BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 1 180 179 158.50 0.46 2 1 183 182 179.07 1.48 3 1 185 184 169.12 0.25 4 2 5 3 822.44 6.71 5 2 6 4 804.14 1.06 6 3 6 3 818.88 2.16 7 3 7 4 805.65 1.26 8 4 7 3 818.59 3.66 9 4 8 4 807.39 2.12 10 4 176 172 201.47 5.03 11 4 179 175 201.59 4.98 12 4 180 176 201.59 4.98 13 5 8 3 815.02 0.91 14 5 9 4 811.45 0.09 15 5 56 51 606.25 0.10 16 5 60 55 605.96 0.01 17 5 117 112 433.76 0.29 18 5 120 115 424.86 0.23 19 5 180 175 214.72 1.50 20 5 185 180 215.84 2.06 21 6 9 3 826.76 4.96 22 6 10 4 814.97 1.01 23 6 57 51 605.97 0.01 24 6 60 54 605.96 0.01 25 6 61 55 605.91 0.02 26 7 10 3 828.19 0.86 27 7 11 4 814.97 1.01 28 7 176 169 225.06 0.01 29 8 11 3 831.56 1.12 30 8 12 4 816.98 0.01 31 8 108 100 443.12 0.42 32 8 112 104 443.11 0.30 33 8 120 112 443.05 0.21 34 8 176 168 225.07 0.01 35 8 177 169 225.06 0.01 36 8 180 172 225.21 0.14 37 8 186 178 224.87 0.12 38 8 187 179 224.86 0.12 39 9 12 3 829.62 0.15 40 9 13 4 816.99 0.01 41 9 53 44 606.45 0.07 42 9 56 47 606.29 0.11 43 9 57 48 606.19 0.09 44 9 60 51 606.02 0.01 45 9 120 111 443.05 0.22 46 10 13 3 821.39 2.21 47 10 14 4 801.71 5.25 48 10 54 44 606.53 0.13 49 10 57 47 606.26 0.12 50 10 69 59 605.10 0.07 51 10 73 63 600.79 0.60 52 10 79 69 600.44 0.62 53 11 14 3 824.05 0.88 54 11 15 4 808.19 2.01 55 11 79 68 600.44 0.62 56 11 174 163 225.38 0.11 57 11 176 165 225.38 0.12 58 11 177 166 225.34 0.14 59 11 222 211 93.36 0.06 60 12 15 3 824.67 1.20 61 12 16 4 816.27 2.44 62 12 53 41 606.67 0.08 63 12 104 92 446.33 0.73 64 12 108 96 445.38 0.70 65 12 112 100 445.23 0.70 66 13 16 3 824.62 1.73 67 13 17 4 808.16 1.98 68 13 50 37 606.67 0.08 69 13 53 40 606.67 0.08 70 13 54 41 606.66 0.08 71 14 17 3 820.49 1.58 72 14 18 4 808.15 1.98 73 14 54 40 606.82 0.01 74 14 73 59 602.88 0.32 75 14 78 64 600.51 0.61 76 14 79 65 600.49 0.60 77 14 80 66 600.38 0.60 78 15 18 3 832.75 0.99 79 15 19 4 807.56 2.27 80 15 80 65 600.44 0.61 81 15 81 66 600.43 0.61 82 15 84 69 600.05 0.55 83 15 104 89 447.36 0.98 84 16 19 3 825.87 4.44 85 16 20 4 804.34 2.62 86 16 46 30 607.76 0.17 87 16 49 33 607.65 0.23 88 16 50 34 607.53 0.19 89 16 53 37 607.48 0.19 90 17 20 3 827.67 3.53 91 17 21 4 806.07 3.25 92 17 47 30 607.76 0.16 93 17 50 33 607.62 0.23 94 17 54 37 607.51 0.19 95 17 70 53 605.12 0.07 96 17 78 61 600.69 0.56 97 18 21 3 824.92 3.73 98 18 22 4 810.10 5.25 99 18 78 60 600.69 0.56 100 18 80 62 600.51 0.60 101 18 84 66 600.11 0.54 102 18 85 67 599.86 0.52 103 18 230 212 66.30 0.98 104 18 233 215 62.75 2.45 105 19 22 3 822.38 0.89 106 19 23 4 822.38 0.89 107 19 46 27 608.61 0.41 108 19 84 65 600.12 0.55 109 19 97 78 453.30 2.09 110 19 98 79 453.09 2.00 111 19 101 82 451.32 2.73 112 20 23 3 822.38 0.89 113 20 24 4 805.31 2.87 114 20 43 23 608.61 0.42 115 20 46 26 608.62 0.41 116 20 47 27 608.55 0.43 117 21 24 3 826.00 1.83 118 21 25 4 807.77 1.60 119 21 233 212 62.86 2.49 120 21 236 215 55.58 1.76 121 21 237 216 48.63 0.04 122 22 25 3 822.72 0.60 123 22 26 4 824.62 1.55 124 22 84 62 600.41 0.60 125 22 85 63 600.34 0.59 126 22 86 64 600.30 0.58 127 22 87 65 600.06 0.56 128 22 88 66 599.00 0.76 129 22 97 75 460.92 1.72 130 22 229 207 92.08 0.21 131 22 233 211 64.81 1.59 132 23 26 3 824.80 1.47 133 23 39 16 609.02 0.33 134 23 42 19 609.02 0.33 135 23 43 20 608.81 0.34 136 23 46 23 608.98 0.34 137 23 94 71 496.66 6.13 138 23 97 74 466.68 4.59 139 23 98 75 453.41 2.04 140 24 27 3 849.58 0.41 141 25 29 4 839.75 4.51 142 25 88 63 600.08 0.57 143 25 236 211 62.83 2.50 144 26 29 3 839.75 4.52 145 26 30 4 810.83 4.25 146 26 31 5 826.12 2.29 147 26 36 10 611.81 0.49 148 26 39 13 610.20 0.42 149 26 88 62 600.03 0.60 150 26 89 63 600.02 0.60 151 26 90 64 599.82 0.66 152 26 91 65 596.10 0.92 153 26 94 68 530.66 2.70 154 27 36 9 611.95 0.42 155 28 36 8 612.13 0.36 156 29 36 7 612.18 0.38 157 30 35 5 764.67 6.16 158 30 36 6 612.18 0.38 159 30 39 9 612.83 0.04 160 31 35 4 809.99 0.20 161 31 91 60 599.38 0.81 162 32 35 3 819.90 1.57 163 32 36 4 809.98 0.20 164 33 36 3 819.57 4.99 165 33 37 4 809.99 0.20 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