BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 505 575 70 270.60 0.30 2 506 509 3 841.41 1.23 3 506 510 4 823.56 1.28 4 507 510 3 833.23 3.15 5 507 511 4 808.33 2.44 6 507 562 55 270.85 0.18 7 507 566 59 272.00 0.20 8 507 573 66 273.68 0.36 9 508 511 3 827.03 6.88 10 508 512 4 797.39 3.02 11 509 512 3 847.19 1.73 12 510 558 48 273.14 0.21 13 510 559 49 273.38 0.33 14 510 562 52 273.68 0.39 15 510 575 65 274.11 0.20 16 510 577 67 273.73 0.39 17 511 514 3 833.38 4.03 18 511 515 4 815.51 1.14 19 511 559 48 273.61 0.42 20 511 562 51 274.11 0.21 21 511 563 52 274.20 0.24 22 511 566 55 277.60 0.73 23 513 719 206 119.43 0.78 24 515 522 7 513.08 106.45 25 515 526 11 289.47 5.13 26 515 559 44 276.38 1.24 27 515 560 45 278.81 0.02 28 515 563 48 279.45 0.13 29 516 522 6 741.86 10.53 30 516 687 171 155.53 4.38 31 516 690 174 154.80 4.74 32 516 691 175 154.90 4.69 33 516 715 199 146.71 2.38 34 517 522 5 757.63 10.22 35 517 526 9 731.59 20.18 36 517 686 169 155.94 4.25 37 517 690 173 155.66 4.33 38 518 521 3 1030.84 1.31 39 518 522 4 833.62 4.67 40 518 676 158 277.60 0.74 41 518 677 159 276.34 1.25 42 518 678 160 268.81 0.80 43 518 683 165 156.17 4.23 44 518 686 168 155.87 4.26 45 518 687 169 155.72 4.33 46 518 690 172 155.75 4.29 47 518 715 197 148.38 3.08 48 519 522 3 851.82 1.51 49 519 683 164 162.46 1.08 50 520 523 3 837.85 2.00 51 520 524 4 818.61 1.70 52 521 524 3 827.59 0.69 53 521 525 4 825.97 1.50 54 521 676 155 279.20 0.06 55 521 683 162 193.75 7.96 56 522 525 3 833.59 2.31 57 522 526 4 827.59 0.69 58 522 560 38 297.90 0.90 59 523 526 3 831.48 4.25 60 523 527 4 799.12 6.05 61 524 527 3 832.85 4.02 62 524 528 4 799.10 6.04 63 524 673 149 297.38 0.71 64 524 674 150 297.37 0.71 65 524 676 152 297.20 0.69 66 525 528 3 833.95 4.57 67 525 529 4 797.77 8.30 68 525 549 24 297.82 0.93 69 525 560 35 298.55 1.02 70 525 564 39 300.75 1.41 71 525 673 148 297.38 0.71 72 525 674 149 297.37 0.71 73 525 675 150 297.20 0.69 74 526 529 3 814.49 0.05 75 526 530 4 824.25 7.47 76 526 560 34 299.53 1.38 77 526 563 37 300.67 1.40 78 526 564 38 300.69 1.39 79 527 530 3 831.18 4.00 80 527 531 4 825.41 6.88 81 528 531 3 836.43 5.55 82 528 532 4 825.41 6.88 83 528 673 145 297.99 0.88 84 529 532 3 836.48 5.58 85 529 533 4 828.10 5.54 86 529 564 35 300.76 1.42 87 529 673 144 300.51 1.44 88 530 533 3 818.29 2.98 89 530 534 4 814.69 1.16 90 531 534 3 819.86 1.43 91 531 535 4 829.15 6.08 92 532 535 3 831.90 4.71 93 532 536 4 824.70 8.30 94 532 545 13 301.53 1.15 95 532 547 15 301.43 1.19 96 532 649 117 301.60 1.18 97 532 671 139 301.42 1.19 98 532 673 141 301.44 1.19 99 533 536 3 833.85 3.73 100 533 537 4 824.71 8.29 101 533 564 31 301.62 1.15 102 533 568 35 301.67 1.14 103 533 570 37 306.77 0.24 104 533 649 116 301.62 1.15 105 534 537 3 829.05 6.13 106 534 538 4 810.01 0.95 107 535 538 3 821.75 2.89 108 535 539 4 782.79 2.29 109 535 542 7 309.78 0.80 110 535 545 10 302.25 1.41 111 536 545 9 301.75 1.16 112 536 570 34 309.81 0.84 113 536 605 69 309.81 0.84 114 536 647 111 309.75 0.83 115 536 648 112 305.44 1.22 116 536 649 113 301.75 1.16 117 537 570 33 309.81 0.84 118 537 605 68 309.83 0.84 119 537 647 110 309.80 0.84 120 538 647 109 374.00 6.12 121 539 542 3 826.80 3.58 122 539 647 108 466.49 2.03 123 540 543 3 830.99 4.51 124 542 545 3 859.44 0.97 125 543 641 98 543.23 2.12 126 543 646 103 543.22 2.12 127 543 647 104 543.17 2.12 128 543 648 105 543.15 2.12 129 544 638 94 543.21 2.12 130 544 639 95 543.23 2.12 131 544 640 96 543.24 2.12 132 544 641 97 543.25 2.11 133 544 642 98 543.27 2.12 134 544 648 104 543.18 2.12 135 544 650 106 543.14 2.12 136 545 648 103 543.23 2.11 137 545 649 104 543.17 2.12 138 545 650 105 543.15 2.12 139 545 670 125 456.69 0.41 140 546 638 92 543.26 2.10 141 546 650 104 543.16 2.12 142 546 669 123 456.76 0.40 143 546 670 124 456.72 0.41 144 546 671 125 456.70 0.41 145 547 649 102 543.28 2.11 146 547 650 103 543.22 2.11 147 547 651 104 543.15 2.12 148 547 652 105 543.15 2.12 149 547 669 122 456.79 0.40 150 547 671 124 456.70 0.41 151 547 672 125 456.69 0.41 152 547 673 126 456.69 0.41 153 548 613 65 543.17 2.12 154 548 652 104 543.15 2.12 155 548 653 105 543.15 2.12 156 548 654 106 543.11 2.11 157 548 660 112 457.11 0.36 158 548 666 118 456.99 0.40 159 548 669 121 456.84 0.39 160 548 671 123 456.78 0.40 161 548 672 124 456.69 0.41 162 548 673 125 456.69 0.41 163 549 557 8 543.19 2.12 164 549 560 11 543.24 2.14 165 549 561 12 543.25 2.10 166 549 564 15 543.29 2.11 167 549 651 102 543.27 2.10 168 549 652 103 543.21 2.12 169 549 653 104 543.15 2.12 170 549 654 105 543.15 2.12 171 549 673 124 456.70 0.41 172 549 675 126 456.63 0.41 173 550 557 7 543.23 2.12 174 550 654 104 543.15 2.12 175 550 657 107 465.97 0.80 176 550 673 123 456.76 0.40 177 550 674 124 456.70 0.41 178 550 675 125 456.69 0.41 179 551 557 6 543.27 2.12 180 551 654 103 543.21 2.11 181 551 655 104 543.15 2.12 182 551 674 123 456.75 0.41 183 551 675 124 456.70 0.41 184 552 555 3 833.50 2.90 185 552 557 5 820.17 0.93 186 552 655 103 543.19 2.12 187 552 674 122 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