BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 4 10 6 181.56 0.28 2 4 11 7 181.94 0.21 3 5 8 3 837.81 1.66 4 5 9 4 182.21 0.07 5 5 10 5 182.16 0.10 6 5 15 10 182.18 0.12 7 5 77 72 181.55 0.24 8 5 81 76 182.12 0.12 9 6 9 3 840.16 2.69 10 6 77 71 182.15 0.11 11 7 44 37 182.27 0.05 12 7 45 38 182.24 0.06 13 7 47 40 182.19 0.08 14 7 73 66 182.10 0.10 15 7 77 70 182.28 0.08 16 8 42 34 183.56 0.34 17 8 47 39 182.22 0.07 18 8 62 54 182.25 0.07 19 8 74 66 182.25 0.07 20 8 77 69 182.28 0.08 21 8 78 70 182.28 0.08 22 9 42 33 183.94 0.15 23 9 44 35 183.40 0.24 24 10 14 4 810.38 0.17 25 10 15 5 802.06 0.91 26 10 41 31 184.99 0.06 27 10 42 32 184.58 0.03 28 10 49 39 184.02 0.18 29 10 60 50 185.87 0.36 30 10 78 68 185.41 0.20 31 11 14 3 842.41 2.73 32 11 15 4 829.39 3.77 33 12 15 3 842.80 2.54 34 12 81 69 190.69 2.70 35 14 41 27 261.83 2.35 36 14 60 46 284.35 1.73 37 15 19 4 837.49 0.66 38 15 60 45 284.77 1.53 39 15 78 63 239.51 0.69 40 15 81 66 244.03 0.17 41 15 82 67 244.08 0.20 42 15 83 68 243.90 0.13 43 16 19 3 871.70 0.04 44 16 58 42 309.05 0.03 45 16 59 43 303.98 0.98 46 16 60 44 294.55 1.51 47 16 83 67 244.09 0.19 48 17 83 66 244.12 0.18 49 17 84 67 244.08 0.19 50 17 85 68 244.06 0.18 51 17 244 227 40.11 1.02 52 18 59 41 309.07 0.03 53 18 60 42 309.06 0.04 54 18 85 67 244.12 0.18 55 18 237 219 90.12 2.28 56 18 240 222 63.91 4.04 57 18 241 223 54.58 0.25 58 18 244 226 43.47 0.62 59 19 60 41 309.06 0.03 60 19 62 43 309.05 0.03 61 19 78 59 244.35 0.23 62 19 83 64 244.33 0.21 63 19 85 66 244.14 0.18 64 19 86 67 244.11 0.18 65 19 87 68 244.11 0.18 66 20 31 11 309.68 0.07 67 20 60 40 309.35 0.01 68 20 61 41 309.06 0.03 69 20 62 42 309.05 0.03 70 20 87 67 244.13 0.18 71 20 89 69 244.10 0.18 72 20 233 213 101.95 1.52 73 20 234 214 98.61 0.67 74 20 237 217 90.12 2.28 75 21 62 41 309.06 0.03 76 21 64 43 309.04 0.03 77 21 75 54 245.28 0.24 78 21 78 57 245.38 0.27 79 21 86 65 244.31 0.21 80 21 87 66 244.17 0.18 81 21 88 67 244.12 0.18 82 21 89 68 244.12 0.18 83 21 188 167 244.25 0.21 84 22 27 5 773.38 7.72 85 22 28 6 533.82 109.05 86 22 31 9 530.88 110.52 87 22 62 40 309.48 0.06 88 22 63 41 309.05 0.03 89 22 64 42 309.05 0.03 90 22 89 67 244.15 0.18 91 23 63 40 309.36 0.01 92 23 64 41 309.06 0.03 93 23 65 42 308.95 0.01 94 24 27 3 828.24 2.67 95 24 28 4 828.25 2.67 96 24 63 39 309.51 0.04 97 25 28 3 838.90 0.34 98 25 43 18 309.55 0.07 99 25 46 21 309.54 0.07 100 25 48 23 309.54 0.06 101 25 63 38 309.52 0.05 102 26 29 3 847.61 4.70 103 26 30 4 828.25 2.68 104 27 30 3 832.96 0.53 105 27 31 4 832.45 0.56 106 27 226 199 105.92 0.78 107 27 230 203 105.47 0.92 108 28 31 3 836.65 1.73 109 28 32 4 831.25 0.04 110 28 48 20 309.68 0.12 111 28 50 22 309.81 0.09 112 28 61 33 309.81 0.09 113 28 62 34 309.75 0.09 114 28 63 35 309.48 0.02 115 29 32 3 839.47 2.42 116 29 33 4 833.90 0.36 117 29 48 19 309.80 0.09 118 30 33 3 860.71 2.60 119 30 34 4 833.35 0.64 120 31 34 3 831.65 0.21 121 31 35 4 831.27 0.03 122 31 61 30 309.84 0.10 123 31 230 199 103.06 1.31 124 31 234 203 101.95 1.52 125 32 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