BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 6 11 5 769.91 3.31 2 7 10 3 843.62 2.83 3 7 11 4 817.40 10.00 4 8 11 3 840.54 1.29 5 8 12 4 785.66 4.45 6 8 20 12 617.71 2.04 7 8 21 13 617.75 2.04 8 8 22 14 617.74 2.04 9 8 27 19 617.73 2.05 10 8 58 50 637.59 5.79 11 11 14 3 823.99 0.10 12 11 15 4 838.08 7.15 13 11 20 9 677.20 1.46 14 11 54 43 666.66 0.12 15 11 55 44 666.66 0.12 16 11 58 47 667.12 0.30 17 11 61 50 667.08 0.33 18 12 20 8 668.73 2.77 19 15 18 3 812.93 5.42 20 15 20 5 748.67 16.87 21 15 47 32 673.11 1.38 22 15 50 35 673.22 1.54 23 15 51 36 672.16 1.01 24 15 54 39 672.66 1.32 25 16 32 16 678.41 1.30 26 16 47 31 675.02 1.65 27 17 31 14 678.44 1.31 28 17 32 15 678.35 1.28 29 17 33 16 678.34 1.28 30 17 38 21 676.59 1.52 31 17 43 26 675.45 1.69 32 17 44 27 675.34 1.75 33 17 47 30 675.29 1.73 34 18 29 11 678.62 1.32 35 18 30 12 678.49 1.29 36 18 31 13 678.44 1.31 37 18 32 14 678.44 1.31 38 18 47 29 675.40 1.71 39 18 48 30 675.36 1.75 40 18 51 33 675.28 1.72 41 19 28 9 679.25 1.45 42 19 29 10 678.63 1.32 43 19 30 11 678.58 1.33 44 19 32 13 678.49 1.29 45 19 35 16 678.16 1.22 46 20 27 7 680.18 1.55 47 20 28 8 679.16 1.41 48 20 29 9 678.64 1.31 49 20 51 31 675.38 1.75 50 20 55 35 675.31 1.73 51 21 27 6 680.19 1.55 52 21 28 7 679.60 1.27 53 22 25 3 846.77 1.81 54 22 26 4 734.96 9.98 55 22 27 5 683.21 3.06 56 22 58 36 674.93 1.55 57 22 60 38 673.88 1.39 58 22 61 39 673.54 1.43 59 23 26 3 815.44 6.66 60 23 204 181 214.77 0.39 61 23 208 185 211.33 0.53 62 24 62 38 673.71 1.47 63 24 208 184 211.27 0.52 64 25 60 35 673.87 1.39 65 25 61 36 673.59 1.50 66 25 62 37 673.37 1.40 67 25 63 38 673.36 1.41 68 26 63 37 672.85 1.31 69 26 65 39 672.59 1.44 70 26 204 178 214.68 0.44 71 26 207 181 211.36 0.54 72 26 208 182 211.33 0.53 73 26 211 185 196.27 0.30 74 27 55 28 675.27 1.71 75 27 61 34 673.35 1.41 76 27 63 36 672.79 1.33 77 27 64 37 669.15 0.12 78 27 65 38 669.12 0.10 79 28 65 37 668.97 0.14 80 28 67 39 668.91 0.13 81 28 200 172 216.72 0.76 82 28 204 176 214.65 0.43 83 29 55 26 675.30 1.72 84 29 64 35 669.12 0.10 85 29 65 36 668.93 0.12 86 29 66 37 668.77 0.16 87 29 67 38 668.76 0.16 88 30 67 37 668.74 0.17 89 30 68 38 668.49 0.08 90 30 69 39 668.39 0.03 91 31 38 7 679.38 2.92 92 31 48 17 675.43 1.71 93 31 66 35 668.81 0.15 94 31 67 36 668.65 0.15 95 31 68 37 668.44 0.07 96 31 69 38 668.27 0.01 97 31 73 42 551.33 0.65 98 32 35 3 846.40 2.66 99 32 36 4 783.17 14.09 100 32 38 6 679.41 2.93 101 32 69 37 668.16 0.04 102 33 36 3 830.03 1.40 103 33 37 4 814.41 1.53 104 33 38 5 682.41 2.32 105 33 39 6 681.51 1.88 106 35 69 34 668.56 0.11 107 36 69 33 668.49 0.08 108 37 69 32 668.41 0.10 109 37 70 33 668.23 0.01 110 37 71 34 668.20 0.01 111 37 72 35 663.07 1.46 112 38 44 6 803.08 4.45 113 38 73 35 620.64 6.28 114 38 74 36 550.90 0.86 115 39 76 37 550.82 0.83 116 39 77 38 550.80 0.83 117 39 78 39 550.76 0.85 118 40 44 4 806.05 3.02 119 40 45 5 806.09 2.99 120 40 48 8 805.85 3.11 121 40 74 34 551.10 0.78 122 40 76 36 550.81 0.84 123 40 77 37 550.53 0.76 124 40 78 38 550.53 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