BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 3 226 223 115.45 0.56 2 3 228 225 114.73 0.30 3 3 229 226 110.43 1.60 4 4 204 200 175.46 0.54 5 4 205 201 175.15 0.69 6 4 206 202 175.15 0.69 7 4 207 203 171.34 0.26 8 4 229 225 116.54 0.13 9 5 36 31 670.95 1.07 10 5 37 32 670.95 1.08 11 5 38 33 670.95 1.08 12 5 207 202 174.83 0.84 13 6 35 29 671.02 1.05 14 6 36 30 671.01 1.06 15 6 37 31 670.97 1.07 16 6 38 32 670.97 1.07 17 6 223 217 116.61 0.13 18 6 229 223 116.61 0.12 19 6 249 243 23.55 0.84 20 7 37 30 670.99 1.07 21 7 38 31 670.97 1.07 22 7 40 33 670.96 1.08 23 7 90 83 203.30 1.18 24 7 124 117 190.52 1.54 25 7 163 156 187.16 0.57 26 7 207 200 181.36 0.70 27 7 209 202 174.83 0.85 28 7 229 222 118.70 1.03 29 7 230 223 116.60 0.13 30 7 231 224 116.59 0.13 31 8 37 29 671.03 1.06 32 8 38 30 671.01 1.07 33 8 39 31 670.96 1.08 34 8 40 32 670.99 1.08 35 8 231 223 116.60 0.12 36 8 242 234 54.25 0.54 37 8 246 238 48.65 0.53 38 9 40 31 670.99 1.08 39 9 124 115 201.62 1.29 40 9 231 222 118.92 0.93 41 9 232 223 116.59 0.12 42 9 233 224 116.58 0.14 43 9 242 233 54.26 0.53 44 10 40 30 671.02 1.07 45 10 41 31 670.99 1.07 46 10 42 32 670.96 1.07 47 10 233 223 116.60 0.12 48 10 237 227 88.60 0.83 49 10 242 232 54.26 0.54 50 11 42 31 670.99 1.07 51 11 65 54 306.66 0.90 52 11 95 84 202.16 1.51 53 11 232 221 120.95 0.45 54 11 233 222 118.28 0.35 55 11 234 223 116.59 0.13 56 11 237 226 90.18 0.07 57 12 15 3 880.26 6.14 58 12 21 9 672.35 1.10 59 12 24 12 671.86 0.90 60 12 25 13 671.86 0.90 61 12 28 16 671.74 0.94 62 12 41 29 671.04 1.07 63 12 42 30 671.01 1.07 64 12 43 31 670.99 1.08 65 12 51 39 575.68 6.91 66 12 65 53 307.06 0.83 67 12 237 225 110.55 1.64 68 12 238 226 90.16 0.06 69 13 44 31 671.00 1.07 70 13 65 52 307.35 0.67 71 13 95 82 203.27 1.23 72 13 97 84 203.05 1.15 73 13 172 159 203.02 1.16 74 13 234 221 120.69 0.30 75 14 44 30 671.01 1.07 76 15 21 6 845.55 5.29 77 15 44 29 671.02 1.07 78 15 47 32 670.98 1.08 79 15 238 223 116.37 0.10 80 16 20 4 845.60 5.26 81 16 21 5 828.02 6.67 82 16 47 31 670.75 1.19 83 17 20 3 851.83 2.21 84 17 21 4 848.68 3.73 85 18 21 3 866.44 2.00 86 18 22 4 854.06 1.13 87 18 50 32 634.04 2.71 88 19 22 3 866.08 1.81 89 19 23 4 856.20 0.07 90 20 23 3 863.38 3.66 91 20 24 4 863.36 3.67 92 21 24 3 870.21 0.24 93 21 25 4 856.72 6.98 94 21 47 26 670.72 1.18 95 21 50 29 612.62 1.93 96 21 238 217 105.00 1.10 97 22 25 3 870.21 0.25 98 22 26 4 856.95 6.88 99 22 50 28 599.45 4.66 100 22 54 32 530.01 27.20 101 23 26 3 862.54 4.07 102 23 27 4 851.13 2.58 103 24 27 3 862.55 4.08 104 24 28 4 854.49 0.34 105 24 237 213 108.83 0.56 106 24 238 214 95.75 2.66 107 24 239 215 90.14 0.05 108 24 240 216 88.15 0.88 109 25 28 3 853.99 0.03 110 25 29 4 853.88 0.02 111 25 50 25 599.37 4.66 112 25 51 26 575.35 6.71 113 25 54 29 449.36 8.46 114 25 55 30 309.84 0.40 115 26 29 3 862.63 4.35 116 26 30 4 853.87 0.03 117 26 54 28 449.70 8.57 118 27 30 3 854.97 0.52 119 27 31 4 853.86 0.02 120 27 240 213 83.19 0.06 121 27 243 216 61.96 2.10 122 28 31 3 855.12 0.43 123 28 41 13 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