BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 2 49 47 25.70 0.23 2 2 50 48 26.59 0.23 3 2 52 50 37.10 0.29 4 3 18 15 37.68 0.35 5 3 21 18 34.04 0.24 6 3 22 19 32.81 0.64 7 3 25 22 32.81 0.64 8 3 50 47 33.41 0.94 9 3 51 48 34.51 0.51 10 3 52 49 37.45 0.12 11 4 18 14 37.85 0.27 12 4 52 48 37.10 0.29 13 5 10 5 777.32 25.11 14 5 14 9 58.29 0.87 15 5 15 10 38.81 0.72 16 5 18 13 38.05 0.36 17 5 52 47 39.84 0.21 18 5 53 48 39.83 0.21 19 5 54 49 61.27 0.74 20 5 130 125 64.70 1.98 21 5 133 128 64.61 2.03 22 6 10 4 786.33 20.59 23 6 54 48 62.69 1.45 24 7 10 3 833.33 2.91 25 7 54 47 64.62 2.04 26 7 55 48 64.72 2.02 27 7 56 49 66.77 2.86 28 7 130 123 64.75 2.00 29 7 133 126 64.75 2.00 30 7 134 127 64.91 2.07 31 7 137 130 64.91 2.08 32 8 56 48 66.88 2.92 33 10 14 4 827.28 0.52 34 10 130 120 91.94 0.76 35 10 176 166 95.58 0.34 36 11 14 3 849.25 0.06 37 11 15 4 829.66 0.60 38 11 130 119 95.67 0.26 39 11 176 165 95.73 0.27 40 12 15 3 853.99 2.29 41 12 16 4 839.43 4.27 42 12 173 161 88.81 0.61 43 12 174 162 94.49 0.21 44 12 176 164 96.83 0.01 45 13 16 3 853.34 2.69 46 13 17 4 843.82 2.08 47 14 17 3 845.74 6.49 48 14 18 4 834.05 2.81 49 15 18 3 839.57 1.25 50 15 19 4 835.54 3.58 51 15 130 115 108.48 0.61 52 15 158 143 100.50 1.09 53 15 162 147 98.00 0.58 54 15 169 154 98.02 0.57 55 15 172 157 107.56 0.79 56 15 173 158 104.17 2.48 57 16 19 3 846.46 2.50 58 16 20 4 836.81 2.94 59 16 169 153 98.05 0.57 60 17 20 3 848.44 1.51 61 17 21 4 836.82 2.94 62 18 21 3 852.08 0.31 63 18 22 4 836.84 2.94 64 18 51 33 114.02 0.24 65 18 53 35 124.36 0.07 66 18 159 141 108.82 0.73 67 19 22 3 850.76 4.03 68 19 23 4 842.07 0.32 69 19 158 139 111.16 0.10 70 19 159 140 109.17 0.56 71 19 162 143 108.77 0.75 72 19 163 144 108.26 0.96 73 19 169 150 108.84 0.74 74 20 23 3 847.47 2.38 75 20 24 4 842.07 0.32 76 21 24 3 848.53 2.92 77 21 25 4 836.89 2.93 78 22 25 3 845.68 1.82 79 22 26 4 841.21 5.08 80 22 51 29 125.78 0.02 81 22 65 43 124.24 0.23 82 22 159 137 124.98 0.24 83 22 163 141 120.50 0.42 84 23 26 3 863.26 5.95 85 23 162 139 125.05 0.27 86 23 163 140 123.52 0.42 87 23 165 142 123.77 0.33 88 23 166 143 125.04 0.27 89 23 169 146 125.16 0.29 90 23 239 216 114.98 0.71 91 23 240 217 113.02 0.74 92 26 38 12 125.70 0.00 93 26 65 39 125.92 0.01 94 26 67 41 125.74 0.01 95 26 70 44 125.78 0.03 96 26 240 214 125.84 0.06 97 27 39 12 126.08 0.05 98 27 42 15 126.08 0.07 99 27 67 40 125.93 0.01 100 28 31 3 968.53 7.17 101 28 36 8 126.15 0.01 102 28 37 9 126.06 0.04 103 28 39 11 126.09 0.05 104 29 39 10 126.45 0.18 105 30 36 6 129.14 1.09 106 30 37 7 128.89 1.02 107 31 34 3 839.37 1.84 108 31 35 4 639.63 36.24 109 31 36 5 129.14 1.09 110 31 37 6 129.13 1.09 111 32 35 3 830.61 0.47 112 32 37 5 382.17 92.50 113 32 200 168 153.80 0.99 114 32 201 169 148.92 0.56 115 32 204 172 162.83 1.54 116 32 241 209 131.33 2.17 117 33 200 167 163.50 1.27 118 33 203 170 163.57 1.30 119 33 204 171 163.55 1.29 120 33 208 175 163.60 1.31 121 33 229 196 163.65 1.27 122 35 200 165 164.37 0.95 123 35 234 199 164.37 0.93 124 35 238 203 164.31 0.91 125 35 239 204 164.27 0.90 126 35 240 205 164.27 0.90 127 35 241 206 164.24 0.90 128 36 239 203 164.37 0.88 129 36 240 204 164.27 0.90 130 36 241 205 164.27 0.90 131 37 201 164 164.38 0.95 132 37 241 204 164.27 0.90 133 37 242 205 164.27 0.90 134 37 243 206 163.73 1.10 135 38 67 29 164.43 0.83 136 38 68 30 164.43 0.83 137 38 69 31 164.43 0.83 138 38 70 32 164.43 0.83 139 38 193 155 164.46 0.91 140 38 240 202 164.41 0.89 141 38 241 203 164.31 0.90 142 38 242 204 164.29 0.91 143 38 243 205 164.25 0.89 144 39 42 3 903.96 0.35 145 39 68 29 164.44 0.84 146 39 243 204 164.30 0.91 147 40 243 203 164.30 0.91 148 40 245 205 164.06 0.96 149 40 246 206 152.81 0.14 150 42 46 4 827.95 0.01 151 42 47 5 665.60 16.23 152 42 67 25 164.85 0.98 153 42 68 26 164.81 0.97 154 43 46 3 851.62 1.01 155 43 47 4 838.78 5.40 156 44 47 3 839.70 4.95 157 44 48 4 838.78 5.40 158 44 95 51 188.03 2.19 159 46 67 21 188.22 2.18 160 47 66 19 188.22 2.18 161 47 67 20 188.18 2.20 162 47 68 21 188.04 2.13 163 47 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