BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 19 51 28 23.32 0.24 2 19 52 29 24.64 0.62 3 19 53 30 27.98 0.38 4 20 53 29 28.07 0.42 5 21 24 3 817.52 0.19 6 21 25 4 792.56 4.04 7 21 38 15 31.85 0.58 8 21 52 27 28.11 0.43 9 21 53 28 31.76 0.57 10 21 54 29 31.85 0.58 11 21 268 239 30.30 0.59 12 21 272 243 28.06 0.42 13 22 25 3 797.82 3.13 14 22 26 4 784.06 0.21 15 22 54 28 33.32 0.01 16 23 27 4 817.88 0.03 17 24 27 3 852.66 1.86 18 24 28 4 802.15 1.20 19 24 268 236 34.45 1.07 20 24 271 239 34.45 1.07 21 25 28 3 809.72 2.57 22 25 29 4 799.33 2.43 23 25 54 25 265.08 111.98 24 25 268 235 38.57 0.89 25 26 29 3 818.93 7.27 26 26 30 4 794.73 3.12 27 26 54 24 604.97 1.09 28 27 30 3 797.25 4.08 29 28 260 224 61.61 1.45 30 28 264 228 61.21 1.53 31 28 267 231 61.15 1.50 32 28 268 232 60.71 1.28 33 29 34 3 811.21 3.97 34 29 36 5 605.31 1.24 35 29 37 6 654.84 12.93 36 29 54 21 781.09 3.80 37 29 245 208 61.45 1.51 38 29 246 209 61.48 1.52 39 29 247 210 68.70 0.45 40 29 260 223 61.62 1.46 41 29 264 227 61.33 1.56 42 29 268 231 61.34 1.56 43 34 247 207 144.41 2.36 44 34 248 208 129.72 0.91 45 34 249 209 125.84 0.23 46 34 251 211 125.89 0.25 47 34 260 220 123.37 0.35 48 35 58 21 887.12 7.87 49 35 247 206 151.78 1.31 50 35 248 207 138.28 0.73 51 36 246 204 156.69 0.13 52 36 247 205 153.81 0.90 53 37 169 127 436.10 2.08 54 37 245 202 175.10 0.40 55 37 246 203 164.23 0.93 56 38 243 199 187.62 0.39 57 38 244 200 180.03 0.47 58 38 245 201 175.10 0.40 59 38 265 221 110.69 0.83 60 38 268 224 104.08 1.04 61 38 269 225 103.14 0.60 62 39 169 125 436.13 2.08 63 39 170 126 436.12 2.08 64 39 173 129 435.54 1.80 65 39 243 198 187.63 0.39 66 39 244 199 183.97 1.44 67 40 233 187 220.89 2.33 68 40 241 195 212.41 2.26 69 40 242 196 211.12 1.90 70 40 243 197 201.52 0.01 71 40 269 223 105.81 1.23 72 40 272 226 94.01 1.96 73 40 274 228 87.81 0.42 74 41 170 124 436.70 2.00 75 41 173 127 435.63 1.83 76 41 241 194 212.78 2.17 77 41 242 195 211.84 2.23 78 42 177 130 433.56 1.00 79 42 239 191 213.10 2.19 80 42 240 192 213.03 2.21 81 42 241 193 212.77 2.17 82 43 177 129 433.56 1.00 83 43 180 132 424.02 0.61 84 43 181 133 413.81 0.78 85 43 240 191 213.05 2.21 86 43 241 192 213.02 2.23 87 43 242 193 212.91 2.21 88 46 177 128 435.44 1.85 89 47 177 127 435.45 1.84 90 48 174 123 435.79 1.82 91 48 177 126 434.49 1.44 92 51 241 186 212.97 2.19 93 51 274 219 87.91 0.43 94 52 272 216 90.97 1.03 95 56 170 111 436.11 2.08 96 58 169 108 436.11 2.08 97 58 247 185 178.98 0.05 98 58 248 186 177.57 0.66 99 59 168 106 436.12 2.08 100 59 169 107 436.10 2.08 101 59 170 108 436.10 2.08 102 60 168 105 436.56 2.05 103 60 170 107 436.12 2.08 104 61 168 104 437.53 1.84 105 61 169 105 437.53 1.84 106 62 142 78 437.96 1.67 107 62 143 79 439.76 1.32 108 62 166 101 439.80 1.33 109 62 167 102 437.94 1.66 110 62 168 103 437.56 1.83 111 62 171 106 437.59 1.83 112 63 166 100 439.87 1.35 113 63 167 101 439.81 1.34 114 63 226 159 272.88 0.84 115 63 227 160 272.87 0.83 116 63 228 161 272.93 0.72 117 63 246 179 210.75 2.60 118 63 247 180 206.78 0.94 119 63 248 181 198.19 1.78 120 64 162 95 444.29 1.70 121 64 163 96 444.31 1.71 122 64 165 98 440.88 1.23 123 64 166 99 439.88 1.35 124 64 228 160 273.04 0.76 125 65 68 3 806.56 1.71 126 65 69 4 737.53 10.48 127 65 141 74 441.36 1.42 128 65 160 92 446.98 0.38 129 65 165 97 444.20 1.75 130 65 166 98 443.49 2.04 131 65 167 99 441.36 1.43 132 65 172 104 440.23 1.53 133 65 228 159 272.95 0.71 134 66 69 3 822.80 5.30 135 66 160 91 448.10 0.70 136 66 161 92 448.19 0.66 137 66 162 93 448.19 0.66 138 66 214 145 274.67 0.43 139 66 215 146 274.65 0.42 140 66 216 147 274.57 0.42 141 67 115 46 449.69 0.70 142 67 212 142 275.48 0.41 143 67 213 143 275.42 0.42 144 67 214 144 274.72 0.41 145 68 172 101 444.78 1.46 146 68 212 141 275.44 0.41 147 68 213 142 275.41 0.42 148 68 214 143 274.72 0.41 149 68 228 156 273.94 0.36 150 68 230 158 272.93 0.71 151 69 73 3 792.65 3.43 152 69 76 6 792.76 3.43 153 69 136 65 453.76 2.29 154 69 141 70 453.16 2.60 155 69 146 75 449.22 0.58 156 69 160 88 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