BSDB

The conformational change and the identification of the mechanical clamp for proteins can be derived by looking at the unfolding scenario. A unfolding scenario shows distance d_u at which a given native contact is broken for the last time. Contacts in the scenario diagrams are identified by the sequential distance |j - i|. A contact is said to be broken if the distance between amino acids i and j exceeds 1.5σ_ij. An accumulation of many contacts unfolding events at a value of d_u indicates emergence of a force peak. In such figure the y-axis shows the sequential separation between two amino acids that make a native contact. The x-axis indicates at which displacement of the pulling tip the contact is broken for the last time. Notice that thermal fluctuations may reinstate a broken contact temporarily and that’s why we seek the last, and thus definitive, rupture event.

As an example we show the unfolding diagram for the first chain of protein 1c4p. This protein contains an α helix (196-210), denoted as I, and eight β strands, denoted as A through H, as labelled consecutively from the N to C termini. These β strands form three β sheets: a, b, and c. The a sheet comprises four strands (A, B, G, E), b sheet two ( C, F), and c-sheet also two ( D, H). These letters are indicated on the unfolding scenario figure and show which secondary structures are involved in a contact that is broken at the distance d_u. The data symbols marked by asterisks correspond to contacts which do not involve any secondary structures. The remaining symbols are diversified and have a meaning identified by the letter symbols placed next to them. The force peak at about 140 Å involves a near simultaneous rupture of the contacts which relate to the terminal strands A and G: A+G (meaning between A and G), A+I, G+I (i.e. with the helix) as well as D+H, A+B, E+G, D+G, C+G, and A+C. Breaking these contacts results in destroying the a β-sheet. Later on, the remaining contacts, such as C+F in the b sheet are broken and the helix is the last to unravel.

