BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 203 199 173.83 0.91 2 4 204 200 172.60 1.36 3 4 205 201 167.64 0.58 4 4 224 220 117.25 1.53 5 4 227 223 116.92 1.60 6 5 35 30 672.44 1.47 7 5 36 31 672.40 1.48 8 5 37 32 672.39 1.48 9 5 38 33 672.37 1.48 10 5 205 200 169.24 0.06 11 6 36 30 672.41 1.47 12 6 37 31 672.39 1.48 13 6 38 32 672.39 1.48 14 6 221 215 117.02 1.59 15 6 227 221 117.11 1.57 16 6 228 222 116.99 1.60 17 6 229 223 117.00 1.60 18 6 246 240 35.43 0.55 19 6 247 241 28.32 0.10 20 7 38 31 672.39 1.48 21 7 40 33 672.39 1.48 22 7 90 83 194.25 0.52 23 7 124 117 177.94 0.48 24 7 161 154 177.65 0.62 25 7 205 198 177.25 0.47 26 7 207 200 169.10 0.01 27 7 227 220 117.29 1.51 28 7 228 221 117.05 1.60 29 7 229 222 117.00 1.60 30 8 37 29 672.45 1.47 31 8 38 30 672.45 1.47 32 8 39 31 672.40 1.48 33 8 40 32 672.39 1.48 34 8 229 221 117.05 1.60 35 8 231 223 117.00 1.60 36 8 240 232 53.88 0.48 37 8 243 235 42.62 0.57 38 8 244 236 36.62 0.01 39 9 40 31 672.39 1.48 40 9 229 220 117.31 1.53 41 9 230 221 117.01 1.60 42 9 231 222 117.00 1.60 43 10 40 30 672.43 1.48 44 10 41 31 672.39 1.48 45 10 42 32 672.39 1.48 46 10 231 221 117.01 1.60 47 10 235 225 79.30 0.41 48 10 240 230 53.95 0.49 49 11 42 31 672.39 1.48 50 11 64 53 280.79 1.66 51 11 92 81 194.72 0.22 52 11 95 84 194.02 0.46 53 11 230 219 118.01 1.47 54 11 231 220 117.28 1.51 55 11 232 221 117.00 1.60 56 11 235 224 83.13 0.28 57 12 15 3 864.67 1.41 58 12 21 9 673.77 1.50 59 12 24 12 673.39 1.35 60 12 25 13 673.27 1.42 61 12 41 29 672.45 1.47 62 12 42 30 672.40 1.48 63 12 43 31 672.40 1.48 64 12 44 32 672.39 1.48 65 12 51 39 574.20 1.30 66 12 64 52 280.81 1.65 67 12 235 223 112.77 0.14 68 12 236 224 82.94 0.19 69 13 44 31 672.40 1.48 70 13 64 51 280.81 1.64 71 13 95 82 194.72 0.23 72 13 97 84 194.73 0.20 73 13 170 157 194.13 0.48 74 13 232 219 118.00 1.47 75 15 21 6 826.81 0.36 76 15 44 29 672.42 1.48 77 15 236 221 116.98 1.61 78 16 20 4 822.53 0.55 79 16 21 5 755.52 35.27 80 16 47 31 672.35 1.51 81 17 20 3 856.81 2.54 82 17 21 4 836.87 4.07 83 17 47 30 672.24 1.57 84 18 21 3 864.89 1.51 85 18 22 4 836.87 4.07 86 18 47 29 672.23 1.57 87 18 50 32 624.88 1.07 88 19 22 3 853.59 4.16 89 19 23 4 854.50 3.70 90 20 23 3 858.28 1.81 91 20 24 4 856.52 2.69 92 21 24 3 858.27 1.81 93 21 25 4 854.55 3.68 94 21 47 26 672.18 1.58 95 21 50 29 605.70 1.64 96 21 236 215 109.59 1.48 97 22 25 3 842.60 1.23 98 22 26 4 840.21 4.34 99 22 50 28 601.95 0.24 100 23 26 3 838.85 5.02 101 23 27 4 838.85 5.03 102 24 27 3 843.52 2.81 103 24 28 4 838.85 5.03 104 24 235 211 115.27 0.80 105 24 236 212 87.09 1.31 106 25 28 3 851.11 1.10 107 25 29 4 843.38 2.76 108 25 50 25 595.04 3.21 109 25 51 26 574.11 7.03 110 25 54 29 284.53 2.21 111 25 55 30 284.36 2.23 112 26 29 3 855.11 3.10 113 26 30 4 843.38 2.75 114 27 30 3 856.38 2.46 115 27 31 4 853.46 3.93 116 28 31 3 857.99 1.66 117 28 33 5 834.32 1.77 118 28 41 13 672.53 1.44 119 28 55 27 284.36 2.23 120 28 59 31 282.18 1.84 121 28 240 212 54.12 0.53 122 28 241 213 53.98 0.48 123 28 244 216 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