BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1 101 100 29.81 0.29 2 1 170 169 28.73 0.09 3 1 171 170 28.77 0.11 4 1 172 171 29.91 0.35 5 1 176 175 30.68 0.17 6 1 196 195 31.48 0.39 7 1 197 196 31.27 0.29 8 1 198 197 28.73 0.09 9 2 194 192 31.64 0.42 10 2 195 193 31.61 0.45 11 2 196 194 31.48 0.39 12 2 197 195 31.28 0.30 13 3 8 5 812.21 4.63 14 3 9 6 769.14 3.91 15 3 12 9 393.56 181.43 16 3 196 193 31.61 0.45 17 3 198 195 31.48 0.38 18 3 237 234 31.46 0.38 19 4 8 4 847.93 0.71 20 5 8 3 854.57 2.68 21 5 9 4 847.24 0.37 22 6 9 3 850.94 2.22 23 6 10 4 842.21 2.14 24 7 10 3 854.29 2.10 25 7 11 4 845.98 0.26 26 8 11 3 854.82 1.84 27 8 12 4 844.00 3.04 28 8 101 93 83.58 1.92 29 9 12 3 856.93 2.90 30 9 13 4 847.75 1.17 31 9 237 228 57.14 4.89 32 9 244 235 47.31 0.10 33 10 13 3 850.26 1.01 34 10 14 4 847.97 0.15 35 11 14 3 854.32 1.02 36 11 15 4 847.99 0.17 37 11 101 90 93.42 0.61 38 12 15 3 862.65 7.16 39 12 16 4 842.04 3.16 40 12 101 89 93.45 0.61 41 12 102 90 93.45 0.62 42 12 171 159 90.99 0.40 43 12 198 186 87.42 0.22 44 12 237 225 86.31 0.33 45 12 246 234 61.62 0.58 46 13 16 3 854.26 2.94 47 13 17 4 845.94 1.22 48 13 244 231 66.76 1.06 49 13 246 233 62.83 0.02 50 14 17 3 850.33 0.97 51 14 18 4 847.50 0.44 52 14 98 84 109.67 0.06 53 15 18 3 852.18 0.90 54 15 19 4 851.18 1.41 55 15 52 37 110.48 0.17 56 15 96 81 109.97 0.10 57 15 97 82 109.58 0.10 58 15 98 83 109.61 0.09 59 15 101 86 109.55 0.10 60 15 102 87 109.51 0.12 61 15 103 88 109.31 0.20 62 16 19 3 859.23 2.62 63 16 20 4 842.69 1.97 64 16 103 87 109.52 0.12 65 16 246 230 66.39 1.26 66 16 249 231 63.95 0.25 67 17 20 3 853.39 2.98 68 17 21 4 840.82 2.90 69 17 50 33 128.00 1.71 70 17 246 229 67.81 1.69 71 17 251 232 59.47 0.35 72 18 21 3 858.75 2.80 73 18 22 4 845.46 7.16 74 18 47 29 128.85 2.14 75 18 50 32 127.64 1.53 76 18 52 34 126.69 1.13 77 18 98 80 125.96 0.82 78 19 22 3 861.68 0.96 79 19 23 4 844.85 7.46 80 19 94 75 111.53 0.53 81 19 95 76 111.50 0.51 82 19 96 77 118.81 1.33 83 19 103 84 113.97 1.76 84 19 105 86 110.66 0.10 85 19 249 228 66.39 1.25 86 20 23 3 851.27 4.25 87 20 24 4 834.91 2.50 88 20 105 85 114.89 2.19 89 20 249 227 66.70 1.28 90 20 251 229 64.14 0.34 91 21 24 3 858.25 0.76 92 21 25 4 835.01 2.54 93 21 50 29 132.28 1.05 94 22 25 3 849.62 0.54 95 22 26 4 838.23 0.95 96 22 43 21 132.65 0.92 97 22 46 24 132.65 0.92 98 22 47 25 132.64 0.93 99 22 94 72 129.00 2.22 100 23 26 3 849.34 0.68 101 23 27 4 842.18 2.44 102 23 94 71 129.03 2.22 103 23 105 82 129.00 2.22 104 23 106 83 129.00 2.22 105 23 107 84 129.00 2.21 106 23 234 211 129.00 2.22 107 23 249 224 68.03 1.72 108 24 27 3 847.88 0.40 109 24 28 4 841.73 2.68 110 25 28 3 846.22 0.44 111 25 29 4 841.73 2.68 112 25 42 17 152.28 4.03 113 25 46 21 151.81 4.08 114 26 29 3 841.35 2.88 115 26 30 4 841.35 2.88 116 26 39 13 152.33 4.03 117 26 40 14 152.32 4.03 118 26 42 16 152.31 4.03 119 26 43 17 152.27 4.03 120 26 66 40 152.21 4.01 121 26 68 42 152.25 4.00 122 26 92 66 145.65 2.19 123 26 94 68 145.99 2.02 124 27 30 3 852.62 4.74 125 27 92 65 151.78 3.91 126 27 107 80 145.64 2.19 127 27 109 82 145.65 2.19 128 29 34 5 770.83 2.28 129 29 39 10 152.48 3.98 130 29 42 13 152.51 3.96 131 30 34 4 841.74 2.81 132 30 39 9 152.56 3.95 133 30 84 54 183.84 1.19 134 30 90 60 152.49 3.95 135 30 92 62 152.50 3.95 136 30 109 79 152.49 3.94 137 30 111 81 152.58 3.92 138 31 34 3 869.50 3.14 139 31 84 53 184.19 1.33 140 31 111 80 159.42 3.24 141 32 84 52 184.21 1.33 142 32 85 53 183.90 1.19 143 32 86 54 183.88 1.18 144 32 111 79 183.85 1.18 145 33 84 51 201.91 0.36 146 34 38 4 847.96 6.99 147 34 39 5 847.96 6.99 148 34 83 49 209.91 0.51 149 34 84 50 209.02 0.35 150 35 38 3 862.58 0.33 151 35 39 4 847.99 6.99 152 35 80 45 210.05 0.49 153 35 81 46 210.02 0.49 154 35 82 47 210.03 0.52 155 35 83 48 209.91 0.51 156 36 39 3 864.18 1.09 157 36 40 4 856.04 2.98 158 36 68 32 209.88 0.49 159 36 70 34 209.97 0.51 160 36 79 43 209.90 0.49 161 36 80 44 210.06 0.48 162 36 82 46 210.13 0.49 163 36 84 48 210.03 0.52 164 37 40 3 856.05 2.98 165 37 41 4 856.05 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