BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 6 135 129 453.79 0.72 2 6 136 130 440.98 1.85 3 6 172 166 310.24 1.16 4 6 246 240 22.62 0.24 5 6 249 243 13.52 0.29 6 7 109 102 530.85 1.57 7 7 110 103 530.87 1.58 8 7 112 105 530.83 1.57 9 7 113 106 530.74 1.61 10 7 114 107 530.66 1.63 11 7 115 108 530.66 1.63 12 7 135 128 461.54 1.46 13 8 104 96 530.71 1.63 14 8 107 99 530.78 1.59 15 8 109 101 530.87 1.58 16 8 115 107 530.66 1.63 17 8 133 125 461.80 1.49 18 8 134 126 461.60 1.47 19 8 135 127 461.54 1.46 20 8 136 128 461.52 1.45 21 8 168 160 333.33 0.30 22 9 114 105 530.82 1.61 23 9 115 106 530.72 1.62 24 9 116 107 530.67 1.64 25 9 117 108 530.66 1.63 26 9 134 125 461.72 1.48 27 9 136 127 461.52 1.45 28 9 137 128 461.51 1.45 29 9 138 129 461.50 1.44 30 9 172 163 331.91 0.46 31 9 242 233 59.25 0.54 32 9 246 237 38.67 0.62 33 10 117 107 530.67 1.64 34 10 130 120 462.07 1.39 35 10 131 121 462.00 1.41 36 10 134 124 461.81 1.49 37 10 136 126 461.68 1.46 38 10 137 127 461.51 1.45 39 10 138 128 461.51 1.45 40 11 20 9 530.66 1.63 41 11 23 12 530.70 1.62 42 11 24 13 530.69 1.63 43 11 116 105 530.81 1.61 44 11 117 106 530.69 1.64 45 11 118 107 530.66 1.64 46 11 119 108 530.66 1.64 47 11 138 127 461.53 1.45 48 12 20 8 530.69 1.63 49 12 119 107 530.53 1.70 50 12 127 115 462.36 1.46 51 12 131 119 462.32 1.44 52 12 137 125 461.78 1.50 53 12 138 126 461.67 1.47 54 12 139 127 461.56 1.45 55 12 140 128 461.56 1.45 56 13 18 5 790.59 5.88 57 13 20 7 530.73 1.62 58 13 139 126 461.65 1.48 59 13 140 127 461.61 1.47 60 13 154 141 334.38 0.24 61 14 121 107 530.37 1.64 62 14 150 136 334.85 0.23 63 14 153 139 334.79 0.21 64 15 18 3 902.24 0.97 65 15 20 5 861.27 1.21 66 15 121 106 530.34 1.65 67 15 146 131 425.11 2.17 68 16 20 4 870.18 1.74 69 16 121 105 530.32 1.65 70 17 142 125 461.62 1.48 71 17 178 161 331.24 0.34 72 18 140 122 461.56 1.45 73 18 142 124 461.49 1.45 74 18 146 128 433.10 1.04 75 18 177 159 331.48 0.39 76 18 178 160 329.62 1.14 77 19 22 3 855.94 1.32 78 19 23 4 855.88 1.35 79 19 140 121 461.51 1.45 80 19 178 159 322.23 1.09 81 20 23 3 866.18 1.27 82 20 24 4 855.87 1.31 83 20 118 98 532.17 1.28 84 20 119 99 531.75 1.48 85 20 120 100 531.71 1.48 86 20 121 101 531.55 1.53 87 20 140 120 461.50 1.46 88 21 24 3 865.91 1.14 89 21 25 4 855.87 1.31 90 21 48 27 531.66 1.53 91 21 49 28 531.63 1.54 92 21 118 97 532.50 1.31 93 22 25 3 879.77 5.50 94 22 26 4 855.85 1.30 95 22 212 190 142.35 0.04 96 22 235 213 83.31 2.26 97 23 26 3 866.32 1.23 98 23 27 4 860.83 3.96 99 23 138 115 461.55 1.45 100 23 175 152 331.68 0.40 101 23 177 154 325.64 0.61 102 23 235 212 82.26 1.92 103 23 238 215 75.25 0.18 104 24 27 3 866.34 1.22 105 24 28 4 866.35 1.20 106 24 40 16 533.11 1.50 107 24 116 92 533.11 1.48 108 24 118 94 532.72 1.38 109 25 28 3 866.11 1.07 110 25 29 4 866.10 1.06 111 25 40 15 533.27 1.43 112 25 49 24 532.83 1.44 113 25 52 27 532.82 1.43 114 25 53 28 532.83 1.44 115 25 221 196 141.53 0.17 116 26 29 3 866.11 1.07 117 26 30 4 866.11 1.07 118 26 212 186 142.16 0.13 119 26 221 195 141.53 0.17 120 26 222 196 141.50 0.17 121 26 235 209 82.26 1.92 122 27 30 3 866.11 1.07 123 27 31 4 858.48 2.71 124 27 116 89 533.45 1.36 125 27 238 211 75.22 0.18 126 27 239 212 68.93 0.36 127 27 242 215 64.28 0.47 128 28 31 3 864.25 0.19 129 28 32 4 858.41 2.69 130 28 38 10 535.60 1.17 131 28 40 12 533.44 1.36 132 28 80 52 535.71 1.19 133 28 116 88 533.46 1.37 134 29 32 3 874.10 3.69 135 29 33 4 855.17 1.06 136 29 78 49 535.99 1.25 137 29 80 51 535.91 1.28 138 29 221 192 141.53 0.17 139 29 223 194 140.66 0.52 140 30 33 3 867.25 7.11 141 30 34 4 854.78 0.87 142 30 222 192 141.57 0.14 143 30 223 193 141.06 0.18 144 30 232 202 84.38 1.83 145 30 235 205 82.26 1.92 146 30 236 206 80.06 0.87 147 30 239 209 71.98 1.15 148 31 34 3 850.06 3.23 149 31 35 4 844.36 6.08 150 31 36 5 815.43 4.34 151 31 38 7 539.34 2.98 152 31 114 83 539.34 2.98 153 31 116 85 535.73 1.26 154 31 239 208 71.97 1.15 155 31 243 212 61.70 0.43 156 32 35 3 845.35 5.59 157 32 36 4 834.17 5.04 158 32 38 6 642.95 54.80 159 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