BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 7 184 177 35.27 1.05 2 7 196 189 37.62 0.07 3 7 202 195 35.72 0.79 4 8 178 170 37.45 0.04 5 8 179 171 37.50 0.01 6 8 182 174 36.87 0.25 7 9 199 190 37.63 0.07 8 9 200 191 37.63 0.07 9 9 201 192 37.62 0.07 10 9 202 193 37.61 0.07 11 10 14 4 823.35 0.51 12 10 15 5 822.57 0.88 13 10 18 8 794.13 2.18 14 10 176 166 38.83 0.04 15 10 177 167 38.77 0.02 16 10 178 168 41.04 0.38 17 10 182 172 41.15 0.33 18 10 201 191 37.63 0.07 19 10 203 193 37.63 0.07 20 11 14 3 831.11 4.38 21 11 15 4 823.36 0.50 22 12 15 3 831.12 4.38 23 12 16 4 831.25 4.32 24 13 16 3 841.71 0.63 25 13 17 4 831.89 2.96 26 14 17 3 843.66 1.66 27 14 18 4 826.48 1.05 28 14 108 94 77.64 0.22 29 14 178 164 76.06 1.01 30 15 18 3 834.68 2.42 31 15 19 4 829.02 0.16 32 15 242 227 44.15 1.03 33 16 19 3 844.12 2.31 34 16 20 4 844.06 2.33 35 17 20 3 851.28 1.28 36 17 21 4 834.15 2.62 37 17 105 88 99.39 1.21 38 17 106 89 100.78 0.51 39 17 108 91 89.79 1.26 40 18 21 3 851.28 1.28 41 18 22 4 829.02 0.15 42 18 108 90 93.04 2.11 43 18 109 91 91.02 1.11 44 18 176 158 89.80 1.26 45 18 177 159 89.78 1.27 46 18 203 185 88.36 0.68 47 18 240 222 88.36 0.68 48 18 251 233 61.35 0.46 49 19 22 3 832.02 1.39 50 19 23 4 827.72 0.88 51 19 249 230 63.95 0.81 52 19 251 232 61.35 0.46 53 20 23 3 852.11 6.11 54 20 24 4 835.14 1.30 55 20 56 36 108.02 2.07 56 20 57 37 106.52 1.35 57 20 58 38 104.30 1.32 58 20 105 85 103.08 0.72 59 21 24 3 855.57 4.38 60 21 25 4 830.12 2.06 61 21 58 37 103.19 0.75 62 21 103 82 102.97 0.73 63 21 104 83 103.07 0.73 64 21 105 84 103.09 0.72 65 21 108 87 103.04 0.73 66 21 109 88 102.95 0.72 67 21 110 89 102.85 0.70 68 22 25 3 844.25 4.58 69 22 26 4 830.82 0.97 70 22 110 88 102.87 0.70 71 22 251 229 62.83 1.11 72 22 252 230 60.59 0.35 73 23 26 3 836.50 3.81 74 23 27 4 830.82 0.97 75 23 251 228 63.05 1.07 76 23 253 230 59.82 0.04 77 23 254 231 57.62 0.53 78 24 27 3 833.25 0.95 79 24 28 4 830.66 0.90 80 24 53 29 108.52 1.89 81 24 56 32 108.52 1.85 82 24 58 34 108.11 1.91 83 25 28 3 832.68 0.66 84 25 29 4 830.65 0.90 85 25 53 28 109.12 1.65 86 25 101 76 104.67 1.50 87 25 102 77 105.73 0.98 88 25 103 78 104.77 1.47 89 25 110 85 104.66 1.49 90 25 112 87 104.66 1.50 91 25 252 227 62.83 1.11 92 26 29 3 836.96 2.02 93 26 30 4 830.88 1.01 94 26 252 226 62.98 1.06 95 26 253 227 62.79 1.12 96 26 254 228 60.59 0.35 97 27 30 3 850.44 1.38 98 27 31 4 835.06 3.12 99 27 52 25 109.50 1.67 100 27 56 29 109.47 1.68 101 27 254 227 61.43 0.77 102 28 31 3 850.44 1.38 103 28 32 4 835.07 3.12 104 28 49 21 109.50 1.66 105 28 52 24 109.50 1.67 106 28 53 25 109.49 1.67 107 29 32 3 848.60 2.24 108 29 99 70 109.12 1.58 109 29 101 72 109.29 1.61 110 29 112 83 109.12 1.59 111 29 113 84 109.11 1.59 112 29 114 85 109.09 1.60 113 29 116 87 109.12 1.59 114 30 33 3 862.93 1.27 115 30 116 86 111.20 0.78 116 31 34 3 867.27 2.46 117 31 48 17 114.46 0.16 118 31 52 21 114.27 0.24 119 32 35 3 846.28 1.71 120 32 36 4 837.75 2.56 121 32 45 13 114.46 0.16 122 32 48 16 114.48 0.17 123 32 49 17 114.45 0.15 124 32 99 67 111.23 0.79 125 32 116 84 114.33 0.77 126 33 36 3 855.42 2.87 127 33 116 83 111.22 0.79 128 34 37 3 934.38 7.17 129 35 40 5 508.20 41.70 130 35 44 9 124.16 0.16 131 35 45 10 116.37 0.15 132 35 91 56 174.69 1.22 133 36 45 9 119.81 0.71 134 36 91 55 174.74 1.21 135 36 97 61 116.37 0.12 136 36 99 63 117.58 0.38 137 36 116 80 116.33 0.10 138 36 118 82 124.92 0.55 139 37 40 3 850.01 2.98 140 37 91 54 175.85 0.69 141 37 118 81 144.66 3.58 142 38 91 53 187.39 4.01 143 38 93 55 182.00 3.77 144 38 118 80 175.33 0.90 145 39 90 51 204.28 0.16 146 39 91 52 203.02 0.55 147 40 44 4 827.82 1.32 148 40 90 50 206.29 0.73 149 40 91 51 204.53 0.27 150 41 44 3 848.38 0.60 151 41 45 4 847.87 0.85 152 41 87 46 206.38 0.70 153 41 89 48 206.31 0.72 154 41 90 49 206.31 0.73 155 41 91 50 206.31 0.72 156 42 45 3 855.72 3.06 157 42 46 4 837.97 5.80 158 42 74 32 205.59 0.77 159 42 85 43 206.05 0.61 160 42 86 44 206.47 0.68 161 42 89 47 206.40 0.71 162 42 91 49 206.38 0.72 163 43 46 3 839.33 5.12 164 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