BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1 130 129 45.20 0.04 2 1 131 130 45.20 0.04 3 1 133 132 44.87 0.20 4 1 134 133 51.65 0.14 5 1 135 134 53.22 0.53 6 1 146 145 47.20 0.47 7 1 147 146 48.54 0.74 8 1 148 147 51.41 0.29 9 1 182 181 52.00 0.61 10 1 183 182 44.68 0.22 11 1 187 186 44.09 0.51 12 2 134 132 53.34 0.47 13 2 135 133 53.34 0.47 14 2 136 134 53.38 0.47 15 2 137 135 53.39 0.47 16 2 180 178 53.38 0.47 17 2 181 179 53.25 0.52 18 2 182 180 53.08 0.52 19 2 184 182 52.89 0.45 20 2 214 212 53.34 0.47 21 2 215 213 53.34 0.47 22 3 180 177 53.42 0.45 23 3 181 178 53.33 0.49 24 4 146 142 154.56 50.12 25 4 147 143 53.35 0.48 26 4 148 144 53.27 0.52 27 5 146 141 247.40 4.49 28 5 147 142 246.85 3.90 29 6 60 54 493.23 1.17 30 6 144 138 283.97 5.88 31 6 145 139 262.36 2.73 32 6 146 140 248.11 4.19 33 7 12 5 760.06 8.49 34 7 60 53 493.87 1.34 35 7 145 138 269.98 1.07 36 7 146 139 262.33 2.73 37 7 147 140 248.47 4.20 38 8 11 3 817.12 0.59 39 8 60 52 493.99 1.29 40 9 60 51 493.99 1.29 41 9 66 57 494.42 1.26 42 9 108 99 492.82 1.04 43 10 13 3 819.26 1.05 44 10 107 97 493.55 1.33 45 10 108 98 493.45 1.28 46 12 15 3 826.99 6.67 47 12 128 116 348.10 0.23 48 12 130 118 357.83 0.28 49 12 145 133 365.85 0.29 50 12 147 135 359.39 1.06 51 12 193 181 186.28 4.38 52 12 200 188 189.06 0.09 53 13 107 94 493.94 1.31 54 13 108 95 493.94 1.31 55 13 109 96 493.90 1.30 56 13 110 97 493.89 1.30 57 14 33 19 555.67 3.21 58 14 34 20 532.76 1.81 59 14 110 96 493.92 1.29 60 14 111 97 493.88 1.30 61 14 112 98 493.81 1.30 62 15 31 16 567.03 0.34 63 15 32 17 566.36 0.09 64 15 130 115 368.21 1.28 65 15 131 116 369.75 0.76 66 15 132 117 370.62 1.09 67 15 145 130 370.08 0.91 68 15 191 176 208.01 6.92 69 16 31 15 567.33 0.29 70 16 32 16 566.58 0.12 71 16 33 17 566.58 0.12 72 16 34 18 566.49 0.16 73 16 40 24 566.34 0.09 74 16 55 39 625.35 2.25 75 16 56 40 625.36 2.25 76 16 57 41 625.37 2.25 77 16 132 116 370.83 0.98 78 17 28 11 607.04 18.12 79 17 30 13 605.73 18.56 80 17 55 38 625.38 2.25 81 17 56 39 625.37 2.25 82 17 59 42 625.59 2.29 83 17 62 45 625.75 2.25 84 17 132 115 370.88 0.99 85 18 28 10 610.01 16.64 86 18 29 11 606.66 18.32 87 18 30 12 605.74 18.56 88 18 42 24 567.95 0.10 89 18 46 28 570.85 0.52 90 18 47 29 576.05 2.12 91 18 53 35 625.36 2.25 92 18 54 36 625.39 2.24 93 18 55 37 625.39 2.25 94 18 74 56 625.38 2.25 95 18 97 79 567.48 0.23 96 19 26 7 618.71 12.54 97 19 27 8 617.32 13.05 98 19 28 9 610.01 16.64 99 19 29 10 607.17 18.07 100 19 53 34 625.39 2.25 101 19 54 35 625.41 2.23 102 19 56 37 625.60 2.29 103 19 62 43 626.92 1.78 104 20 26 6 640.89 1.46 105 20 27 7 618.62 12.55 106 20 29 9 617.35 13.03 107 20 49 29 624.88 2.19 108 20 51 31 625.34 2.25 109 20 52 32 625.39 2.25 110 20 53 33 625.41 2.23 111 21 25 4 768.45 1.22 112 21 26 5 646.97 1.04 113 21 52 31 625.43 2.24 114 22 25 3 802.58 2.20 115 26 52 26 627.88 1.57 116 26 53 27 627.86 1.58 117 26 54 28 627.77 1.54 118 28 62 34 628.66 1.26 119 28 132 104 372.08 1.19 120 28 141 113 372.27 1.17 121 28 186 158 224.33 1.71 122 29 49 20 628.24 1.52 123 29 53 24 628.32 1.56 124 29 186 157 224.31 1.70 125 30 46 16 627.89 1.40 126 30 186 156 224.19 1.65 127 30 188 158 223.24 1.55 128 31 42 11 639.87 2.12 129 31 188 157 221.65 1.12 130 31 189 158 218.60 1.99 131 31 190 159 208.08 6.92 132 32 40 8 653.56 2.18 133 32 41 9 647.66 0.34 134 32 42 10 639.85 2.12 135 32 189 157 218.61 1.99 136 32 190 158 208.09 6.92 137 32 191 159 210.91 5.51 138 33 40 7 672.50 11.25 139 33 41 8 648.12 0.54 140 33 112 79 494.66 1.12 141 33 191 158 208.07 6.93 142 33 202 169 190.53 0.32 143 34 37 3 870.13 3.71 144 34 39 5 697.20 11.30 145 34 40 6 690.13 8.32 146 34 57 23 597.53 15.36 147 34 99 65 627.73 1.25 148 34 103 69 499.11 1.02 149 34 105 71 499.05 1.00 150 34 109 75 495.11 1.06 151 34 110 76 494.99 1.02 152 34 111 77 494.75 1.13 153 34 112 78 494.73 1.12 154 35 39 4 765.93 16.66 155 35 40 5 690.19 8.31 156 35 41 6 690.15 8.31 157 35 96 61 628.04 1.31 158 35 111 76 494.92 1.05 159 35 114 79 494.71 1.11 160 35 233 198 72.36 0.52 161 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