BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 12 8 28.62 0.94 2 5 11 6 28.80 0.86 3 5 12 7 28.75 0.87 4 5 13 8 28.75 0.87 5 5 84 79 28.75 0.87 6 6 9 3 884.32 1.73 7 6 10 4 778.13 2.18 8 6 11 5 33.25 2.94 9 6 80 74 28.89 0.81 10 6 83 77 28.89 0.81 11 6 84 78 28.89 0.81 12 7 80 73 50.05 0.94 13 8 47 39 58.80 0.60 14 8 50 42 53.30 0.06 15 8 76 68 50.66 1.10 16 8 80 72 51.60 0.63 17 9 45 36 58.83 0.59 18 9 47 38 58.83 0.60 19 9 50 41 53.33 0.07 20 9 65 56 53.25 0.04 21 9 77 68 52.66 0.24 22 9 80 71 51.68 0.61 23 9 81 72 51.62 0.64 24 10 45 35 83.34 12.84 25 10 47 37 58.88 0.59 26 11 15 4 855.04 1.34 27 11 16 5 854.84 1.24 28 11 44 33 121.53 2.65 29 11 45 34 90.14 16.21 30 11 52 41 83.52 12.92 31 11 81 70 120.52 3.21 32 11 84 73 136.31 1.34 33 12 15 3 869.01 2.68 34 12 16 4 866.05 4.16 35 12 84 72 144.64 5.50 36 13 16 3 880.75 0.69 37 13 17 4 859.10 0.68 38 13 84 71 144.64 5.50 39 14 17 3 868.26 3.06 40 15 44 29 178.31 1.17 41 15 54 39 241.64 2.35 42 16 19 3 842.88 9.64 43 16 54 38 241.63 2.35 44 16 61 45 271.44 0.32 45 16 63 47 234.24 1.34 46 16 84 68 205.40 6.11 47 16 86 70 184.17 1.02 48 17 54 37 266.50 1.97 49 17 61 44 284.98 0.86 50 19 61 42 293.43 1.50 51 19 62 43 291.22 2.23 52 19 63 44 285.41 0.68 53 19 86 67 227.81 0.01 54 20 85 65 228.10 0.07 55 20 86 66 227.81 0.01 56 20 87 67 227.80 0.01 57 20 88 68 227.80 0.01 58 21 62 41 294.27 1.39 59 21 63 42 294.27 1.39 60 21 86 65 228.25 0.01 61 21 88 67 227.80 0.01 62 21 249 228 80.11 0.29 63 21 252 231 63.33 1.08 64 21 253 232 41.59 1.89 65 22 63 41 294.26 1.39 66 22 81 59 228.84 0.14 67 22 86 64 228.75 0.15 68 22 88 66 227.90 0.01 69 22 89 67 227.82 0.01 70 22 90 68 227.81 0.01 71 23 34 11 295.05 1.34 72 23 38 15 295.08 1.33 73 23 62 39 294.85 1.38 74 23 63 40 294.65 1.29 75 23 64 41 294.30 1.36 76 23 65 42 294.27 1.37 77 23 90 67 227.86 0.01 78 23 92 69 227.80 0.01 79 23 245 222 97.50 2.48 80 23 246 223 97.23 2.35 81 23 249 226 89.57 0.28 82 24 65 41 294.38 1.32 83 24 67 43 294.20 1.37 84 24 81 57 229.43 0.23 85 24 89 65 228.63 0.18 86 24 90 66 228.00 0.04 87 24 91 67 227.83 0.01 88 24 92 68 227.83 0.01 89 25 30 5 731.50 39.20 90 25 31 6 460.16 83.78 91 25 34 9 295.39 1.41 92 25 64 39 294.94 1.39 93 25 65 40 294.83 1.39 94 25 66 41 294.39 1.31 95 25 67 42 294.38 1.32 96 25 92 67 227.87 0.01 97 26 30 4 858.90 2.45 98 26 66 40 294.83 1.39 99 26 67 41 294.42 1.31 100 26 68 42 294.19 1.38 101 26 91 65 228.74 0.15 102 27 30 3 861.01 1.95 103 27 31 4 854.88 0.45 104 27 66 39 294.88 1.37 105 28 31 3 869.16 2.68 106 28 49 21 294.94 1.33 107 28 51 23 294.94 1.37 108 28 66 38 294.89 1.38 109 29 33 4 856.44 0.34 110 30 33 3 853.01 1.36 111 30 34 4 851.05 2.35 112 30 92 62 228.31 0.07 113 30 93 63 228.27 0.06 114 30 94 64 228.14 0.04 115 30 238 208 101.36 1.42 116 30 242 212 100.95 1.44 117 31 34 3 861.63 2.44 118 31 35 4 851.27 2.21 119 31 51 20 295.07 1.37 120 31 52 21 295.15 1.38 121 31 53 22 295.20 1.38 122 31 64 33 295.12 1.41 123 31 66 35 294.92 1.40 124 32 35 3 861.11 2.70 125 32 36 4 854.94 0.39 126 32 53 21 295.24 1.38 127 33 36 3 877.51 4.68 128 33 37 4 862.40 1.69 129 33 235 202 101.61 1.38 130 34 37 3 880.41 3.23 131 34 38 4 877.51 4.68 132 34 64 30 295.13 1.43 133 34 92 58 228.06 0.01 134 34 242 208 100.92 1.45 135 34 246 212 98.15 2.15 136 35 38 3 866.30 0.94 137 35 41 6 299.75 3.60 138 35 53 18 295.29 1.39 139 35 55 20 295.31 1.38 140 35 64 29 295.14 1.43 141 36 41 5 485.89 78.19 142 37 242 205 100.95 1.46 143 37 243 206 100.85 1.43 144 37 246 209 99.77 1.35 145 38 41 3 906.29 3.02 146 38 55 17 353.51 1.71 147 38 56 18 354.90 1.78 148 38 57 19 354.95 1.80 149 38 62 24 353.97 1.51 150 38 64 26 337.60 0.41 151 38 246 208 97.51 2.48 152 39 55 16 354.92 1.78 153 39 56 17 354.91 1.78 154 40 55 15 355.00 1.82 155 40 56 16 355.00 1.82 156 41 53 12 355.19 1.82 157 41 54 13 355.17 1.82 158 41 55 14 355.06 1.84 159 42 53 11 355.20 1.81 160 42 54 12 355.19 1.82 161 43 46 3 1059.94 0.93 162 43 52 9 355.54 1.83 163 43 53 10 355.31 1.76 164 44 52 8 355.54 1.83 165 44 53 9 355.50 1.83 166 44 54 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