ICN I J |I-J| Displacement error 1 22 53 31 24.93 0.79 2 22 56 34 33.20 1.66 3 22 59 37 31.96 1.81 4 22 164 141 26.63 1.21 5 23 51 28 24.85 0.74 6 23 52 29 24.87 0.75 7 23 53 30 27.76 0.13 8 23 56 33 38.41 0.85 9 24 53 29 27.76 0.13 10 24 54 30 33.16 1.54 11 24 55 31 33.45 1.62 12 24 56 32 38.41 0.85 13 25 28 3 829.46 0.57 14 25 53 28 33.22 1.57 15 25 54 29 33.29 1.58 16 26 29 3 820.69 0.97 17 27 30 3 833.76 2.19 18 28 31 3 835.44 3.02 19 28 32 4 823.76 2.83 20 28 41 13 44.14 0.21 21 28 43 15 44.13 0.21 22 28 52 24 44.13 0.21 23 28 53 25 44.14 0.21 24 28 54 26 44.14 0.21 25 28 257 228 36.40 2.60 26 28 261 232 34.04 1.25 27 29 32 3 823.76 2.83 28 29 33 4 801.93 6.17 29 29 54 25 44.52 0.04 30 30 33 3 823.06 3.18 31 31 253 221 44.37 0.27 32 31 256 224 44.37 0.27 33 31 257 225 44.37 0.27 34 32 35 3 840.28 8.44 35 32 36 4 793.67 2.40 36 32 37 5 494.02 1.04 37 32 39 7 483.01 2.03 38 32 40 8 477.03 0.96 39 32 41 9 476.80 1.07 40 32 54 22 47.56 0.35 41 32 237 204 49.12 0.42 42 32 253 220 46.30 0.55 43 32 257 224 46.41 0.49 44 33 36 3 799.36 5.06 45 35 246 210 88.91 0.62 46 35 249 213 71.16 3.00 47 37 239 201 115.12 0.31 48 37 249 211 98.67 1.82 49 37 253 215 90.91 0.38 50 38 58 20 151.66 0.73 51 38 239 200 115.21 0.34 52 38 240 201 115.17 0.32 53 39 54 15 447.46 4.81 54 39 58 19 153.50 0.19 55 39 238 198 128.41 0.88 56 39 239 199 122.34 3.90 57 40 53 13 464.80 13.45 58 40 54 14 447.45 4.81 59 40 55 15 299.81 63.91 60 40 58 18 153.50 0.19 61 40 59 19 286.29 68.03 62 40 163 122 151.66 0.73 63 40 237 196 151.40 0.84 64 40 238 197 139.62 4.58 65 41 53 12 464.80 13.45 66 41 54 13 464.80 13.45 67 41 235 193 172.13 0.15 68 41 236 194 170.99 0.04 69 41 237 195 151.63 0.74 70 41 254 212 102.34 0.27 71 41 257 215 100.62 0.89 72 41 258 216 100.58 0.88 73 42 51 9 864.37 4.00 74 42 52 10 643.63 2.52 75 42 53 11 474.06 8.83 76 42 59 17 298.27 62.91 77 42 163 120 172.09 0.14 78 42 164 121 172.10 0.14 79 42 167 124 172.11 0.14 80 42 235 192 172.13 0.15 81 42 236 193 172.09 0.14 82 43 51 8 974.22 1.20 83 43 52 9 819.99 0.39 84 43 233 189 182.16 0.88 85 43 234 190 175.43 1.04 86 43 235 191 172.19 0.16 87 43 258 214 100.61 0.89 88 43 261 217 94.27 2.04 89 43 263 219 89.75 0.09 90 44 167 122 184.21 0.18 91 44 233 188 183.73 0.43 92 44 234 189 175.47 1.05 93 45 231 185 199.45 0.01 94 45 232 186 199.33 0.05 95 45 233 187 195.68 0.04 96 46 231 184 199.45 0.02 97 46 232 185 199.36 0.06 98 46 234 187 199.34 0.06 99 47 171 123 199.40 0.04 100 47 234 186 199.36 0.07 101 48 167 118 199.34 0.06 102 48 168 119 199.34 0.06 103 48 171 122 199.43 0.04 104 53 56 3 848.59 2.27 105 53 59 6 606.01 15.70 106 55 58 3 822.69 0.61 107 55 59 4 802.12 4.40 108 56 59 3 816.21 2.63 109 57 60 3 843.96 0.96 110 57 61 4 809.24 0.85 111 58 61 3 809.24 0.85 112 58 63 5 810.24 1.35 113 58 238 179 199.64 0.00 114 58 239 180 199.62 0.01 115 58 240 181 199.59 0.01 116 59 162 102 274.68 0.48 117 59 163 103 261.31 2.23 118 59 164 104 261.27 2.25 119 60 162 101 283.16 2.81 120 60 164 103 261.56 2.11 121 61 162 100 307.63 1.94 122 62 143 80 357.02 0.14 123 62 160 97 357.01 0.13 124 62 161 98 324.20 1.72 125 62 162 99 319.22 0.76 126 63 160 96 359.25 0.40 127 63 161 97 357.00 0.15 128 63 219 155 208.97 0.96 129 63 221 157 233.50 0.42 130 63 238 174 223.56 0.30 131 64 153 88 372.06 1.41 132 64 154 89 371.94 1.46 133 64 155 90 372.16 1.46 134 64 156 91 372.06 1.42 135 64 157 92 372.04 1.41 136 64 159 94 360.58 0.76 137 64 160 95 360.35 0.83 138 64 209 144 210.86 0.04 139 64 219 154 209.16 1.03 140 64 221 156 233.66 0.48 141 65 68 3 811.82 1.33 142 65 69 4 644.61 7.35 143 65 141 75 368.45 3.19 144 65 154 88 372.16 1.47 145 65 159 93 371.36 1.69 146 65 160 94 363.55 2.13 147 65 161 95 360.66 0.75 148 65 221 155 233.71 0.46 149 66 69 3 833.19 5.50 150 66 154 87 372.18 1.46 151 66 155 88 372.22 1.45 152 66 207 140 233.66 0.47 153 66 208 141 233.42 0.36 154 66 209 142 226.97 0.11 155 67 115 47 413.10 3.77 156 67 205 137 240.75 1.02 157 67 206 138 240.44 1.04 158 67 207 139 233.67 0.47 159 68 72 3 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