BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 21 50 29 27.93 0.00 2 21 51 30 27.93 0.00 3 22 51 29 28.35 0.07 4 22 53 31 33.00 1.14 5 22 56 34 39.41 0.32 6 22 59 37 37.29 0.38 7 22 60 38 37.77 0.14 8 22 164 142 31.14 0.21 9 23 51 28 31.14 0.21 10 23 52 29 31.14 0.21 11 23 53 30 34.83 1.24 12 23 56 33 39.93 0.38 13 24 53 29 38.38 0.46 14 24 54 30 39.70 0.30 15 24 55 31 39.93 0.38 16 24 56 32 40.50 0.09 17 25 28 3 857.15 3.89 18 25 52 27 39.58 0.35 19 25 53 28 39.87 0.39 20 25 54 29 39.92 0.38 21 26 29 3 839.99 0.81 22 27 30 3 866.52 0.80 23 28 31 3 843.01 0.07 24 28 32 4 834.78 3.41 25 28 41 13 47.02 1.50 26 28 43 15 46.99 1.50 27 28 52 24 47.02 1.50 28 28 53 25 47.02 1.50 29 28 54 26 47.02 1.50 30 28 257 229 40.59 0.72 31 28 261 233 40.54 0.72 32 29 32 3 828.50 0.43 33 29 33 4 816.64 2.81 34 29 54 25 47.05 1.48 35 30 33 3 818.16 2.21 36 30 34 4 802.26 1.45 37 31 34 3 828.01 8.09 38 31 35 4 814.73 1.84 39 31 253 222 47.09 1.47 40 31 256 225 47.09 1.47 41 31 257 226 47.09 1.47 42 32 35 3 830.08 7.05 43 32 36 4 801.98 1.58 44 32 37 5 608.43 10.06 45 32 39 7 505.70 0.57 46 32 40 8 504.69 0.07 47 32 41 9 504.67 0.07 48 32 54 22 55.59 0.74 49 32 237 205 56.55 0.25 50 32 253 221 47.20 1.51 51 32 257 225 47.24 1.48 52 33 36 3 744.74 27.03 53 35 249 214 56.07 0.98 54 35 253 218 55.52 0.73 55 37 239 202 111.77 3.18 56 37 249 212 101.62 0.43 57 37 253 216 89.75 0.58 58 38 58 20 153.50 1.72 59 38 239 201 111.78 3.18 60 38 240 202 111.77 3.17 61 39 54 15 321.54 73.48 62 39 58 19 154.39 1.27 63 39 238 199 112.11 3.20 64 39 239 200 112.09 3.19 65 40 53 13 489.94 10.69 66 40 54 14 321.54 73.48 67 40 55 15 175.60 0.77 68 40 58 18 165.14 2.18 69 40 59 19 164.18 0.31 70 40 163 123 153.44 1.68 71 40 237 197 138.85 5.59 72 40 238 198 138.65 5.69 73 41 53 12 489.94 10.69 74 41 54 13 321.56 73.50 75 41 235 194 175.43 0.66 76 41 236 195 174.60 0.43 77 41 237 196 153.42 1.68 78 41 254 213 105.33 0.01 79 41 257 216 103.20 0.14 80 41 258 217 103.20 0.14 81 42 51 9 859.00 1.38 82 42 52 10 737.66 28.70 83 42 53 11 496.28 9.23 84 42 59 17 175.53 0.68 85 42 163 121 175.43 0.69 86 42 164 122 175.53 0.71 87 42 167 125 175.65 0.76 88 42 235 193 175.44 0.66 89 42 236 194 175.40 0.67 90 43 51 8 965.65 0.18 91 43 52 9 811.16 3.50 92 43 233 190 184.66 0.93 93 43 234 191 181.99 0.17 94 43 235 192 175.63 0.62 95 43 258 215 103.22 0.14 96 43 261 218 94.70 1.06 97 43 263 220 93.98 1.27 98 44 167 123 184.93 0.80 99 44 233 189 192.67 0.76 100 44 234 190 184.12 1.20 101 45 231 186 205.09 1.55 102 45 232 187 205.06 1.54 103 45 233 188 199.75 1.13 104 46 231 185 205.09 1.55 105 46 232 186 205.09 1.55 106 46 234 188 205.06 1.55 107 47 171 124 205.09 1.56 108 47 234 187 205.09 1.55 109 48 167 119 205.05 1.56 110 48 168 120 205.06 1.57 111 48 171 123 205.15 1.54 112 51 167 116 204.58 1.74 113 53 56 3 841.62 1.01 114 53 59 6 581.34 13.95 115 55 58 3 823.56 1.68 116 55 59 4 803.74 1.16 117 56 59 3 823.56 1.68 118 57 60 3 834.45 1.97 119 57 61 4 806.75 2.19 120 58 61 3 806.75 2.19 121 58 63 5 808.05 2.62 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