BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 203 199 172.99 1.46 2 4 204 200 170.38 0.16 3 4 205 201 167.84 0.94 4 4 224 220 118.28 0.23 5 4 227 223 118.01 0.18 6 5 35 30 817.77 1.31 7 5 36 31 817.75 1.31 8 5 37 32 817.75 1.31 9 5 38 33 817.73 1.32 10 5 205 200 170.24 0.23 11 6 36 30 817.76 1.31 12 6 37 31 817.75 1.31 13 6 38 32 817.75 1.31 14 6 221 215 118.24 0.23 15 6 227 221 118.25 0.23 16 6 228 222 118.23 0.23 17 6 229 223 118.24 0.23 18 6 246 240 31.36 0.69 19 6 247 241 20.00 1.20 20 7 38 31 817.76 1.31 21 7 40 33 817.75 1.31 22 7 90 83 358.21 0.78 23 7 124 117 336.20 2.06 24 7 161 154 332.25 0.08 25 7 205 198 184.05 0.53 26 7 207 200 171.41 0.36 27 7 227 220 118.31 0.23 28 7 228 221 118.24 0.23 29 7 229 222 118.24 0.23 30 8 37 29 817.79 1.31 31 8 38 30 817.77 1.31 32 8 39 31 817.76 1.31 33 8 40 32 817.76 1.31 34 8 229 221 118.25 0.23 35 8 231 223 118.22 0.22 36 8 240 232 51.94 1.09 37 8 243 235 43.19 0.39 38 8 244 236 37.40 0.35 39 9 40 31 817.76 1.31 40 9 229 220 118.33 0.22 41 9 230 221 118.23 0.23 42 9 231 222 118.23 0.22 43 9 240 231 53.05 0.56 44 10 40 30 817.78 1.31 45 10 41 31 817.75 1.31 46 10 42 32 817.75 1.31 47 10 231 221 118.24 0.23 48 10 235 225 79.58 0.08 49 10 240 230 53.05 0.56 50 11 42 31 817.76 1.31 51 11 64 53 357.92 1.12 52 11 95 84 357.58 1.09 53 11 230 219 118.82 0.10 54 11 231 220 118.31 0.22 55 11 232 221 118.23 0.22 56 11 235 224 88.20 0.04 57 12 15 3 870.76 1.77 58 12 21 9 819.41 1.73 59 12 24 12 818.31 1.25 60 12 25 13 818.33 1.26 61 12 28 16 818.25 1.22 62 12 41 29 817.81 1.31 63 12 42 30 817.77 1.31 64 12 43 31 817.76 1.31 65 12 44 32 817.76 1.31 66 12 51 39 704.10 0.79 67 12 64 52 358.10 1.07 68 12 235 223 113.69 0.46 69 12 236 224 87.14 0.57 70 13 44 31 817.77 1.31 71 13 64 51 357.97 1.10 72 13 95 82 357.97 1.10 73 13 97 84 357.92 1.12 74 13 232 219 118.82 0.10 75 14 44 30 817.77 1.31 76 15 21 6 824.83 1.01 77 15 44 29 817.81 1.31 78 15 236 221 118.12 0.17 79 16 20 4 832.98 2.62 80 16 21 5 824.83 1.01 81 16 47 31 817.37 1.53 82 17 20 3 859.27 1.39 83 17 21 4 832.56 2.83 84 17 47 30 817.35 1.54 85 18 21 3 856.03 0.27 86 18 22 4 834.91 2.31 87 18 47 29 817.26 1.59 88 18 50 32 768.83 6.21 89 19 22 3 859.49 1.48 90 19 23 4 848.88 0.32 91 20 23 3 837.96 3.83 92 20 24 4 835.19 2.45 93 21 24 3 842.74 1.45 94 21 25 4 839.97 0.06 95 21 44 23 817.76 1.35 96 21 47 26 817.20 1.59 97 21 50 29 735.38 5.03 98 21 236 215 108.24 0.84 99 22 25 3 842.73 1.44 100 22 26 4 839.98 0.03 101 22 50 28 725.07 0.12 102 23 26 3 851.38 0.77 103 23 27 4 845.38 2.68 104 24 27 3 854.82 0.95 105 24 28 4 851.82 0.55 106 24 235 211 115.75 0.27 107 24 236 212 94.23 0.99 108 25 28 3 846.42 3.25 109 25 29 4 846.41 3.25 110 25 50 25 722.57 0.72 111 25 51 26 720.46 1.52 112 25 54 29 434.81 1.15 113 25 55 30 365.00 2.09 114 26 29 3 846.39 3.26 115 26 30 4 837.46 1.24 116 27 30 3 837.01 2.35 117 27 31 4 836.11 1.90 118 28 31 3 845.60 2.71 119 28 41 13 817.84 1.35 120 28 55 27 365.14 2.17 121 28 58 30 364.74 1.97 122 28 59 31 363.03 1.52 123 28 240 212 55.41 2.52 124 28 241 213 51.84 1.17 125 29 54 25 365.21 2.18 126 29 55 26 365.16 2.18 127 29 56 27 364.94 2.07 128 29 58 29 364.72 1.99 129 31 58 27 364.44 2.02 130 31 241 210 51.84 1.16 131 33 39 6 818.00 1.33 132 33 58 25 360.03 0.83 133 33 59 26 360.07 0.81 134 33 244 211 42.95 0.33 135 34 37 3 851.53 0.68 136 34 244 210 42.98 0.32 137 34 245 211 41.42 0.37 138 36 247 211 31.52 0.15 139 37 244 207 37.48 0.31 140 38 90 52 358.61 0.76 141 38 205 167 184.35 0.41 142 39 59 20 359.53 0.73 143 39 60 21 359.51 0.74 144 39 240 201 51.94 1.10 145 39 244 205 37.41 0.35 146 40 59 19 360.01 0.83 147 40 60 20 359.50 0.75 148 40 61 21 359.49 0.76 149 40 62 22 359.12 0.60 150 40 90 50 359.12 0.59 151 40 124 84 353.44 1.09 152 41 55 14 364.01 1.85 153 41 59 18 360.07 0.81 154 41 60 19 360.05 0.82 155 41 61 20 359.49 0.76 156 41 62 21 359.47 0.77 157 42 62 20 359.13 0.60 158 42 64 22 358.16 1.03 159 42 92 50 358.64 0.79 160 43 47 4 820.27 1.21 161 43 48 5 818.05 1.30 162 43 51 8 690.66 4.54 163 43 61 18 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