BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 6 11 5 803.48 0.50 2 7 10 3 834.43 0.32 3 7 11 4 819.79 2.90 4 8 11 3 833.42 0.26 5 8 12 4 819.50 2.75 6 8 20 12 683.92 0.15 7 8 21 13 684.08 0.10 8 8 22 14 684.07 0.10 9 8 27 19 684.06 0.21 10 8 58 50 657.47 0.58 11 9 12 3 850.00 0.01 12 9 13 4 841.38 0.49 13 10 13 3 862.08 4.12 14 10 14 4 839.91 0.24 15 11 14 3 839.91 0.24 16 11 15 4 839.91 0.24 17 11 20 9 683.95 0.16 18 11 54 43 667.65 3.71 19 11 55 44 667.66 3.71 20 11 58 47 667.67 3.71 21 11 61 50 667.68 3.71 22 12 20 8 683.88 0.13 23 15 18 3 826.56 2.83 24 15 20 5 775.07 10.20 25 15 47 32 673.96 2.26 26 15 50 35 673.94 2.25 27 15 51 36 673.93 2.25 28 15 54 39 673.64 2.10 29 16 32 16 684.24 0.14 30 16 43 27 679.24 1.42 31 16 47 31 679.12 1.39 32 17 31 14 684.28 0.15 33 17 32 15 684.06 0.23 34 17 33 16 683.97 0.18 35 17 38 21 679.51 1.37 36 17 43 26 679.26 1.42 37 17 44 27 679.23 1.43 38 17 47 30 679.14 1.39 39 18 29 11 685.24 0.36 40 18 30 12 684.47 0.15 41 18 31 13 684.29 0.14 42 18 32 14 684.28 0.14 43 18 47 29 679.23 1.42 44 18 48 30 679.23 1.42 45 18 51 33 679.13 1.39 46 19 28 9 685.81 0.29 47 19 29 10 685.45 0.29 48 19 30 11 684.62 0.18 49 19 32 13 684.57 0.20 50 19 35 16 684.14 0.18 51 20 27 7 686.18 0.42 52 20 28 8 685.82 0.29 53 20 29 9 685.46 0.29 54 20 51 31 679.23 1.43 55 20 55 35 678.80 1.28 56 21 27 6 686.21 0.41 57 21 28 7 685.81 0.29 58 22 25 3 843.84 1.15 59 22 26 4 709.52 1.49 60 22 27 5 686.21 0.41 61 22 58 36 678.65 1.32 62 22 60 38 671.43 2.89 63 22 61 39 671.28 2.93 64 23 26 3 826.09 1.44 65 23 204 181 213.56 0.03 66 23 208 185 210.49 0.19 67 24 208 184 210.54 0.17 68 25 60 35 671.44 2.90 69 25 61 36 671.32 2.95 70 25 62 37 671.25 2.93 71 25 63 38 671.24 2.94 72 26 63 37 671.00 2.92 73 26 65 39 668.83 3.97 74 26 204 178 213.56 0.01 75 26 207 181 210.56 0.18 76 26 208 182 210.50 0.18 77 26 211 185 196.42 0.32 78 27 55 28 678.87 1.25 79 27 61 34 671.24 2.94 80 27 63 36 670.96 2.94 81 27 64 37 668.63 3.88 82 27 65 38 668.60 3.89 83 28 65 37 668.51 3.93 84 28 67 39 668.46 3.91 85 28 200 172 218.44 1.79 86 28 204 176 213.56 0.01 87 29 55 26 678.88 1.25 88 29 64 35 668.58 3.91 89 29 65 36 668.50 3.92 90 29 66 37 668.37 3.94 91 29 67 38 668.32 3.96 92 30 67 37 668.26 3.96 93 30 68 38 668.25 3.96 94 30 69 39 668.24 3.97 95 31 38 7 682.33 2.77 96 31 48 17 679.25 1.43 97 31 66 35 668.35 3.95 98 31 67 36 668.26 3.96 99 31 68 37 668.24 3.97 100 31 69 38 668.24 3.97 101 31 73 42 545.50 3.10 102 32 35 3 845.14 0.67 103 32 36 4 737.96 23.15 104 32 38 6 682.31 2.77 105 32 69 37 668.14 3.92 106 33 36 3 838.36 0.81 107 33 37 4 764.74 14.88 108 33 38 5 682.34 2.77 109 33 39 6 682.33 2.77 110 35 69 34 668.24 3.95 111 36 69 33 668.22 3.95 112 37 69 32 668.13 3.92 113 37 70 33 668.08 3.90 114 37 71 34 668.08 3.90 115 37 72 35 662.34 2.21 116 38 44 6 801.88 0.01 117 38 73 35 617.54 3.12 118 38 74 36 545.40 3.06 119 39 76 37 544.37 3.03 120 39 77 38 544.07 3.16 121 39 78 39 544.02 3.14 122 40 44 4 811.35 0.82 123 40 45 5 809.05 0.34 124 40 48 8 800.21 0.80 125 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