BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1005 1084 79 153.86 0.83 2 1006 1009 3 914.18 2.80 3 1006 1080 74 153.09 1.21 4 1006 1083 77 154.07 0.78 5 1007 1010 3 883.55 5.02 6 1007 1048 41 154.49 0.58 7 1008 1047 39 154.54 0.56 8 1008 1048 40 154.49 0.58 9 1008 1050 42 154.39 0.62 10 1008 1076 68 154.27 0.69 11 1008 1080 72 154.40 0.63 12 1009 1045 36 154.77 0.48 13 1009 1050 41 154.39 0.62 14 1009 1065 56 154.40 0.62 15 1009 1077 68 154.38 0.63 16 1009 1080 71 154.40 0.63 17 1009 1081 72 154.40 0.62 18 1009 1084 75 157.88 0.88 19 1010 1045 35 154.78 0.48 20 1011 1015 4 848.59 4.83 21 1011 1016 5 833.11 2.79 22 1011 1044 33 159.10 1.23 23 1011 1045 34 155.75 0.47 24 1011 1052 41 158.18 1.69 25 1011 1084 73 163.67 0.66 26 1012 1015 3 865.68 2.72 27 1012 1016 4 858.09 0.08 28 1012 1084 72 163.73 0.66 29 1013 1016 3 871.75 5.75 30 1013 1017 4 855.97 0.98 31 1013 1084 71 163.75 0.67 32 1013 1085 72 163.82 0.69 33 1015 1044 29 172.23 1.28 34 1015 1054 39 173.65 0.57 35 1016 1019 3 829.23 5.90 36 1016 1054 38 182.96 0.92 37 1016 1061 45 266.81 0.61 38 1016 1063 47 172.29 1.25 39 1016 1084 68 196.16 1.29 40 1016 1085 69 201.41 1.92 41 1016 1086 70 189.85 1.07 42 1017 1054 37 252.53 3.85 43 1017 1061 44 275.13 2.29 44 1019 1061 42 282.74 0.48 45 1019 1062 43 281.58 0.18 46 1019 1063 44 277.11 1.74 47 1019 1086 67 216.10 2.23 48 1020 1086 66 216.09 2.22 49 1020 1087 67 216.09 2.22 50 1020 1088 68 216.08 2.22 51 1021 1062 41 283.22 0.56 52 1021 1063 42 283.20 0.56 53 1021 1086 65 216.40 2.14 54 1021 1088 67 216.08 2.22 55 1021 1090 69 216.08 2.23 56 1021 1252 231 38.79 0.10 57 1021 1253 232 35.38 0.59 58 1022 1063 41 283.20 0.56 59 1022 1081 59 217.21 2.12 60 1022 1086 64 217.14 2.17 61 1022 1088 66 216.19 2.25 62 1022 1089 67 216.09 2.23 63 1022 1090 68 216.08 2.23 64 1023 1034 11 283.45 0.52 65 1023 1062 39 283.36 0.56 66 1023 1063 40 283.31 0.56 67 1023 1064 41 283.25 0.54 68 1023 1065 42 283.25 0.54 69 1023 1090 67 216.06 2.23 70 1023 1245 222 79.73 6.58 71 1023 1249 226 49.84 0.64 72 1024 1065 41 283.26 0.55 73 1024 1067 43 283.20 0.56 74 1024 1081 57 217.66 2.15 75 1024 1089 65 217.03 2.12 76 1024 1090 66 216.21 2.25 77 1024 1091 67 216.08 2.23 78 1024 1092 68 216.08 2.24 79 1025 1031 6 283.44 0.51 80 1025 1034 9 283.75 0.54 81 1025 1065 40 283.35 0.56 82 1025 1066 41 283.24 0.54 83 1025 1067 42 283.24 0.55 84 1025 1091 66 216.19 2.25 85 1025 1092 67 216.11 2.25 86 1026 1066 40 283.32 0.55 87 1026 1067 41 283.24 0.55 88 1026 1068 42 283.14 0.55 89 1026 1091 65 217.23 2.13 90 1027 