BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1 225 224 40.30 0.33 2 1 235 234 36.02 0.52 3 1 236 235 34.35 0.32 4 1 239 238 35.06 0.29 5 2 5 3 862.72 9.90 6 2 6 4 843.30 5.26 7 2 223 221 64.42 3.46 8 3 6 3 862.56 4.37 9 3 7 4 843.30 5.26 10 4 7 3 843.36 5.24 11 4 8 4 837.23 2.23 12 4 223 219 64.86 3.25 13 5 8 3 840.90 6.46 14 5 9 4 840.90 6.46 15 5 208 203 64.14 3.61 16 5 223 218 64.14 3.61 17 5 236 231 55.20 3.33 18 6 9 3 843.34 5.24 19 6 10 4 833.93 2.98 20 6 236 230 55.41 3.23 21 6 239 233 43.87 0.30 22 7 10 3 836.08 1.91 23 7 11 4 807.60 4.42 24 8 12 4 815.76 0.34 25 8 180 172 65.46 3.33 26 8 206 198 65.84 3.29 27 8 208 200 65.06 3.31 28 8 223 215 65.06 3.32 29 9 12 3 834.14 3.79 30 9 15 6 671.78 11.00 31 9 86 77 459.24 51.58 32 9 91 82 490.66 35.88 33 9 208 199 65.06 3.33 34 9 236 227 62.16 2.81 35 9 240 231 49.06 2.02 36 10 240 230 48.90 1.94 37 10 243 233 38.60 3.17 38 10 244 234 36.06 2.46 39 12 15 3 864.55 1.93 40 12 91 79 617.75 0.20 41 12 179 167 313.16 0.68 42 12 180 168 273.06 0.48 43 13 93 80 617.78 0.20 44 13 179 166 314.51 1.32 45 14 93 79 617.78 0.20 46 14 174 160 314.87 1.26 47 14 177 163 314.68 1.29 48 14 178 164 314.60 1.30 49 14 179 165 314.54 1.33 50 15 86 71 618.01 0.20 51 15 91 76 617.94 0.17 52 15 92 77 617.88 0.18 53 15 93 78 617.85 0.18 54 15 180 165 314.51 1.32 55 15 182 167 314.50 1.32 56 16 92 76 617.94 0.17 57 16 94 78 617.84 0.18 58 16 174 158 315.00 1.28 59 16 175 159 314.89 1.26 60 16 178 162 314.78 1.27 61 16 180 164 314.67 1.28 62 16 181 165 314.54 1.32 63 16 182 166 314.54 1.32 64 17 83 66 618.03 0.21 65 17 92 75 618.01 0.19 66 17 94 77 617.91 0.17 67 17 95 78 617.78 0.20 68 17 96 79 617.78 0.20 69 17 181 164 314.62 1.30 70 17 182 165 314.55 1.32 71 18 96 78 617.79 0.20 72 18 98 80 617.78 0.20 73 18 115 97 559.31 1.69 74 18 181 163 314.76 1.28 75 18 182 164 314.64 1.30 76 18 183 165 314.55 1.32 77 18 184 166 314.51 1.32 78 18 186 168 300.93 0.53 79 18 193 175 214.84 0.10 80 18 196 178 214.25 0.10 81 18 197 179 214.23 0.11 82 19 23 4 828.12 1.18 83 19 83 64 618.12 0.21 84 19 95 76 617.97 0.18 85 19 96 77 617.90 0.18 86 19 97 78 617.78 0.20 87 19 98 79 617.78 0.20 88 19 104 85 561.28 1.53 89 19 184 165 314.53 1.32 90 20 23 3 879.88 2.36 91 20 98 78 617.79 0.20 92 20 99 79 617.78 0.20 93 20 184 164 314.67 1.29 94 20 185 165 314.51 1.32 95 20 186 166 311.57 1.53 96 21 24 3 864.57 2.85 97 21 25 4 835.74 2.62 98 21 31 10 618.68 0.01 99 21 32 11 618.95 0.14 100 21 99 78 617.82 0.21 101 21 185 164 314.65 1.30 102 22 25 3 839.69 3.85 103 22 31 9 619.65 0.18 104 22 185 163 314.64 1.30 105 23 77 54 618.95 0.12 106 23 79 56 618.88 0.14 107 23 80 57 618.87 0.14 108 23 83 60 618.85 0.14 109 23 99 76 617.89 0.17 110 23 104 81 561.31 1.53 111 23 184 161 314.74 1.29 112 23 185 162 314.60 1.30 113 23 229 206 105.22 2.65 114 24 27 3 844.15 1.02 115 24 28 4 823.87 3.18 116 24 29 5 671.18 11.84 117 24 77 53 618.95 0.12 118 24 80 56 618.88 0.14 119 24 99 75 617.92 0.17 120 24 101 77 617.73 0.21 121 24 103 79 584.70 3.25 122 25 28 3 851.24 4.57 123 25 29 4 762.20 15.92 124 25 31 6 630.98 3.06 125 26 77 51 619.01 0.09 126 26 228 202 145.14 0.17 127 26 229 203 134.26 2.46 128 26 230 204 121.61 1.25 129 27 74 47 619.18 0.07 130 27 75 48 619.17 0.07 131 27 76 49 619.12 0.06 132 27 77 50 619.03 0.08 133 27 80 53 619.05 0.08 134 27 103 76 608.47 0.93 135 28 70 42 619.42 0.01 136 29 70 41 619.43 0.01 137 29 71 42 619.43 0.01 138 29 74 45 619.24 0.07 139 29 103 74 617.37 0.34 140 30 36 6 636.87 0.29 141 30 38 8 636.88 0.30 142 30 41 11 636.88 0.30 143 31 37 6 636.88 0.29 144 31 38 7 636.89 0.30 145 32 37 5 639.74 0.48 146 32 38 6 636.89 0.30 147 32 39 7 638.14 0.33 148 32 67 35 621.39 0.07 149 33 37 4 645.97 2.63 150 33 39 6 638.22 0.32 151 33 40 7 640.49 0.10 152 33 187 154 314.75 1.28 153 33 189 156 314.71 1.28 154 33 190 157 314.63 1.29 155 34 37 3 828.08 18.73 156 34 40 6 763.13 16.83 157 36 41 5 811.41 5.88 158 37 40 3 844.23 1.13 159 37 41 4 833.10 4.42 160 38 41 3 857.64 2.10 161 38 42 4 817.41 2.90 162 38 63 25 622.30 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