BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 20 122 102 539.44 0.93 2 21 112 91 534.89 2.24 3 21 115 94 539.44 0.91 4 21 116 95 539.47 0.92 5 21 122 101 539.45 0.93 6 21 123 102 539.44 0.92 7 21 124 103 539.41 0.92 8 22 122 100 539.47 0.92 9 22 123 101 539.45 0.92 10 22 124 102 539.44 0.93 11 22 173 151 359.99 1.29 12 22 257 235 33.93 0.01 13 22 260 238 19.20 0.78 14 23 112 89 539.45 0.92 15 23 124 101 539.46 0.92 16 23 126 103 539.43 0.92 17 23 168 145 360.45 1.26 18 23 169 146 360.40 1.26 19 23 170 147 360.32 1.26 20 23 171 148 360.30 1.26 21 23 172 149 360.12 1.29 22 23 173 150 360.00 1.29 23 23 174 151 360.00 1.29 24 24 123 99 539.50 0.92 25 24 124 100 539.47 0.92 26 24 125 101 539.45 0.93 27 24 126 102 539.44 0.92 28 24 173 149 360.15 1.28 29 24 174 150 360.04 1.28 30 24 176 152 359.99 1.29 31 24 256 232 44.99 0.79 32 24 257 233 36.99 0.15 33 24 260 236 28.21 1.40 34 25 126 101 539.44 0.92 35 25 129 104 502.31 2.20 36 25 172 147 360.33 1.26 37 25 174 149 360.17 1.28 38 25 175 150 360.01 1.29 39 25 176 151 360.01 1.29 40 26 34 8 579.31 20.40 41 26 38 12 539.75 0.81 42 26 125 99 539.50 0.92 43 26 126 100 539.48 0.92 44 26 127 101 539.45 0.93 45 26 128 102 539.41 0.92 46 26 176 150 360.02 1.30 47 26 178 152 359.99 1.29 48 27 34 7 579.43 20.37 49 27 128 101 539.45 0.93 50 27 129 102 539.45 0.93 51 27 132 105 487.22 2.04 52 27 175 148 360.29 1.26 53 27 176 149 360.16 1.29 54 27 177 150 360.00 1.30 55 27 178 151 360.00 1.29 56 27 212 185 207.40 0.54 57 27 215 188 196.91 0.96 58 27 216 189 194.02 0.38 59 28 34 6 621.75 0.04 60 28 128 100 539.48 0.92 61 28 177 149 360.14 1.28 62 28 178 150 360.06 1.27 63 28 212 184 207.41 0.54 64 29 32 3 824.92 8.15 65 29 34 5 765.23 12.93 66 29 128 99 539.52 0.91 67 29 185 156 262.62 0.07 68 29 205 176 220.27 0.01 69 29 208 179 219.47 0.01 70 29 209 180 218.81 0.09 71 29 212 183 207.44 0.53 72 30 86 56 539.44 0.90 73 30 128 98 539.54 0.91 74 30 137 107 480.37 4.28 75 30 185 155 265.23 2.22 76 30 189 159 253.76 4.42 77 30 192 162 252.91 4.32 78 30 197 167 238.99 2.43 79 30 200 170 224.41 1.32 80 30 204 174 220.89 0.06 81 30 205 175 220.30 0.03 82 30 208 178 219.87 0.19 83 31 185 154 261.77 0.49 84 31 188 157 253.77 4.42 85 31 189 158 253.53 4.37 86 31 192 161 250.00 3.39 87 32 178 146 360.13 1.28 88 32 180 148 359.93 1.33 89 32 185 153 261.24 0.76 90 32 188 156 253.77 4.42 91 32 238 206 147.93 0.15 92 33 36 3 834.16 3.52 93 33 37 4 821.68 4.85 94 33 178 145 360.12 1.28 95 34 37 3 843.02 0.91 96 34 38 4 822.05 4.67 97 34 128 94 539.51 0.93 98 34 178 144 360.01 1.31 99 35 38 3 844.92 2.06 100 35 39 4 821.64 4.87 101 35 127 92 539.60 0.91 102 36 39 3 850.59 0.57 103 36 40 4 821.66 4.87 104 36 242 206 65.63 1.98 105 37 40 3 845.13 2.16 106 37 41 4 821.63 4.87 107 37 178 141 360.00 1.31 108 37 236 199 148.22 0.30 109 37 242 205 62.52 1.46 110 37 246 209 55.13 0.45 111 37 249 212 51.97 0.29 112 37 253 216 49.36 1.58 113 38 41 3 824.94 6.11 114 38 42 4 821.60 4.87 115 38 50 12 539.73 0.90 116 38 125 87 539.72 0.90 117 38 127 89 539.65 0.91 118 39 42 3 848.18 1.59 119 39 50 11 539.77 0.91 120 40 43 3 853.46 1.04 121 40 242 202 65.31 1.81 122 40 246 206 54.61 1.62 123 41 44 3 866.68 1.08 124 41 48 7 623.33 0.04 125 41 125 84 539.98 1.01 126 41 246 205 53.70 1.17 127 41 250 209 45.35 0.78 128 41 253 212 45.33 0.79 129 42 45 3 862.20 3.32 130 42 48 6 623.28 0.06 131 42 50 8 539.98 1.00 132 44 48 4 835.83 7.09 133 44 250 206 46.62 0.21 134 44 254 210 45.30 0.79 135 45 48 3 826.19 6.04 136 46 116 70 614.00 0.17 137 47 116 69 614.00 0.17 138 47 119 72 614.10 0.17 139 47 120 73 614.12 0.17 140 47 121 74 614.03 0.17 141 47 122 75 613.89 0.18 142 47 123 76 613.89 0.18 143 48 116 68 614.23 0.18 144 48 123 75 613.89 0.18 145 48 125 77 613.89 0.18 146 48 254 206 45.15 0.71 147 48 257 209 38.84 0.77 148 49 115 66 614.28 0.17 149 49 116 67 614.26 0.18 150 49 123 74 614.06 0.16 151 49 124 75 613.93 0.18 152 49 125 76 613.92 0.18 153 50 125 75 613.93 0.18 154 50 127 77 613.89 0.18 155 51 107 56 614.44 0.26 156 51 108 57 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