6 208 202 172.12 1.21 13 7 37 30 488.70 90.52 14 7 38 31 488.64 90.53 15 7 39 32 488.64 90.53 16 7 224 217 113.83 0.12 17 7 230 223 113.79 0.10 18 7 250 243 21.91 0.42 19 8 38 30 488.68 90.51 20 8 39 31 488.63 90.53 21 8 41 33 488.64 90.52 22 8 91 83 200.69 0.29 23 8 164 156 184.94 0.73 24 8 208 200 184.67 0.69 25 8 210 202 166.70 1.15 26 8 230 222 114.09 0.17 27 8 231 223 113.83 0.09 28 8 232 224 113.78 0.10 29 9 38 29 488.79 90.50 30 9 39 30 488.70 90.52 31 9 40 31 488.65 90.53 32 9 41 32 488.65 90.52 33 9 232 223 113.80 0.10 34 9 243 234 58.27 0.46 35 9 247 238 47.22 0.25 36 10 41 31 488.66 90.53 37 10 125 115 197.49 0.61 38 10 210 200 185.77 0.32 39 10 232 222 114.09 0.17 40 10 233 223 113.78 0.11 41 10 234 224 113.77 0.11 42 10 243 233 58.29 0.46 43 11 41 30 488.69 90.52 44 11 42 31 488.67 90.52 45 11 43 32 488.67 90.51 46 11 234 223 113.78 0.10 47 11 238 227 86.05 0.74 48 11 243 232 59.41 0.10 49 12 43 31 488.68 90.51 50 12 66 54 306.36 0.39 51 12 96 84 200.31 0.29 52 12 233 221 115.12 0.23 53 12 234 222 113.98 0.10 54 12 235 223 113.77 0.10 55 12 238 226 94.97 1.15 56 13 16 3 886.75 2.44 57 13 22 9 493.59 88.66 58 13 25 12 490.29 90.31 59 13 26 13 490.29 90.31 60 13 42 29 488.80 90.50 61 13 43 30 488.70 90.52 62 13 44 31 488.70 90.51 63 13 52 39 451.26 71.73 64 13 66 53 306.69 0.41 65 13 238 225 110.09 0.70 66 13 239 226 86.22 0.73 67 14 45 31 488.72 90.50 68 14 66 52 306.41 0.37 69 14 96 82 201.05 0.52 70 14 98 84 200.42 0.30 71 14 173 159 200.40 0.31 72 15 45 30 488.74 90.50 73 16 45 29 488.78 90.50 74 16 239 223 113.65 0.06 75 17 22 5 818.69 0.46 76 17 48 31 488.83 90.44 77 18 21 3 849.27 2.27 78 18 22 4 838.51 3.06 79 18 48 30 488.88 90.42 80 19 22 3 857.86 6.57 81 19 23 4 845.41 1.67 82 19 51 32 478.53 84.95 83 20 24 4 867.22 3.92 84 21 24 3 895.48 2.75 85 21 25 4 853.55 0.21 86 21 239 218 113.18 0.19 87 22 25 3 864.04 2.29 88 22 26 4 854.69 2.38 89 22 48 26 488.94 90.31 90 22 51 29 473.42 82.53 91 22 239 217 111.52 0.97 92 23 26 3 867.67 3.75 93 23 27 4 854.72 2.40 94 23 55 32 438.92 62.80 95 24 27 3 868.94 4.71 96 24 28 4 852.14 3.75 97 25 28 3 862.73 1.54 98 25 29 4 853.78 2.87 99 25 238 213 111.39 0.90 100 25 239 214 107.42 0.07 101 25 240 215 86.58 0.94 102 26 29 3 853.80 2.87 103 26 30 4 853.78 2.87 104 26 52 26 449.87 68.28 105 26 55 29 312.94 0.24 106 26 56 30 310.87 1.26 107 27 30 3 858.25 0.64 108 27 31 4 847.14 3.23 109 28 31 3 861.16 3.25 110 28 32 4 846.20 3.70 111 28 241 213 79.41 1.02 112 28 244 216 64.03 2.06 113 29 32 3 863.23 1.81 114 29 56 27 311.19 1.46 115 29 58 29 311.15 1.49 116 29 61 32 310.55 1.57 117 29 243 214 63.89 2.12 118 29 244 215 59.47 0.07 119 30 55 25 311.94 1.08 120 30 56 26 311.19 1.46 121 30 57 27 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