BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 203 199 176.19 0.97 2 4 204 200 175.58 0.89 3 4 205 201 168.78 0.49 4 4 224 220 118.50 1.70 5 4 227 223 118.12 1.80 6 5 35 30 670.77 0.12 7 5 36 31 670.75 0.12 8 5 37 32 670.75 0.12 9 5 38 33 670.71 0.14 10 5 205 200 173.21 2.33 11 6 36 30 670.77 0.12 12 6 37 31 670.75 0.13 13 6 38 32 670.74 0.13 14 6 221 215 118.45 1.69 15 6 227 221 118.45 1.69 16 6 228 222 118.45 1.69 17 6 229 223 118.45 1.69 18 6 246 240 36.62 0.29 19 6 247 241 23.19 0.70 20 7 38 31 670.75 0.12 21 7 40 33 670.74 0.12 22 7 90 83 355.09 0.60 23 7 124 117 336.89 1.08 24 7 161 154 331.59 1.54 25 7 205 198 181.13 0.09 26 7 207 200 176.37 0.20 27 7 227 220 118.75 1.60 28 7 228 221 118.45 1.69 29 7 229 222 118.45 1.69 30 8 37 29 670.81 0.12 31 8 38 30 670.77 0.12 32 8 39 31 670.75 0.14 33 8 40 32 670.74 0.12 34 8 229 221 118.45 1.69 35 8 231 223 118.42 1.70 36 8 240 232 55.66 0.30 37 8 243 235 41.10 0.26 38 8 244 236 38.19 0.21 39 9 40 31 670.74 0.12 40 9 229 220 118.59 1.69 41 9 230 221 118.44 1.69 42 9 231 222 118.42 1.70 43 9 240 231 55.73 0.30 44 10 40 30 670.78 0.12 45 10 41 31 670.73 0.12 46 10 42 32 670.73 0.12 47 10 231 221 118.45 1.69 48 10 235 225 79.97 0.73 49 10 240 230 55.76 0.31 50 11 42 31 670.74 0.12 51 11 64 53 354.98 0.68 52 11 95 84 353.16 0.29 53 11 230 219 119.55 1.39 54 11 231 220 118.53 1.69 55 11 232 221 118.44 1.69 56 11 235 224 84.77 0.98 57 12 15 3 882.12 4.03 58 12 21 9 671.63 0.19 59 12 24 12 671.47 0.12 60 12 25 13 671.47 0.12 61 12 28 16 671.45 0.12 62 12 41 29 670.82 0.12 63 12 42 30 670.77 0.13 64 12 43 31 670.75 0.12 65 12 44 32 670.73 0.13 66 12 51 39 586.95 2.16 67 12 55 43 504.24 33.23 68 12 235 223 104.22 1.86 69 12 236 224 80.92 0.51 70 13 44 31 670.75 0.12 71 13 64 51 355.17 0.70 72 13 95 82 355.19 0.68 73 13 97 84 354.46 0.92 74 13 232 219 119.56 1.38 75 14 44 30 670.77 0.13 76 15 21 6 736.91 31.03 77 15 44 29 670.80 0.12 78 15 236 221 118.27 1.78 79 16 20 4 837.75 1.09 80 16 21 5 674.19 0.13 81 16 47 31 670.73 0.12 82 17 20 3 871.98 1.80 83 17 21 4 836.75 0.59 84 17 47 30 670.74 0.12 85 18 22 4 836.61 0.41 86 18 47 29 670.75 0.14 87 18 50 32 627.81 9.30 88 19 22 3 854.87 1.77 89 19 23 4 849.17 4.62 90 20 23 3 848.17 1.60 91 20 24 4 841.90 1.55 92 21 24 3 841.90 1.55 93 21 25 4 841.71 1.65 94 21 44 23 670.82 0.13 95 21 47 26 670.48 0.09 96 21 236 215 107.77 3.95 97 22 25 3 853.07 4.01 98 22 26 4 841.87 1.57 99 22 50 28 592.97 0.19 100 23 26 3 853.07 4.01 101 23 27 4 843.31 2.29 102 24 27 3 850.65 1.38 103 24 28 4 847.34 0.29 104 24 235 211 117.48 1.88 105 24 236 212 95.18 2.33 106 24 237 213 82.03 0.28 107 25 28 3 847.34 0.28 108 25 29 4 847.34 0.29 109 25 50 25 589.24 1.18 110 25 51 26 517.69 36.81 111 25 54 29 431.18 2.23 112 25 55 30 431.11 2.23 113 26 29 3 859.75 1.28 114 26 30 4 847.38 0.29 115 27 30 3 861.73 1.24 116 27 31 4 847.34 0.29 117 27 238 211 71.95 1.48 118 28 31 3 847.83 0.07 119 28 41 13 670.84 0.14 120 28 55 27 399.91 17.84 121 28 59 31 359.26 1.36 122 28 240 212 55.84 0.27 123 28 241 213 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