1030 3 858.83 2.35 91 1027 1031 4 847.40 2.52 92 1027 1066 39 283.43 0.54 93 1028 1031 3 858.21 2.89 94 1028 1049 21 283.31 0.54 95 1028 1051 23 283.43 0.52 96 1028 1066 38 283.44 0.55 97 1030 1033 3 862.76 5.08 98 1030 1034 4 849.72 5.64 99 1031 1034 3 862.76 5.08 100 1031 1035 4 838.82 0.18 101 1031 1051 20 284.01 0.60 102 1031 1052 21 284.06 0.61 103 1031 1053 22 284.11 0.58 104 1031 1064 33 284.00 0.59 105 1031 1066 35 283.56 0.60 106 1032 1035 3 852.19 5.34 107 1032 1036 4 838.83 0.20 108 1032 1053 21 284.21 0.60 109 1033 1036 3 841.48 1.12 110 1033 1037 4 841.50 1.11 111 1033 1242 209 80.66 6.52 112 1033 1243 210 80.66 6.52 113 1034 1037 3 866.20 3.37 114 1034 1038 4 858.33 7.30 115 1034 1064 30 284.17 0.58 116 1034 1092 58 216.05 2.25 117 1034 1242 208 80.59 6.54 118 1034 1245 211 80.34 6.64 119 1034 1246 212 79.76 6.57 120 1035 1038 3 858.05 0.70 121 1035 1041 6 307.85 3.86 122 1035 1053 18 284.25 0.61 123 1035 1055 20 287.53 1.02 124 1035 1064 29 284.18 0.58 125 1037 1242 205 80.66 6.52 126 1037 1243 206 80.64 6.52 127 1037 1246 209 79.89 6.55 128 1038 1041 3 887.03 1.91 129 1038 1055 17 348.62 0.18 130 1038 1056 18 348.75 0.18 131 1038 1057 19 348.98 0.15 132 1038 1062 24 348.74 0.18 133 1038 1064 26 344.39 0.28 134 1038 1246 208 79.85 6.57 135 1039 1055 16 348.78 0.20 136 1039 1056 17 348.77 0.20 137 1039 1057 18 349.02 0.17 138 1040 1056 16 349.06 0.17 139 1041 1053 12 349.39 0.00 140 1041 1054 13 349.11 0.14 141 1041 1055 14 349.07 0.17 142 1042 1053 11 349.44 0.03 143 1042 1054 12 349.44 0.03 144 1043 1046 3 1030.17 2.94 145 1043 1053 10 349.45 0.03 146 1044 1052 8 349.76 0.16 147 1044 1053 9 349.76 0.15 148 1044 1054 10 349.75 0.15 149 1044 1063 19 349.73 0.14 150 1045 1051 6 349.86 0.17 151 1045 1052 7 349.81 0.18 152 1046 1050 4 734.42 47.70 153 1046 1051 5 349.86 0.17 154 1047 1050 3 863.71 1.85 155 1049 1066 17 349.70 0.12 156 1049 1068 19 349.29 0.04 157 1050 1066 16 349.64 0.10 158 1050 1067 17 349.61 0.10 159 1050 1073 23 269.89 12.68 160 1050 1076 26 257.16 19.03 161 1051 1065 14 349.69 0.12 162 1051 1066 15 349.61 0.10 163 1052 1063 11 349.94 0.14 164 1052 1064 12 349.78 0.09 165 1052 1065 13 349.57 0.11 166 1053 1063 10 350.05 0.12 167 1053 1064 11 349.75 0.08 168 1054 1062 8 350.10 0.13 169 1054 1063 9 350.05 0.12 170 1055 1061 6 350.21 0.17 171 1055 1062 7 350.14 0.15 172 1055 1064 9 350.08 0.14 173 1056 1059 3 863.91 1.76 174 1056 1060 4 480.83 65.11 175 1056 1061 5 350.21 0.17 176 1056 1062 6 350.19 0.16 177 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